反右是不講道理的，多達數百篇的批判文章散發出辛辣的政治氣息，哪有一鱗半爪學理的影子？馬寅初素來服膺“真理”，批判的火力網折服不了他。“幹嘛要一百人批評我？隻要一個人能夠證明我的理論是錯的，就夠了！”然而，輿論洶洶，憑仗的是抱團者淩人的盛氣，豈有它哉。
曾有論者義正詞嚴地批評馬寅初在反右期間沒有保護過一名戴右派帽子的北大學生，與以往北大校長必定保護北大學生的傳統相乖悖。泥菩薩過河，自身難保，是一方麵，還有另一方麵，他有自己不得不打的“仗”，不容分心。實際上，身為北大校長，是要講氣場的，馬寅初比蔡元培、蔣夢麟、胡適的氣場差得遠，這也是不爭的事實。
馬寅初既認真，又天真，他要求晉見毛澤東、劉少奇、周恩來三人中的一人，當麵交換意見。他的要求被斷然拒絕了。上麵也並非毫無反應，毛澤東就派人放出話來：“馬寅初先生不服輸，不投降，可以繼續寫文章，向我們作戰嘛！他是個很好的反麵教員嘛！”馬寅初何其有幸，古稀之齡竟接到領袖親下的戰書，他的意誌並未軟弱，“為了國家和真理，我不怕孤立，不怕批鬥，不怕冷水澆，不怕油鍋炸，不怕撤職坐牢，更不怕死……無論在什麼情況下，我都要堅持我的人口理論。”
麵對千夫指戳、萬人唾罵，馬寅初在《重述我的請求》中公開表態：“這個挑戰是很合理的，我當敬謹拜受。我雖年近八十，明知寡不敵眾，自當單身匹馬，出來應戰，直至戰死為止，絕不向專以力壓服、不以理說服的那種批判者們投降。因為我對我的理論有相當把握，不能不堅持，學術的尊嚴不能不維護，隻能拒絕檢討。”毛澤東看了《重述我的請求》，怒從心頭起，他向秘書口授了這樣一段批示：“馬寅初向我們下戰表，堪稱孤膽英雄，獨樹一幟，也可以說是茅坑裏的石頭，又臭又硬。馬爾薩斯姓馬，他也姓馬，有人要捍衛他的外國祖先到底，有什麼辦法？看來，馬寅初不願自己下馬，我們隻好采取組織措施，請他下馬了。理論批判從嚴，生活給予出路，此事不可手軟。”
最出人意料的是，馬寅初在鐵桶般的包圍圈中居然還以一貫的幽默感回應那些嘴尖皮厚腹中空的論敵：“有的文章，說過去批判我的人已經把我駁得‘體無完膚’了，既然是‘體無完膚’，目的已經達到，現在何必再駁呢？但在我看來，不但沒有駁得‘體無完膚’，反而駁得‘心廣體胖’了。”
在戰國時期，不少人誇讚孟軻雄辯無敵，孟軻卻大吐苦水：“予豈好辯哉，予不得已也。”馬寅初好辯好爭，同樣是迫不得已，因為堅持真理的人總是有進無退，有死無讓。
1960年，馬寅初上書慷慨直陳己見：學習毛澤東著作要防止個人崇拜。這豈不是批龍麟捋虎須嗎？能有什麼好果子吃？“反黨反社會主義”的罪名可不是常人的肩膀能扛得起的。大學裏彌漫著批判的硝煙，“馬寅初不投降，就叫他滅亡”的口號叫得震天價響。當馬寅初失去申辯的權利後，北大校長一職在他的心目中已無足輕重，明智的選擇就是向教育部辭職。嗣後，馬寅初在家閑耽不住，就回到故鄉浙江嵊縣，調查人口現狀。有一天，他憂形於色，對女兒說：“我已是八十開外的人了……我歎息我的觀點、我的主張明明是真理，卻不能為世人所接受。那是關係到我們國家和民族興旺的大事呀！個人受批判，罷官免職算得什麼？要緊的是不能無視我國人口盲目地增長，否則那就是留給我們子孫後代的一大難題了。”