康熙召集了眾臣議定撤藩之事。大部分人持反對意見。他們提出了種種理由：有的認為雲南、福建等地匪患未除，不宜撤藩，有的認為撤藩以後兵士需要安排，花費巨大。眾說紛紜沒有統一意見。隻有兵部尚書明珠、戶部尚書米思翰、刑部尚書莫洛等少數人堅決主張撤藩。20歲的康熙皇帝力排眾議，做出了最後裁決：“從其所請，將三藩全部遷到山海關外。”他指出，三藩王手中都握有重兵，已形成氣候。吳三桂等人懷有野心，蓄謀已久，如果不及早除掉三藩，勢必養虎成患，危害天下。於是，康熙派侍郎折爾肯、學士傅達禮赴雲南，戶部尚書梁清標赴廣東、史部待郎陳一炳赴福建，催促辦理撤藩事宜。
吳三桂當年為報家仇放清軍入關屠殺農民起義軍，使清兵得以長驅直入。他降清又心懷異誌。鎮守雲南後，吳三桂利用獨占一方的特權，招降納叛，橫征暴斂，不斷擴充實力，在三藩中勢力最大。他的野心也隨之膨脹起來。他以藩府名義任命的官員，吏、兵二部不得幹預，他推薦的被稱為“西選”的官員遍及天下。凡要害地方，他都千方百計安插進自己的死黨。吳三桂屬下有53佐領、士兵1。2萬多人。每年朝廷向吳藩支付的俸餉就達900多萬兩白銀。吳三桂還自行征稅、開礦、鑄錢，與西藏互市茶馬，聚斂財富，秣馬厲兵。詭計多端的吳三桂在加緊準備叛亂的同時怕露出馬腳，遂大興土木，搜羅美女，做出安於享樂、胸無大誌的樣子，暗中加緊操練軍兵，待機而動。
康熙十二年（1673）冬，吳三桂認為時機已到，聯合尚、耿二藩以及台灣的鄭經武力反清。自封為“興明討虜大將軍”，舉起“反清複明”的旗幟，公開叛亂。
吳三桂公開叛亂後，他分布在各地的黨羽紛紛響應。各地的告急文書頻頻傳至京城，舉朝震驚。原來反對撤藩的人乘機抵毀，認為吳氏叛亂是撤藩引發的。大學士索額圖竟要求殺主張撤藩的明珠等人以謝叛逆。年輕的康熙皇帝臨危不懼，嚴厲駁斥了這些護藩的論調。他說：“三藩心懷不鬼，撤亦反，不撤亦反，因此決不仿效漢景帝誅晁錯以平七國之亂的做法。”
康熙決定出兵平叛，並為此進行了周密的部署。首先，命先鋒都統碩岱率清軍兼程前往荊州，進駐常德以遏叛軍。時叛軍已進湖南，荊州震恐，康熙又派三路大軍日夜兼程，趕往荊州。荊州位居天下之中，自古為兵家必爭之地，康熙派重兵駐守，遏製叛軍北進之路，是穩定戰局的重大決策。為了能使援兵及時趕到，康熙又在山東兗州、山西太原建立軍事基地，集結兵力、秣馬以待。下令停撤耿、尚二藩以孤立吳三桂。康熙十三年（1674）二月二十七日，頒布詔書，聲討吳三桂背恩反叛罪行，宣布削其親王爵位，表示武力平叛的決心。四月十三日。將吳三桂之子吳應熊、孫吳世霖處絞，以打擊吳三桂。
康熙十三年（1674）三月，耿精忠受吳三桂煽動，據福建反叛。江西地處兩叛軍集團夾攻之間，形勢危急，康熙調兵遣將，力挽危局，命安南將軍額附華善守京口（今江蘇丹徒），定南將軍希爾根赴江西，楊威將軍阿密達鎮江寧（今南京），平南將軍都統賴塔去杭州，平寇將軍根特巴魯援廣東，鎮東將軍喇哈達駐江南以保護東南財賦重地。細致而周密的舉措，避免了吳、耿會師江西危局的出現。
康熙十三年（1674）十二月，陝西綠營兵提督王輔臣發動叛亂，此時京師已無兵可調，形勢危機。康熙采納華善的建議，提高綠營兵的地位，授甘肅提督張勇為“靖逆將軍”，委以收複王輔臣，總督不得節製，經過幾個月的努力，最後王輔臣投降，西北局勢趨於穩定，為平定三藩之亂提供了保證。