有一次，傅斯年為了中醫問題在國民參政會上反對孔庚的議案，兩人當眾激辯，唇槍舌箭，各顯其能，最終孔庚倉皇敗下陣來，全然沒有“勝固欣然，敗亦可喜”的風度，竟倚老賣老，在座位上大出粗口，辱罵傅斯年。傅斯年不與孔庚鬥粗鄙的口角，他當眾放出一句狠話：“你侮辱我，會散之後我和你決鬥！”散會後，傅斯年果然去門口攔住孔庚，這才看清楚自己的對手七十多歲，骨瘦如柴，他的鬥興頓時大減，把握緊的拳頭鬆開了，對孔庚說：“你這樣老，這樣瘦，我不和你決鬥了，讓你罵了罷。”其實傅斯年是刀子嘴豆腐心，並不喜歡恃強淩弱，當他占盡上風時，反而不再動手。
1940年8月，《雲南日報·星期論文》刊出馮友蘭的《論中西醫藥》，其論點可解中醫與西醫的長期紛爭：“中醫西醫之分，其主要處，不是中西之分，而是古今之異。中醫西醫應該稱為舊醫新醫。”中醫的理論可能不通，但中藥可以治病則是事實，所以“我們現在應該研究中藥，而不必研究中醫”，即不必研究舊醫的那套近乎玄學的理論。
傅斯年主張知識精英參政而不從政，所以他隻做參政員，不做官員，在這一點上，他與胡適是不同道的，胡適主張“好人政治”，認為好人要盡可能出去做官，國家才有希望，否則，“壞人在台上唱戲，好人在家裏歎氣”，“好人動口不動手，壞人背著世界走”，政治的清明將永無希望。傅斯年的好友朱家驊、羅家倫均踏入政界，操持權柄，快哉樂哉。傅斯年的辦事能力實則超過朱、羅二人甚遠，蔣介石對他更屬信任有加，他若肯從政，不僅機遇多多，而且職位也絕對不會在朱、羅二人之下，但他始終堅執不可。傅斯年曾致書胡適，打開天窗說亮話：“我們自己要有辦法，一入政府即全無辦法。與其入政府，不如組黨；與其組黨，不如辦報。——我們是要奮鬥的，唯其如此，應永遠在野，蓋一入政府，無法奮鬥也。”在政治上，他比胡適要成熟得多。傅斯年敝屣尊榮，連蔣介石欽點的國府委員他都力辭不就，他在書信中這樣表明態度：“斯年實愚戇之書生，世務非其所能，如在政府，於政府一無裨益，若在社會，或可偶為一介之用……此後唯有整理舊業，亦偶憑心之所安，發抒所見於報紙，書生報國，如此而已。”1948年3、4月間，胡適對是否參選總統頗感恍惚之時，傅斯年提醒胡適，他身為國內知識界的當然領袖，“名節”才是重中之重，當局拉他參選，目的是“借重先生，全為大糞堆上插一朵花”，真可謂一語喚醒夢中人。
有人說，傅斯年就像是東漢黨錮傳中李膺、範滂皆推崇備至的一流人物郭泰，“天子不得臣，諸侯不得友”，危言高論，處士橫議。但傅斯年顯然比郭泰更有行動力，更有膽魄，他憑借一己之勇拚掉了國民政府的兩任行政院長，一位是孔祥熙，一位是宋子文，前者是蔣介石的連襟，後者是蔣介石的小舅子，可見其神勇非凡。傅斯年曾在參政院的會議上公開揭露真相：“抗戰以來，大官每即是大商，專門發國難財。我們本是勢力國而非法治國，利益到手全不管一切法律，既經到手則又借法律名詞如‘信用’、‘契約’等以保護之，這裏麵實在沒有公平！”他平生痛恨中飽私囊的貪官，孔祥熙和宋子文是世間少有的大貪巨蠹，他自然視之若仇敵，深惡而痛絕。他說：“我擁護政府，不是擁護這些人的既得利益，所以我誓死要跟這些敗類搏鬥，才能真正幫助政府。”他主張“懲罰貪汙要從大官做起”，“除惡務盡”，“攻敵攻堅”，要打就要打活老虎。
抗戰期間，傅斯年身為國民參政員，屢次質詢行政院長孔祥熙，牢牢逮住其經濟問題不放，使孔祥熙狼狽不堪，惱怒之極，卻又無可奈何。蔣介石既想治理好中華民國，又想籠絡住那些專擅挖牆腳的親友，這種做法自相矛盾，最終害他丟掉了大好江山。蔣介石曾親自出馬為孔祥熙緩頰求情，欲使傅斯年一笑置之。蔣問傅：“你信任我嗎？”傅答：“我絕對信任。”蔣說：“你既然信任我，那麼，就應該信任我所任用的人。”傅對蔣的荒唐邏輯推導不以為然，他說：“委員長我是信任的。至於說因為信任你也就該信任你所任用的人，那麼，砍掉我的腦袋，我也不能這樣說！”此言一出，滿座失驚，蔣介石也為之動容。一個人在極峰麵前也敢講真話講硬話，這才叫剛直不阿，這才是傲骨錚錚的男子漢。不久，孔祥熙灰溜溜地下了台，鹹魚未能再翻身。