1948年9月，印尼右派在美國、荷蘭等國策劃鎮壓印尼共產黨。蘇加諾沒有識別帝國主義的陰謀，強烈抨擊印尼共產黨想篡奪政權。12月，荷蘭軍隊侵占印尼首都日惹，蘇加諾等共和國領導人被捕，分別流放到邦加島等地，直到1949年7月獲釋返回。12月，蘇加諾任印尼聯邦共和國總統。1950年8月17日，蘇加諾宣布成立印尼統一共和國並任總統。
從1950至1959年10年間，印尼實行議會民主，內閣對議會負責，總統任命組閣人，並沒有掌握統治實權。
從1959年開始，蘇加諾實行有領導的民主。該年7月，蘇加諾宣布恢複“1945年憲法”，總統的權力大大增強。他兼任總理，前後擔任過最高評議院主席。民族陣線主席。國防委員會主席。參謀長聯席會議主席等職。印尼臨時人民協商會議先後授予蘇加諾以“偉大的革命領袖”、“終身總統”等光榮頭銜。
推行新的政治主張
在1959至1965年7年間，蘇加諾對內實行“納沙貢”政策，允許共產黨參加從中央到地方的立法、谘詢機構和各級政府，任命共產黨人擔任部長、省長。市長、縣長等職；頒布《收成分配合同法令》和《土地基本法令》：鎮壓一些右翼組織和政黨。外交方麵，蘇加諾對1955年4月在萬隆召開的亞非會議，促進亞非人民團結反帝的事業，做出過卓越的貢獻。他在萬隆會議上發表了題為《讓新亞洲和新非洲誕生吧！》的著名演講。蘇加諾密切同中國、朝鮮等社會了義國家發展關係，在1956、1961、1964年三次訪問我國在這段時間內，蘇加諾領導收複西伊裏安，沒收荷蘭和英國在印尼的企業，反對美國新殖民主義。並於1965年1月，宣布退出聯合國。
蘇加諾實行的這些內外政策，理所當然引起國內外反動派的仇視和反對。右派勢力在美、荷等國的大力支持下，不斷地進行顛覆蘇加諾政權的活動，從陰謀政變、武裝叛亂直到多次謀殺蘇加諾，但種種陰謀活動都未達到目的。
1965年，在美國中央情報局的鼓勵下，印尼右派軍人集團組織，企圖趁10月5日建軍節之際，發動武裝政變。以蘇加諾警衛部隊查克拉比拉哇營的營長翁東為首的“革命委員會”，先發製人，於9月30日發動政變，處決了亞尼等六名右派將領，並宣布繼續推行蘇加諾的政策。10月1日，以蘇哈托為首的軍人迅速撲滅了翁東發動的“九·三○運動”。接著，蘇哈托下令取締印尼共產黨的活動，並且逐步削弱蘇加諾的權力。
1966年7月，蘇加諾的“終身總統”頭銜被取消。1967年3月12日，臨時人民協商會議免去蘇加諾的一切權力，任命蘇哈托將軍為“代理總統”。1970年6月21日，蘇加諾病逝於雅加達陸軍醫院。政府為他舉行了國葬。