抗戰期間，傅斯年為尚在童年的兒子書寫文天祥的《正氣歌》，囑咐他“日習數行，期以成誦”，告誡他“做人之道，發軌於是，立基於是，若不能看破生死，則必為生死所困，所以異乎禽獸者幾希矣”。
真正的知識精英往往富於民族感情，當蝗蝗外寇入侵時，他們會采用獨特的表現方式，比如斷發文身，又比如蓄須明誌，傅斯年的做法是給兒子取名仁軌，這個名字當然有出處，有典故。劉仁軌是唐朝大將，駐守朝鮮，抗擊日軍，打過極其漂亮的殲滅戰。傅斯年強烈的愛國心由此可見一斑。可惜虎父生犬子，傅仁軌未能繼承父輩、祖輩的事業，他在美國學嬉皮士，荒疏學業，潦倒不堪，當然這都是後話了。
1935年，華北形勢岌岌可危，日本人鼓噪“華北五省自治”，也有某些畏敵如虎的中國人極其天真地主張將北平降格為“中立區”，為此發起建立北平文化城運動，一時間人心惶惶，議論紛紛。恰在此敏感時期，胡適發表了附和政府妥協政策的軟性言論——《保衛華北的重要》，傅斯年讀罷此文，怒不可遏，大有冰炭不同爐之慨，他宣稱要退出《獨立評論》雜誌社，與胡適割袍斷義，幸得丁文江居中斡旋和調停，傅斯年才收回成命，與胡適言歸於好。“吾愛吾師，吾更愛真理！”如此理解傅斯年與胡適的友誼，則庶幾乎近之。胡適一直堅稱傅斯年是他“最好的諍友和保護人”，實乃由衷之言。
當時，北平市長蕭振瀛設宴招待教育界名流，他板起麵孔，虛聲恫嚇，要大家看清楚形勢，知所進退，還公然為敵張目，大放厥詞，“在日人麵前要保持沉默”，免招言禍，儼然出麵為日本軍國主義政府招降納叛。當時，全場名流麵麵相覷，噤聲無語，氣氛極為凝重，唯有傅斯年憤然作色，拍案而起，當麵教訓蕭振瀛別忘記自己是中國人，是國民政府的官員，別站錯了民族立場。他宣稱，當此國運懸於一線的危急時刻，身為學人，寧為玉碎，不為瓦全。這種反抗的態度和不屈的精神，贏得了眾人的尊重。嗣後，一二九學生示威運動，使得北平渾濁的空氣，為之一清。當時，親日派橫行，日本特務猖獗，傅斯年當眾嚴正表態，很可能招致血光之災，但他正氣凜然，毫不畏縮，骨氣和勇氣都令人欽佩。
抗戰伊始，北校南遷，北大、清華、南開三校合並而為西南聯合大學，定址昆明（文學院和法學院在蒙自有三個月的過渡期），寶貴的師資和財力得以集中利用。因陋就簡辦好一所戰時的中國最高學府，這個構想最初即源出於傅斯年的靈感。此舉成為了中國教育史上的一件大事。在異常艱危的境況下，西聯大培養了一大批棟梁之材，日後獲得諾貝爾物理獎的美籍華裔科學家李政道、楊振寧，均是西南聯大的高材生。
抗戰勝利的消息傳到重慶的那晚，傅斯年欣喜若狂，他從住所裏尋出一瓶烈酒，到街上去手舞足蹈，如醉八仙一般脫略形骸。他用手杖挑起帽子，又像一位變戲法的魔術師，他與街頭慶祝勝利的民眾笑鬧了許久，直到酩酊大醉，手杖和帽子全都不翼而飛。國家出了頭，老百姓有了活路，這是傅斯年最暢懷最愜意的事情。