乾隆二十年（1755），乾隆帝派兵平定準噶爾部的叛亂。康熙帝和雍正帝對準部多次用兵，但未根本解決問題。準部時服時叛，成為清廷一塊很大的心病。在厄魯特蒙古歸附後，乾隆帝感到形勢有利，命令班弟帶兵平叛，準噶爾部紛紛投降，接應清軍，叛亂很快平息，叛亂頭目達瓦齊被抓。
乾隆帝在平定了達瓦齊的割據勢力後，為了削弱準噶爾部的割據勢力，把厄魯特四部封為四汗。但是，阿睦爾撒納自恃平叛有功，一心想當四部的總汗，乾隆未答應他的這種要求，於是他積極準備叛亂。乾隆二十年（1755）九月，乾隆帝命他到避暑山莊避暑，想調虎離山。阿睦爾撒納看出了其中的用意，在半路上逃回，公開打出了叛亂的旗幟。
他們殺死了清朝派駐的將領班弟，乾隆派軍兵分兩路，長驅直入，很快就平定了叛亂，阿睦爾撒納逃到俄國。
南疆接著又發生了大小和卓的叛亂。大小和卓就是霍集占兄弟。他們是南疆的宗教首領，在維吾爾族中有很強的號召力。叛亂爆發後，乾隆帝派往南疆的使臣也被殺害。乾隆命令剛準備回師的兆惠率軍去南疆平叛。兆惠率領的清軍僅3000人，被霍集占率領的一萬多叛軍圍困在黑水。包圍曆時三個月，叛軍始終未能攻破。乾隆帝命駐守烏魯木齊的將軍富德赴南疆增援。霍集占在清軍的內外夾攻下迅速土崩瓦解，霍集占兄弟被當地部族所殺，這場叛亂最後被平息。
乾隆帝看到準噶爾部屢次發生叛亂，便於乾隆二十七年（1762）在惠遠城設伊犁將軍，總轄新疆南北兩路事務，從而加強中央政府對新疆的統治。
六下江南
清朝經過康熙、雍正兩朝的恢複和發展，社會經濟空前繁榮。25歲的乾隆皇帝即位後，勵精圖治，很有作為。他吸取了祖輩治國的長處，摒棄了他們的短處，采用剛柔並濟，一張一弛的治國方法。
當時國庫充裕，乾隆皇帝有恃無恐，連年用兵。取得勝利以後，他十分得意，自認為“十全武功”、“十全老人”。
他四處遊山逛水，在位60年，就六次遊江南。
各地地方官為了投皇帝所好，每次接聖駕都要大大排場一番，有時候一次就花去二三十萬兩銀子。乾隆皇帝每次乘船順運河遊江南，運河兩岸都搭滿了戲台、彩棚，沿河排列著無數彩船。他的龍舟及大大小小的隨行船隻共有1000多艘，都由青壯年民工和年輕婦女拉纖，稱為“龍須纖”。
除了遊山逛水，對女樂、珍寶、飲食、宮苑等等，乾隆皇帝也無所不好。花費最大的是慶壽大典，乾隆皇帝過60歲生日的時候非常奢華。
乾隆皇帝奢侈過分，有時候，連朝廷的一些大臣也看不下去了。有一個官員到江南去辦事回來以後，乾隆皇帝召見他，詢問江南民情如何。那個官員鼓起勇氣說：“自皇上南巡之後，百姓生活甚苦，怨聲載道。”乾隆皇帝一聽這話，臉色大變，就把他趕出朝堂，貶到新疆去了。
皇帝既然如此，其他的貴族官僚、地主豪紳上行下效，追求享樂，形成一種社會風氣。清江浦的河道總督衙門，每逢宴會，就要大擺宴席，非常浪費。
隨著統治階級享受欲望的不斷增長，官僚們的貪汙非常驚人。特別是大學士和珅。他深得乾隆皇帝重用，但他貪財好色，結黨營私。各級官吏都趨炎附勢，對他百般奉承，大量進行賄賂。
山東巡撫劉國泰是和珅的心腹，他私自挪用了10萬兩白銀的公款。禦史錢灃掌握了確鑿的證據，在朝廷上彈劾他，說他勒索下屬，挪用公款。乾隆皇帝見錢灃說得有根有據，心裏疑惑，就命令和珅和錢灃同去查核。
錢灃很有心計，他接到皇帝命令後，換上舊衣破帽，提前秘密出發了。他剛走到良鄉，就看到有一個肥頭大耳的奴仆打扮的人騎著一匹高頭大馬走來了。那人一路上勒索錢財，任意驅使地方官，非常狂妄。錢灃暗中打聽，原來他是和珅派往山東的信使。錢灃記下那人的相貌，一路上細心察訪。幾天後，在那人回來的路上把他抓住了。錢灃從那人身上搜出劉國泰給和珅的信，信上寫了借款填補庫銀虧空的事，用了很多暗語。錢灃當即把信密封好，專程派人呈奏給皇帝。