馬寅初與毛澤東、周恩來淵源甚深，以往他拚著一條老命抨擊過蔣介石和國民黨政權，在很大程度上幫助過共產黨，這是他雄厚的政治本錢。除此之外，馬寅初還憑仗不俗的學術成就名重中外。建國之初，其聲譽之隆和地位之高一度與死後的魯迅齊肩，這並不奇怪。由於感恩戴德和建設新中國的熱望和激情鼓蕩所致，馬寅初真心想要幫忙（而不是幫倒忙），與那位在大躍進時期逢迎聖旨、精算出畝產二十萬斤仍符合自然規律的錢姓科學家倒是不同（後者助長了浮誇風，造成餓殍遍國中的惡果），因此馬寅初的學術研究一旦切入實際，就不可能處處吻合官方卯榫，難免與政治發生火星四濺的磨擦。
1953年，在全國範圍內進行了第一次人口普查。短短幾年時間，全國人口即由4.7億驟升至6億有餘，對於這個數字的顯著變化，別人沒有什麼複雜的感覺，馬寅初卻產生了很大的憂慮。嗣後一年間，他接連三次前往浙江農村考察調研，深感人口的快速增長弊大於利，如果不在全國範圍內及時采取節製生育的剛性措施，人口紅利就會掉頭走向它的反麵。
1955年，在第一屆全國人民代表大會第二次會議浙江小組代表會上，馬寅初首次公開強調了控製人口的緊迫性。兩年後，在最高國務會議上，他重申前議，提交更為係統和完備的“新人口論”。馬寅初將幾年來調查研究的結果公之於眾，他憂心忡忡地說：“解放後，各方麵的條件都好起來，人口的增長比過去也加快了。近幾年，人口增長率已達到30‰，可能還要高，照這樣發展下去，50年後，中國就是26億人口，相當於現在世界總人口的總和。”一個古老的農業大國人口基數快速增長，造成的負麵影響將難以估量。全世界7%的耕地，要養活25%的人口，已經地盡其利，就算科學耕種，可以挖掘的潛力也終歸有限。何況中國的耕地並未達到世界平均水平，人口卻超標許多。由此衍生的其他社會問題將變得更加複雜，日益嚴峻。
在中國，最早提倡節製生育的是北京大學哲學係教授張競生，早在20世紀20年代，他就以研究性學著稱於世，人稱“性博士”，由於他的言行超逾常軌，他提出的“美的人生觀”（其中就包括“節育”的主張）被“多子多福”思想淪骨浹髓的傳統社會視為“文妖”和洪水猛獸。當然，馬寅初的主張有紮實的學理支持，更能站穩腳跟，他的名望和地位也決定了他的《新人口論》更具影響力和穿透力。他認為，既然社會主義實行的是計劃經濟，那麼計劃生育也符合這個大邏輯大方向。馬寅初是成色十足的經濟學家，但在現實的政治鬥爭方麵他畢竟隻是門外漢。
晚婚和節製生育能夠提高民眾的生活水平，輔之以相對完備的義務教育，還能提高人口素質，如此一舉兩得，何樂而不為？如果中國從20世紀60年代開始實行計劃生育國策，那麼每對夫婦生育兩胎將不成問題，人口也不會達到今天十三億多這樣的天文數字，老齡化社會將推遲到來。凡此種種，脫離那個時代的政治氛圍都好考量和評說。然而，毛澤東堅信“鬥爭哲學”，愛搞政治運動，人口少了不好唱戲，容易冷場。何況，他常說“人定勝天”，就是洪水潰堤，也得有人跳下去堵上缺口，人丁不旺能行嗎？“眾人拾柴火焰高”是他喜歡的民諺，問題是：拾柴的人多，就意味著烤火的人多，吃飯的人也多，那堆“篝火”還夠不夠取暖，能不能管飽？毛澤東一言九鼎，誰吃了熊心豹子膽，敢逮住這個問題去深究？馬寅初的《新人口論》在錯誤的時間麵世，反右運動的海嘯正拍天而來，他不可能不受到衝擊。陳伯達點名批判馬寅初的《新人口論》，將它視同“配合右派分子向黨瘋狂進攻”的利器，這個罪名可不輕。
馬寅初不僅姓馬，而且生於馬年、馬月、馬日、馬時，鄉間諺語特別強調“五馬齊全，一生非凡”。《新人口論》出版後，馬寅初被人誣指為“中國的馬爾薩斯”，於是土馬加洋馬，五馬變六馬。當時，英國經濟學家馬爾薩斯的人口論（他認為由於人口呈幾何級數增長而糧食呈代數基數增長，為了避免饑荒，戰爭、瘟疫成為解決人口和糧食矛盾的方式，人類必須積極節育）已被中國官方批得臭不可聞，沾上這個“馬”就等於沾上了莫大的晦氣，足夠他飽飽地喝一壺。馬寅初的個性固然強悍，但這個“美名”他萬萬不敢拜領。他用的解招是絕招，叫“萬馬歸宗”，歸哪個宗？當然是直接掛靠馬克思主義名下，既保險，又安全。他一口咬定：“我這匹‘馬’啊，是馬克思的‘馬’！”那些革命小將絞盡腦汁，挖空心思，最終誣諂未遂，他們太鄙陋了，都不知馬克思主義理論中何處藏匿著與人口相關聯的高論。馬寅初就這麼虛晃一槍，僥幸度過了難關。