1950年12月17日，北京大學五十二周年紀念會在台北召開。傅斯年登台演講，話題轉向學問和辦事，他笑道：“蔣夢麟先生的學問不如蔡孑民先生，辦事卻比蔡先生高明。我的學問不如胡適之先生，但我辦事卻比胡先生高明。蔡先生和胡先生的辦事，真不敢恭維。”這當然又是他想哪兒說哪兒，心直口快。好在蔡先生大度，在九泉之下，是不會生氣的。胡先生也大度，深知傅斯年的脾氣性格，同樣不會生氣。傅斯年走下講台後，蔣夢麟對他說：“孟真，你這話對極了。所以他們兩位是北大的功臣，我們兩人隻不過是北大的功狗。”能做北大的功狗也了不起啊！傅斯年欣領了這個榮譽稱號。傅斯年是“北大功狗”，無妨他為中央研究院史語所的功臣，無妨他為台灣大學的功臣，因為他做了許多卓有成效的實事，轉移了一時的風氣。
1949年1月17日，傅斯年從上海直飛台北，台灣省政府主席陳誠親往機場迎接，場麵不小，動靜很大。翌日，傅斯年即從台大代理校長杜聰明手中接受印信，正式履職。他為台大立下“敦品勵學，愛國愛人”八字校訓。
傅斯年到台大履新後，中文係教授黃得時請傅斯年題詞，他不假思索，略無沉吟，即揮筆寫下“歸骨於田橫之島”的字幅相贈。傅斯年用的是秦末漢初齊國貴族田橫的典故，劉邦稱帝後，田橫不願臣服於漢，率徒眾五百餘人逃亡，避居海上孤島。後來田橫被迫偕門客二人赴洛陽，於驛舍中憂憤自殺。留居海島的追隨者獲悉田橫死訊，遂全體壯烈自殺。
此前此後，傅斯年與胡適爭取大陸學人赴台，費了不少力氣，卻效果平平，其門生弟子尚且敬謝不敏，避之唯恐不及，仿佛恩師是要拉他們去跳糞坑和火坑，曆史學家鄧恩銘就曾對傅斯年說過“不”，傅斯年的妻姐俞大縝和俞大絪也拂逆了他的美意，最終在“文革”中受難和自殺。當年，學者、教授對蔣家王朝失望之極，不願“拋骨於田橫之島”，其心情不難理解。中國人的普遍心理是“願為太平犬，不做亂離人”，在國民黨軍隊大潰敗之際，凡是往昔未嚐與中共結下深仇大怨的學人，百分之九十五以上都不願意選擇那座岌岌可危的孤島作為自己後半生安身立命的地方。陳寅恪與傅斯年是遊學歐陸時的老朋友，而且他曾在傅斯年主持的曆史語言研究所擔任過曆史組組長，抗戰時期，陳寅恪在昆明躲空襲，他的口號是“聞機而坐，入土為安”，前麵四字不難理解，後麵四字的意思是說躲進防空洞才算安全。每當警報大作，別人狼奔豕突，傅斯年則冒險爬上三樓去將陳寅恪攙扶下來。下雨天防空洞中水深盈尺，傅斯年還得弄把高腳椅讓陳寅恪穩穩當當地坐著。想想看吧，一位大胖子攙扶著另一位半盲的學者躲避空襲，何等費勁，何等吃力！單從這件事，就不難見出傅斯年與陳寅恪友情之深摯。傅斯年曾親自出麵遊說陳寅恪去台灣大學任教，甚至準備動用極其稀缺的專機將這位國寶級的學者接送到台灣。陳寅恪堅執不可，他自忖與現實政治素無關涉，晚景理應無憂，終老於中山大學於願足矣。“文革”時期，陳寅恪遭到迫害，高音喇叭架設在他門外的大樹上，大字報張貼到他臥室的床頭，存款被凍結，連不可或缺的牛奶也斷了供，晚景淒涼真是始料未及。那時，這位盲學者是否悔青了腸子？當初若接受傅斯年的邀請，播遷海隅，去台大任教，又何至於遭逢此厄？
台灣大學乃“五朝老底”，實不易辦，改造一所舊大學遠比建設一所新大學要更加繁難。傅斯年曾致函張曉峰：“弟到台大三學期矣！第一學期應付學潮，第二學期整理教務，第三學期清查內務，不查則已，一查則事多矣！報上所載，特少數耳。以教育之職務作此非教育之事，思之痛心，誠不可謂為不努力，然果有效否？不可知也，思之黯然！”欣然也好，黯然也罷，一位負責任的校長，結局隻可能是鞠躬盡瘁，死而後已。
在台大，傅斯年銳意改革，第一要務就是整頓人事，凡是不合格的教員一律解聘，對於高官要員舉薦的親友，他並不買賬：“總統介紹的人，如果有問題，我照樣隨時可以開除。”傅斯年真有包天之膽，說到就敢做到。“大一國文委員會”“大一英文委員會”和“大一數學委員會”由許多著名教授組成，毛子水、台靜農、屈萬裏都給大學一年級新生開課。殺雞焉用宰牛刀？眾人表示疑惑，傅斯年認定基礎學科的建設乃是重中之重，若不用火車頭去牽引，就不可能產生理想的動能和速率。新學期伊始，每位教師都會及時收到傅校長一封內容相同的親筆信，他告知大家：說不定哪一天，他會跟教務長、貴學院的院長、貴係的係主任，去課室聽講，請勿見怪。不到兩年時間，傅斯年真就“聽掉”了七十多名教師，由於這些南郭先生的教學水平不入他的法眼，他不再與之續聘。傅斯年用人從來不看背景，隻看能力，因此得罪了不少權貴，也受到外間的非議和攻擊，甚至有些心懷宿怨的人罵他是“學閥”，是“台大的獨裁者”，但傅斯年依然我行我素，至於妥協，在他的人生大詞典中，壓根就沒有這個詞的體麵位置。有一次，蔣介石對他的親信說：“那裏（指台大）的事，我們管不了！”傅斯年打就的“營盤”真就是水都潑不進。