李鴻章遣其弟鶴章及劉銘傳、郭鬆林等分道禦之。銘傳、鬆林與敵之先鋒相遇，擊之，獲利。然敵勢太盛，每戰死傷相當。時敵築連營於運河之涯，北自北漍，南至張涇橋，東自陳市，西至長壽，縱橫六七十裏，壘堡百數，皆扼運河之險，盡毀橋梁，備炮船於河上、水陸策應，形勢大熾。
鶴章與銘傳謀，潛集材木造浮橋，夜半急渡河襲敵，破敵營之在北漍者三十二。郭鬆林亦進擊力戰，破敵營之在南漍者三十五。周盛波之部隊，破敵營之在麥市橋者二十三。敵遂大潰，死傷數萬，河為不流，擒其酋將百餘人，馬五百匹，船二十艘，兵器彈藥糧食稱是。自是顧山以西無敵蹤，淮軍大振。六月吳江敵將望風降。
程學啟率水陸萬餘人，與銘傳謀複蘇州。進破花徑港，降其守將，屯濰亭。七月，李鴻章自將，克複太湖廳，向蘇州進發，先使銘傳攻江陰。敵之驍將陳坤書，均湖南、湖北、山東四大股十餘萬眾，並力來援。鴻章、銘傳親覘敵勢，見其營壘大小棋列，西自江濱，東至山口，乃定部署猛進攻之。敵抵抗甚力，相持未下。既而城中有內變者，開門納降，江陰複。
時程學啟別屯蘇州附近，連日力戰，前後凡數十捷。敵壘之在寶帶橋、五龍橋、蠡口、黃埭、滸關、王瓜涇、十裏亭、虎邱、觀音廟者十餘處，皆陷。而郭鬆林之軍，亦大捷於新塘橋，斬偽王二名，殺傷萬餘人，奪船數百艘，敵水軍為之大衰。李秀成痛憤流涕，不能自勝。自是淮軍威名震天下。
敵軍大挫後，李秀成大舉圖恢複，使其部將糾合無錫、溧陽、宜興等處眾八萬餘，船千餘隻，出運河口，而自率精銳數千，據金匱援蘇州，互相策應，與官軍連戰，互有勝敗。十月十九日（二年），李鴻章親督軍，程學啟、戈登為先鋒，進迫蘇州城，苦戰劇烈，遂破其外郭。秀成及譚紹洸等引入內城，死守不屈。既而官軍水陸並進，合圍三麵，城中糧盡，眾心疑懼。其裨將郜雲官等，猜疑攜貳，遂通款於程學啟，乞降。於是學啟與戈登親乘輕舸造城北之陽澄湖，與雲官等麵訂降約，使殺秀成、紹洸以獻，許以二品之賞。戈登為之保人，故雲官等不疑。然卒不忍害秀成，乃許斬紹洸而別。李秀成微覺其謀，然事已至此，無可奈何，乃乘夜出城去（十月甘三夜）。甘四日，譚紹洸以事召雲官於帳中，雲官乃與曉將汪有為俱，見紹洸，即刺殺之，並掩擊其親軍千餘人，遂開門降。廿五日，雲官等獻紹洸首，請程學啟入城驗視。其降酋之列銜如下：
一、納王郜雲官二、比王伍貴文三、康王汪安均四、寧王周文佳五、天將軍範起發六、天將軍張大洲七、天將軍汪環武八、天將軍汪有為當時此八將所部兵在城中者尚十餘萬人，聲勢洶洶。程學啟既許以總兵副將等職，至是求如約。學啟細察此八人，謂狼子野心，恐後不可製。乃與李鴻章密謀，設宴大饗彼等於坐艦，號炮一響，伏兵起而駢戮之，並殺餘黨之強禦者千餘，餘眾俱降。蘇州定，鴻章以功加太子少保。
先是八酋之降也，戈登實為保人。至是聞鴻章之食言也，大怒，欲殺鴻章以償其罪，自攜短銃以覓之。鴻章避之，不敢歸營。數日後，怒漸解，乃止。
案李文忠於是有慚德矣。夫殺降已為君子所不取，況降而先有約，且有保人耶？故此舉有三罪焉，殺降背公理一也，負約食言二也，欺戈登負友人三也。戈登之切齒痛恨，至欲弑刃其腹以泄大忿，不亦宜乎？雖彼鑒於苗沛霖、李世忠故事，其個或有所大不得已者存，而文忠生平好用小智小術，亦可以見其概矣。
蘇州之克複，實江南戡定第一關鍵也。先是曾國荃、左宗棠、李鴻章，各以孤軍東下深入重地，彼此不能聯絡策應。故力甚單而勢甚危。蘇州之捷，李鴻章建議統籌全局，欲乘勝進入浙地，與曾、左兩軍互相接應，合力大舉，是為官軍最後結果第一得力之著。十一月，劉銘傳、郭鬆林、李鴻章進攻無錫，拔之。擒斬其將黃子隆父子。於是鴻章分其軍為三大部隊：其（甲）隊，自率之；（乙）隊，程學啟率之，入浙，拔平湖、乍浦、澉浦、海鹽、嘉善，迫嘉興府，左宗棠之軍，（浙軍）亦進而與之策應，入杭州界，攻餘杭縣，屢破敵軍；（丙）隊、劉銘傳、郭鬆林等率之，與常勝軍共略常州，大捷，克複宜興、荊溪，擒敵將黃靖忠。鴻章更使郭鬆林進攻溧陽，降之。
時敵將陳坤書，有眾十餘萬，據常州府，張其翼以搗官軍之後背。李鴻章與劉銘傳當之，敵軍大盛，官軍頗失利。坤書又潛兵迂入江蘇腹地，出沒江陰、常熟、福山等縣，江陰、無錫戒嚴，江蘇以西大震。李鴻章乃使劉銘傳獨當常州方麵，而急召郭鬆林棄金壇，晝夜疾赴，歸援蘇州。又使李鶴章急歸守無錫，楊鼎勳、張樹聲率別軍扼江陰之青陽、焦陰，斷敵歸路。時敵軍圍常熟益急，苦戰連日，僅支。又並圍無錫，李鴻章嬰壁固守幾殆。數日，郭鬆林援軍至，大戰破敵，圍始解。鬆林以功授福山鎮總兵。
先是程學啟圍嘉興（此年正月起）極急，城中守兵，鋒銳相當，兩軍死傷枕籍。二月十九日，學啟激勵將士，欲速拔之，躬先陷陣，越浮橋，肉搏梯城。城上敵兵死守，彈丸如雨，忽流彈中學啟左腦仆。部將劉士奇見之，立代主將督軍，先登入城。士卒怒憤，勇氣百倍。而潘鼎新、劉秉璋等，亦水陸交進，遂拔嘉興。