當年，戰亂持續，道路不寧，河南的地方保護主義嚴重，考古工作處處受阻，發掘的材料難以運出。傅斯年起用河南籍學者董作賓、郭寶鈞、尹達、石璋如，以緩和史語所與地方保守勢力的矛盾衝突。他還巧妙斡旋，動用一切可以動用的人脈資源，力保考古發掘不致半途而廢，必要的時候，他甚至請求蔣介石簽發手令，以圖從根本上解決難題。有一次，傅斯年到開封辦交涉，費時三個月，他返回史語所後，指著自己的鼻子對考古組的多位學者開玩笑說：“你們瞧，我為大家到安陽，我的鼻子都碰壞了！”若沒有傅斯年的執著和精明，殷墟的考古發掘勢必被迫中止。
當年，美國曆史學家費正清訪問李莊，所見到的情形是：“高級知識分子生活在落難狀態中，被褥、鍋盆瓢勺、孩子、橘子和談話喧鬧聲亂成一團。這是一個貧民窟，但又住滿了受過高等教育的專家，真是一個悲喜劇的好題材。”傅斯年就是地處李莊的史語所的當家人，英國科學家李約瑟來訪，得到了一件心喜的禮物，一把黑折扇，傅斯年用貴重的銀朱在上麵書寫了一段《道德經》，風度和風雅沒折損絲毫。萬方多難之際，史語所的研究經費奇絀，眾學者的日食三餐也難以為繼，傅斯年那麼高傲，但為了中央研究院在四川李莊的三個研究所和中央博物院的生存之計，他不得不向第六區行政督察專員兼保安司令王夢熊打躬作揖，隻為借米一百三十石。
據一些前輩學人回憶，傅斯年主持史語所時，霸才、霸氣和霸道均顯露無遺，史語所的同事對他莫不敬畏有加，暗地裏稱他為“傅老虎”。在國民黨的鐵幕下，傅斯年力爭自由，不曾有過絲毫懼色，但在史語所內，他說一不二的家長作風和黨同伐異的門戶之見相當嚴重，他瞧不起那些缺少留洋背景的本土派學者，這就難免會傷害一些具有真才實學的好人。女學者遊壽（國學家胡小石的高足弟子）在史語所鬱鬱不得誌，最終拂袖而去，就是一個顯例。雖然有這樣或那樣的不足和不快，但傅斯年對史語所的苦心經營功不可沒，連個性桀驁不馴、受過大委屈的女學者遊壽也承認這一點。