到康熙二十二年（1683），黑龍江流域中下遊地區的沙俄侵略者基本被肅清，隻有雅克薩還被沙俄侵略者盤踞著。
在黑龍江地區各族人民的支持下，清軍為收複雅克薩做了大量準備。清軍在進攻雅克薩前遵照康熙的諭旨，向沙俄一再表示和平解決邊界問題的願望，但沙俄方麵置之不理，仍然繼續在雅克薩進行戰爭準備。康熙二十四年（1685）六月，清軍兵臨雅克薩城下。
打響了第一次雅克薩戰役，清軍大獲全勝，沙俄侵略軍狼狽逃竄。
第一次雅克薩戰役的戰火剛剛平息，托爾布津等殘匪又糾集尼布楚的援軍卷土重來，竄回雅克薩。消息傳到北京，康熙又命令薩布素從水陸兩路再次向雅克薩發起猛攻。康熙二十五（1686）年，第二次雅克薩戰役打響，托爾布津被擊斃。迫於清軍強大的攻勢，俄方不得不同意通過談判和平解決邊界問題，清軍於是解除了對雅克薩的包圍。此後，中俄雙方各自派遣代表團舉行會談，於康熙二十八年（1689），雙方簽訂了《中俄尼布楚條約》，它帶來了中俄東部邊境100多年的和平，也成為康熙抵禦沙俄侵略、維護和平和國家主權的曆史記錄。
康熙收複雅克薩之後，立即著手平定噶爾丹分裂祖國的叛亂。噶爾丹是漠西厄魯特蒙古準噶爾部的頭領。康熙十年（1671），噶爾丹用武力並吞了厄魯特蒙古的其他各部，占領了青海和新疆天山以南的廣大地區。此外他還勾結沙俄攻打已經歸附清朝的漠北喀爾喀蒙古。
康熙二十七年（1688），噶爾丹向喀爾喀蒙古發動了突然襲擊。他配合沙俄侵略者攻入內蒙古地區，擊潰了土謝爾汗的蒙軍，將庫倫城化作一片廢墟。在追擊喀爾喀蒙古的途中，噶爾丹叛軍大肆燒殺搶掠，人們丟下帳篷器具、馬駝牛羊，晝夜不停地向南逃命，這時沙俄乘機脅迫喀爾喀蒙古的上層人物叛國投俄，遭到了宗教首領哲布尊丹巴等人的堅決抵製。在哲布尊巴丹的率領下，喀爾喀蒙古歸附了清朝。康熙二十九年（1690），噶爾丹以追擊喀爾喀蒙古為名，再次發動武裝進攻。他帶領的兩萬名叛軍自呼倫池南下，叛軍的前鋒一直打到距離北京僅900裏的烏珠穆沁，京師震動。
麵對嚴峻的形勢，這年六月，康熙親臨狂風怒號、驚沙撲麵的塞北，指揮大軍迎戰噶爾丹。八月，清軍在烏蘭布通與叛軍交戰。噶爾丹依山麵水布下“駝城”，用來抵擋清軍的攻勢。“駝城”是將駱駝捆綁落地，在駝背上堆放箱垛，再裹蓋濕布布置而成。叛軍認為‘駝城”堅不可摧，易守難攻，可是在清軍猛烈的炮火攻擊下，不僅沒有成為堡壘。反而成為叛軍逃跑的障礙。由於康熙身患重病，清軍隻好班師回京。此後在康熙三十五年（1696）和康熙三十六年（1697），康熙又兩次率兵親征，誅殺了噶爾丹，徹底平定了噶爾丹發動的叛亂。
此後，沙俄又扶植策旺阿拉布坦和西藏反動奴隸主叛亂，也被康熙派兵擊敗了。至此，中國各民族要求統一和安定的願望終於實現了。中國遼闊的疆域版圖就在這個時期基本奠定。
整飭吏治廣攬人才
康熙深知，貪官汙吏的勒索和壓榨是激起民變的直接原因，為了清王朝的長治久安，他十分重視整飭吏治。他采納了“民生安危視吏治，吏治貪廉視督撫”的建議，特別注意處置腐敗的高級官吏。
湖廣總督蔡毓榮在平定三藩時任綏遠將軍。接受攻打吳氏巢穴昆明的命令之後，他按兵不動。等他入攻破城池，他反而大肆搶掠本應充公的吳氏財物，然後對貴戚重臣廣行重賄，將他人戰功貪為己有，竟然由此升官進爵。蔡毓榮的罪行敗露後，被判處絞刑。
在懲治貪官的同時，康熙多方扶持清官廉吏，大加褒揚，以起到移風易俗、扶正抑邪的作用。但在當時貪風盛行的官場上，為政清廉者實屬鳳毛麟角，因此康熙一朝大樹廉吏的榜樣。被康熙譽為“天下廉吏第一”的於成龍就是一個受百姓愛戴的清官。康熙十四年秋天，黃州發生了嚴重的自然災害，於成龍發放的賑濟糧救活了幾萬災民的性命。後來他離開黃州赴福建按察使任所時，幾萬黃州百姓送行到九江，哭聲與江濤聲連成一片。於成龍的廉能勤政，深得康熙讚許。康熙二十年，他特地在懋勤殿召見於成龍，稱他為“當今清官第一”、還賞賜白金、良馬、禦詩等，勉勵他始終如一，保持氣節。於成龍自此為政更加勤勉。他善於微服私訪，升任兩江總督後，屬下官吏不敢為非作歹，不久江南風氣大為改觀。他去世後，遺物隻有一襲棉袍和一些鹽鼓。康熙感慨不已。為了使廉風發揚光大，康熙特地為於成龍題了“高行清粹”四個大字，心痛地說：“當今像於成龍這樣清廉的人恐怕難找一個。”