雍正四年（1726），清廷為了維護中央集權，加強對邊疆地區的統治，逐步推行“改土歸流”政策，廢除少數民族的土司世襲製度，改由中央政府委派可以隨時調換的流官進行管轄。在實行改土歸流之前，嶽鍾琪針對當地的情況，采取相應措施，妥善地處理土司間的矛盾，革除地方弊政，以維護社會的安定。如四川大小金川、沃日等地的土司，為爭奪地界而相互仇殺，紛爭不止。嶽鍾琪經過調查了解到，年羹堯在任時，曾命令金川土司將美同等寨割給沃日土司，這是造成他們相互仇殺的主要原因。嶽鍾琪奏請中央批準，將美同等寨歸還金川，而將龍堡三歌等地劃給沃日。如此一來各土司都心悅誠服，多年積下的矛盾也由此而消除。此外，這些地方的官員經常在土司官員病故之後，封存官印，向承襲人索取財物，財物到手後，又往往多年不給官印，許多部族首領為了搶奪官印，便互相仇殺，紛爭不已。麵對此種情況，嶽鍾琪嚴令：凡土官病故，應襲人必須按照規定的手續在六個月內申報承襲。在沒有得到批準正式承襲之前，仍按照代理官員的身份，掌管印信，處理有關事務，地方官不得勒封印信。待土司嫡長子孫承襲後，可以允許本土官詳報督撫請旨，酌情給予職銜，分割其地。這樣，既避免了事端，也使各土司“勢相維，情相安”，對鞏固邊區安寧，收到了顯著效果。
身遭疑忌平定叛亂
盧宗造謠惑眾一案，朝廷雖然作了嚴肅的處理，但對嶽鍾琪說來，卻由此埋下了無窮的隱患。所謂嶽鍾琪係嶽飛後裔的傳聞，在雍正帝心中留下了深刻的印象，從此他對嶽鍾琪便疑慮重重。這從雍正七年（1729）三月，雍正皇帝對曾靜、張熙叛逆一案迥然不同的處理，便可略見端倪。曾靜係湖南靖州生員，因考試落榜而萌生謀叛之念。他暗中唆使徒弟張熙詭名投書於嶽鍾琪，勸說嶽鍾琪一起謀反。嶽鍾琪立即將張熙拘捕審訊，要他供出幕後主使，但張熙卻閉口不談，隻字未提。嶽鍾琪改便策略，把他帶入密室，假裝與之盟誓，答應迎聘他的老師一起共謀舉事。張熙信以為真，將曾靜圖謀叛逆之事都一一從實說出。於是曾靜等皆被捉拿歸案。侍郎杭奕祿等奉旨趕至湖南會審，諸王大臣等合詞奏請將曾靜、張熙按大逆不道罪，予以正法。而雍正皇帝卻下詔寬宥其罪，這兩名犯有叛逆罪的人，竟然被無罪開釋，免於刀下一死。
雍正五年（1727），準噶爾汗策旺阿拉布坦死去，其子噶爾丹策零繼位。噶爾丹策零在沙俄的支持下繼續進行叛亂，數次往東深入外蒙古地區，擾掠喀爾喀諸部。清廷命傅爾丹為靖邊大將軍，屯駐阿爾泰山，出師北路；嶽鍾琪為寧遠大將軍，屯駐巴裏坤，出師西路，對噶爾丹策零進行討伐。麵對清朝的大軍壓境，噶爾丹策零聲稱願意交出逃匿其部的青海叛亂頭目羅卜藏丹津，作為緩兵之計，暗中卻加緊部署兵力，準備孤注一擲，作殊死一搏。清廷在識破其陰謀詭計之後，立即下令嶽鍾琪等赴京研討方略，籌辦軍務，以期征討。噶爾丹策零乘嶽鍾琪等赴京之隙，率2萬餘人突襲科舍圖。科舍圖在巴密、巴裏坤之間，嶽鍾琪在此設有牧場。噶爾丹策零突襲後，把牧場駝馬全部擄掠而去。嶽鍾琪的軍務參讚紀成斌曾派副參領查廩率領1萬清軍保護牧場，因力量懸殊，沒有能抵擋住叛軍的進攻。後來，總兵樊廷及副將治大雄等率領清軍2000人，與總兵張元佐所部聯合夾擊，才將大部分駝馬奪回。這件事，後來又成了朝臣攻擊嶽鍾琪的一個把柄。
雍正九年（1731）春，嶽鍾琪為直搗噶爾丹策零巢穴，奏請移師吐魯番、巴爾庫爾，但遭到了雍正帝的回絕。三月，噶爾丹策零的叛軍屢次進犯吐魯番等地，嶽鍾琪相機派兵應援，將叛軍擊退。雍正皇帝卻認為，嶽鍾琪應援吐魯番，乃不得已之舉。雍正帝同時強調，隻有等到入秋以後再出兵襲擊叛軍才是上上之策。如果僅籌劃應援，而不計劃如何襲擊，則是舍本逐末的作法。對嶽鍾琪的軍事行動，又表現出一種煩憂的情緒。
七月，準噶爾部傾巢大舉進犯北路，靖邊大將軍傅爾丹在和通泊（又作和通腦兒或和通呼爾哈諾爾）慘遭失敗。嶽鍾琪奏請乘虛統兵襲擊烏魯木齊，以分散和牽製敵人的兵力。雍正皇帝雖然表示同意，但對嶽鍾琪仍心存疑慮，嶽鍾琪由巴裏坤越木壘渡阿察河，直抵厄爾穆河，然後兵分三路奮勇擊敵，奪取叛軍所占據的山梁，殲敵無數。消息傳來，烏魯木齊周圍的叛軍也隨之潰散而逃。嶽鍾琪出師告捷，便遵照禦旨班師回營。雍正皇帝認為嶽鍾琪的這次進軍“進退遲速俱合機宜”，下令予以嘉獎。然而，雍正皇帝在奸臣們的讒言包圍之下，對他的疑慮並沒有消除。十二月，雍正皇帝又突然追究起一年半前科舍圖之役的責任，斥責紀成斌“怠忽”，把他降為沙洲副將。