索尼看到鼇拜如此跋扈，深感愧對先帝的重托而又無能為力。因此在康熙14歲時就多次上書要求康熙親政，以削奪鼇拜的權力。
康熙得到祖母太皇太後的允許，按照祖製遂於康熙六年七月初七舉行親政大典。康熙親政前，索尼已去世，鼇拜的野心進一步膨脹，想越過蘇克薩哈和遏必隆，占據索尼的位置，進而成為宰相，更加大權獨攬。於是，他拉攏蘇克薩哈推薦他，遭到拒絕，舊恨新仇使鼇拜立意除掉蘇克薩哈。蘇克薩哈自知鬥不過鼇拜一夥，為了免除殺身之禍，欲激流勇退，故上書請求去守候先帝陵寢。康熙不理解蘇克薩哈的行動，一麵派人去詢問原因，一麵請議政王大臣會議議決。鼇拜怕蘇克薩哈要求一旦獲準，自己也要效仿他交出輔政大權，便給蘇克薩哈羅織罪名。議政王大臣會議在鼇拜的操縱下，奏請將蘇克薩哈淩遲處死。收到奏章，康熙十分震驚。他認為蘇克薩哈是前朝重臣，又勤勤懇懇輔佐七載，怎麼處死。他當即召見議政王傑書和鼇拜、遏必隆等人，指出複奏有誤。康熙不允鼇拜所請，鼇拜惱羞成怒，瞋目揮臂，連日在金殿上強奏“施威震眾，高聲喝問”。他的黨羽們也為虎作倀。終於威逼年少的康熙下了絞死蘇克薩哈的命令。麵對鼇拜的步步進逼，康熙已經忍無可忍了。但康熙深知鼇拜黨羽眾多，勢力很大，加上他是武將出身，有一身好武藝，不是輕易能製服的，如果稍有不慎就會禍及自身。於是，康熙每日佯裝與一群少年侍衛練習摔跤，嘻戲玩耍，從來不過問朝政。一天，鼇拜仍大搖大擺地走入皇宮時，康熙突然命少年侍衛們捉拿鼇拜，鼇拜大吵大鬧，企圖揮拳頑抗，結果被摔跤少年們一擁而上、結結實實地捆了起來。然後，宣布了鼇拜的30條罪狀，把這個老奸巨滑的權臣革職軟禁了。一個16歲的少年，利用自己的大智大勇，幹淨利索地清除了親政後最大的政治障礙。
康熙還依據罪行輕重懲處了鱉拜的黨羽，罪大惡極的濟世等人被處死，其餘的被革職降級。與此同時，受鼇拜誣陷的蘇納海等人得到了昭雪。蘇克薩哈的後人承襲了他的爵位和世職。康熙對各級官員大規模進行了調換，並下達了《聖諭十六條》，意在刷新朝政，徹底清除鼇拜的惡劣影響。
年僅16歲的康熙在戰勝鼇拜集團的鬥爭中，顯示出驚人的魄力和才智。從此，他便將朝政大權牢牢掌握在自己手中，開始充分施展自己的政治才能。
力平三藩收複台灣
康熙親政後，經過一番考慮，將當務之急的治國大事列出，然後親自書寫了“三藩、河務、漕運”的條幅懸掛在宮中柱子上，以隨時提醒自己。由此可見解決三藩是康熙朝夕不忘的首要大事。三藩是指明朝降將吳三桂、尚可喜、耿仲明三個藩王，他們分別盤據在雲南、廣東、福建三個省區。三藩王在明末清初先後降清，為清兵入關立下了汗馬功勞。吳三桂被封為平西王，尚可喜和耿仲明也分別被授予平南王和靖南王的封號。三藩分別專製一方，與清廷中央政府的矛盾日益尖銳，因此康熙繼位之後，中央即開始逐步削減三藩的權勢。做撤藩的準備。
尚可喜因為年老多病，已把藩事交給兒子尚之信主持。在二年（1673）春上書，尚可喜請求回遼東老家養老，請令其子尚之信襲封王爵。早已有撤藩打算的康熙遂命令撤掉尚藩，將其全部兵士劃歸廣東提轄管製。消息傳來，吳三桂和已承襲靖南王爵號的耿精忠（耿仲明之孫）都驚恐不安，他們獨霸一方的幻想破滅了。他們也上書假意要求撤藩，來試探朝廷的動向。