康熙十五年（1676）二月，尚可喜病重，其子尚之信決意投降吳三桂，發兵往圍尚可喜住處，接受吳三桂“詔討大將軍”稱號，易服改幟、反叛清朝。康熙認為，尚之信內部矛盾重重，實力不強，吳三桂對他隻是利用而已，不會真正信任他，隻要順利解決福建問題，廣東自會投降。於是加緊招撫耿精忠的活動，早在耿精忠叛亂不久，康熙即派人傳諭耿精忠，如能革心投誠則視之如初。時鄭經乘機返回大陸，占據耿精忠後方，康熙采取遠交近攻策略，默許鄭經行為。到這年六月，耿、鄭矛盾尖銳起來。在強大的政治和軍事的攻勢下，十月初四，耿精忠率文武官員出城相迎。康熙命耿精忠仍留靖南王爵，率部隨大軍征剿鄭經，將鄭經趕出泉州。福建、浙江相繼平定。
是年十月，尚可喜去世，尚之信遇到重重阻力。耿精忠降清，尚之信感觸很深，加之吳三桂並不信任他，尚之信主動派人持密書至清簡親王喇布軍前請降。到康熙十六年五月，陝西、福建、廣東相繼平定，康熙開始了對吳三桂的圍攻。
曾經囂張一時的吳三桂在康熙周密的部署和接連打擊之下，見大勢去，還想垂死掙紮，急急忙忙演出了登基稱帝的醜劇。康熙十七年（1678）三月，吳三桂派人在衡陽草草修建了百餘間廬舍，用黃漆塗刷房頂權做皇宮。吳三桂匆匆登上了臨時搭成的祭壇祭祀天地，改國號為周。此時，清軍的攻勢更加銳不可擋，吳氏小王朝日益陷入內外交困的境地。年已67歲的吳三桂惶惶不可終日，突患中風死去，僅僅做了不到5個月的“皇帝”。吳三桂死後，由兒子吳世璠繼皇位。
康熙十九年（1680）年，康熙下令清軍分三路進軍吳三桂的老巢雲南，向叛軍發起總攻。不久清軍攻入雲南，將叛軍的老巢昆明包圍得水泄不通，守軍大都投降。吳世璠走投無路，最後隻好服毒自殺。康熙二十年（1681），曆時八年、禍及大半個中國的三藩之亂終於被平定了。
三藩之亂被平定後，康熙決意收複台灣。當時統治台灣的是鄭成功12歲的孫子鄭克。
台灣降將施琅被康熙任命為水軍提督，負責收複台灣。三藩基本平定後，康熙接受了福建總督姚啟聖的建議，決定乘鄭氏集團內亂的時機用武力收複台灣。
施琅走馬上任後，立即著手調整兵力，訓練水師。為了等待適當的時機，出師時間一拖再拖。轉眼到了康熙二十一年（1682），一時群言四起。這期間，施琅與姚啟聖又在進剿戰術安排上意見相左，施琅三次上書要求授予他專征權，由他統領軍隊自行進剿。盡管康熙對一再推遲出兵也有不滿，但他沒有被輿論左右，考慮到海戰須避風浪，事先很難猜度，他采取了十分慎重的態度。他用人不疑，為了確保戰鬥勝利，同意了施琅的請求，給予他專征大權。
康熙二十二年（1683）七月，施琅率領兩萬多名官兵，分乘230多艘戰船，直搗澎湖。戰鬥從清晨一直持續到傍晚，矢石如密集的雨點，炮火遮住了天空。經此一戰鄭軍主力幾乎全軍覆沒，台灣的門戶被打開了。困守孤島的鄭克見大勢已去，不得不派人向清軍送上降表。施琅率領的清軍在鼓樂聲中登上台灣島，鄭克率屬下列隊恭迎。至此，台灣與大陸重新統一。
康熙為治理台灣，在台灣設立台灣府和台灣。鳳山、諸羅三縣，並向台灣派遣8000名駐兵，向澎湖派遣了2000名駐兵。這樣就大大增強了東南海防，並且促進了台灣經濟文化的發展。
激戰雅克薩平定噶爾丹
十七世紀，沙俄將侵略魔爪伸向了東北這塊肥沃的上地。沙俄的侵略，是康熙的心腹大患。親政以後，他便密切注視著沙俄的侵略活動，多次派人了解東北地區的地形、交通及風土人情各方麵的情況。但由於當時先是明末農民起義未平，後又有三藩之亂，康熙對沙俄侵略的反擊還顧不上。
沙俄趁清政府全力平定三藩收拾殘局，收複台灣等用兵之際，擴大了對中國北方領土的侵略。在沙俄無意和談而且侵略活動日益擴大的情況下，康熙決定進行武裝反擊，驅逐沙俄侵略者。