雍正十年（1732）正月，嶽鍾琪終於“大禍”臨頭。當時，駐防鏡兒泉的副將馬順派巡邏兵遠出巡哨，突然遭遇叛軍，兩人被殺，一人被擄。嶽鍾琪上奏朝廷，建議以不遵軍令之罪，對馬順嚴加懲處。不料，雍正皇帝卻下令將嶽鍾琪與馬順一並交兵部審訊。
一些朝臣顯貴見嶽鍾琪受到雍正皇帝的指責，便不斷遞送奏折對嶽鍾琪曆數“罪狀”，橫加彈劾。十月，雍正皇帝下令還軍於巴爾庫爾，並再頒諭旨，曆數嶽鍾琪的種種罪過，嶽鍾琪被革職削爵，投入牢房。雍正十二年（1734），朝臣顯貴仍不肯罷休，一再上奏，要求將嶽鍾琪立即處斬。雍正帝念嶽鍾琪功勞卓著，威著海內，擔心將他立即處斬，會引起朝野輿論的反對，下令待秋審之後再行裁定。
受職複出再立新功
雍正皇帝死後，乾隆皇帝繼位。乾隆二年（1737），乾隆皇帝下令釋放了嶽鍾琪。身陷4年多牢獄之災的嶽鍾琪回到了四川老家，在成都郊外百花潭北築室閑住。
乾隆十三年（1748），清軍征討大金川叛亂，興師動眾，勞民傷財，卻徒勞無功。乾隆皇帝命令重新起用嶽鍾琪，給予總兵銜。嶽鍾琪到軍中，立即被授予四川提督，賜孔雀翎。
嶽鍾琪赴任後，與張廣泗商定，由他自黨壩帶兵攻取莎羅奔盤踞的勒烏圍。張廣泗卻一再堅持由昔嶺、卡撤進兵的主張。嶽鍾琪向他指出，昔嶺、卡撤中間隔著刮耳崖，距離勒烏圍的叛軍巢穴尚有百餘裏之地，不如改由黨壩進兵，因為黨壩距離勒烏圍隻有五六十裏，隻要攻破這個關隘，即可直搗敵巢。但張廣泗固執己見，沒有采納嶽鍾琪的建議。
結果清軍自五月進兵，到八月，仍然毫無建樹。乾隆皇帝十分震怒，下詔斥責嶽鍾琪，說他被重新起用後，“未聞發一謀，出一策”。無奈之下，嶽鍾琪隻好上奏揭露張廣泗專主由昔嶺、卡撒進兵的錯誤策略，檢舉他信用良爾吉和王秋的種種罪狀，同時提出了由黨壩進兵的建議。訥親也上疏彈劾張廣泗“勞師糜餉”。乾隆皇帝下詔將張廣泗逮捕治罪，不久又將訥親免職，改派大學士傅恒經略，代為督師。
乾隆十四年（1749）春，傅恒統領由各地調集的勁旅開赴盈川，立即整頓營壘，明號令，使軍容煥然改觀。接著傅恒下令將與莎羅奔勾結的小金川土司良爾吉和內奸王秋等斬首問罪，使莎羅奔等為之驚駭不已。嶽鍾琪經過周密考慮，向朝廷提出了一個進剿方略：派兵10000出黨壩及瀘河，水陸並進；10000自甲索攻馬牙岡、乃當兩溝，與黨壩軍會合，直攻勒烏圍；在卡撒留兵8000，堵禦敵軍，待攻克勒烏圍後，前後夾攻刮耳崖；再於黨壩留兵2000保護糧站，正地留兵1000防守瀘河；另用4000兵力以為機動力量，隨機接應。
乾隆十五年（1750）九月，傅恒調集精兵35000人，按照嶽鍾琪的進攻方略，分兵兩路向叛軍發動進攻。嶽鍾琪統領精兵自黨壩進攻康八達山梁，大敗賊眾；十二月，又揮軍攻進戰塔高山梁，隨後連連告捷，受到了乾隆皇帝的嘉獎。康八達山梁被攻破後，清軍已兵臨寨下，準備直搗勒烏圍的敵巢。莎羅奔彈盡糧絕，惶惶不可終日。嶽鍾琪一方麵下令大軍準備總攻，一方麵向莎羅奔展開招撫攻勢。過去在嶽鍾琪平定西藏叛亂時，莎羅奔也是個土司頭目；嶽鍾琪為川陝總督時，處理金川和沃日各土司的地界糾紛，辦事公平，將原先的金川屬寨割還給莎羅奔並奏請還給土司印信，莎羅奔認為嶽鍾琪是有德之人。此時，在清軍強大攻勢麵前，莎羅奔便派使者到嶽鍾琪軍前請降。嶽鍾琪請示傅恒後，親自帶領13名騎兵，前往勒烏圍的叛軍營寨，與莎羅奔進行長談，曉之以理，動之以情。莎羅奔頭頂佛經立誓，表示願聽約束。第二天，莎羅奔率郎卡等隨嶽鍾琪乘皮船來到清軍軍營投降。至此，持續了兩年多的大金川叛亂被平定了。
嶽鍾琪平叛有功，受到了乾隆皇帝的大力嘉獎，加太子少保銜，再封三等公，賜號為威信。嶽鍾琪入見皇帝，乾隆命他在紫禁城騎馬，取消西征中的70萬兩追償銀，給他兒子嶽涸、嶽澇加官侍衛，又賜詩褒揚他。不久命嶽鍾琪回師。乾隆十五年（1750），西藏珠爾默特叛亂，嶽鍾琪奉命前往征討。乾隆十九年（1754），重慶以陳琨為首的民眾發生暴亂，嶽鍾琪抱病前往，還親自前去鎮壓，還師途中，在資州病故。