馬皇後在坤寧宮聽到了這個消息，不由得大驚道：“皇上專好聲色，妄戮有功之臣，看來明代江山也要步元人的後塵呢！”當即擺起鳳駕，親自來諫阻太祖。
彼時太祖已是把黨人一一發落之後，正進宮來看吳美人和帖蘭，兩人已然經過太醫院診治，敷上治傷藥，繃紮住創口，換去了血衣，宮女們伏侍睡下。太祖也不驚動她們，在長春、永壽兩宮轉了轉，就往仁和宮來。
那天晚上宮中鬧亂子，因坤寧、景福、萬春、仁和四宮離得較遠，坤寧宮的舍宇又深，所以隻是遙聽得喊殺聲。當時逆黨隻向著永壽、長春兩宮中殺入，因吳良探知太祖隻幸這兩宮，所以不曾犯及他宮。坤寧等四宮得知有殺宮犯駕的，嚇得各宮內的宮女們將宮門緊閉，連消息都不敢出來探問。所以坤寧宮等始終沒有驚擾。事後，凡皇後以下都來向太祖問安。內中的惠妃，聽說驚駕犯聖的竟是自己的哥哥吳良，不覺嚇得顫兢兢的，見了聖駕，心裏便懷著十分的鬼胎。太祖瞧出惠妃的隱情苦衷，就好言安慰她。惠妃感激零涕，垂淚謝恩。原來依據國法，皇親國戚謀叛，妃子須得賜死或貶入冷宮。朝中大臣，曾上疏請貶惠妃和吳美人，太祖卻一概置之不理。
這時惠妃見太祖進宮，慌忙起身接駕，行過了常禮，就試探著問：“逆黨處置得怎麼樣了？”太祖氣忿忿地答道：“吳良悖逆，朕已將他砍了。”
到底是手足情動心，惠妃不知不覺淚便流了下來。太祖見了冷笑道：“這是他自作自受，哭他做什麼？”惠妃哪裏敢再說什麼，隻是連忙找帕子擦淚。正這時，忽報皇後的鳳駕到了，惠妃又忙出去迎接。馬後進了仁和宮，與太祖相見，隻行了個便禮就在對麵的金交椅上坐下。惠妃在一旁侍立著，馬後賜她坐，宮女掇過一個繡墩來，惠妃謝了恩才敢就坐。馬皇後向太祖說道：“臣妾聞陛下大誅逆黨，其中不乏朝廷股肱之臣，對這樣的人，現加戮誅，豈不有失眾心嗎？”太祖答道：“他們逆謀已顯，罪有應得，失什麼人心？”
馬皇後道：“這樣的大臣見戮，株連多人，諸臣皆惶惶不安，難道不是人心疏離的明證嗎？”太祖聽了不覺啞口無言，默然地垂下了頭。馬皇後又說道，“依臣妾的愚見，陛下宜急下諭旨，對於這次的黨案，首逆既已受誅，餘人一例不問，誰敢再提黨人的事，即行將他治罪，不然挾嫌誣告、假公濟私，就將永無了期了。”太祖立刻就點頭道：“卿言很是有理，朕就這樣辦吧！”
馬皇後見太祖容納她的勸諫，便高高興興地起身乘鳳輦回宮了。
第二天上朝，太祖果然下了一道停止追究黨案的上諭，其時有人控告胡維庸也通同謀逆的，太祖卻把呈控的人斥退。這樣一來，臣民等才始得漸漸安心，朝綱政事也日趨正常了。
為了當皇帝，漏網的胡維庸策劃一起更大的謀逆事件，作為一個小人物，內使雲奇在關鍵時刻向太祖報信，卻不料居然被太祖命人將他的舌尖割下，又截去他右手的五指，再砍去左臂，最後用金錘活活擊頭而死，但是雲奇卻勇於一份耿耿大忠，慘烈烈地挽救了太祖……
再興的黨獄又是殺人如麻，西華門外流水成赤……
靈芝助反心
馬皇後這一諫，雖救了無數人的性命，但也便宜了胡維庸。本來胡維庸應該感激知悔，從此不再生妄想，誰知他怙惡不悛，謀逆之心反而愈熾。當然這也不能全怪胡維庸，因為這個時候，太祖自經這回黨案後，疑惑臣下更比從前厲害了一層，不時派了親信近侍，暗中刺探大臣的行動，有一次，文臣錢宰罷朝回家後，隨口吟了一首詩：
四鼓咚咚起著衣，
午門朝見尚嫌遲，
何時得遂田園樂，
睡到人間飯熟時。
這首詩被檢校偵聽到，報告了太祖。第二天，太祖就對他說：“你昨天作了首好詩，隻不過朕可並沒有‘嫌’啊，改作‘憂’字如何？”嚇得錢宰出了一身冷汗，連連磕頭謝罪。
檢校甚至還監視百官家屬的言行，有一次，檢校探聽到有一女僧引誘華高、胡大海的妻子信奉西僧，行“金天教”法，太祖就下令將兩家的婦女連同那女僧一起扔進河裏處死。檢校還遍布於各級衙門之中。這樣的敲山震虎，打騾子馬驚，胡維庸心裏也愈覺不安了，就又勾通了兵部尚書夏貴、禦林軍教練馬琪、都禦史岑玉珍、檢事毛紀、將軍俞通源等，日夜籌議起事。
其時劉伯溫致任家居，得知胡維庸漏網，仍在那裏結黨謀亂，就秘密上疏告變。不想這道奏牘在經過胡維庸一黨的夏貴之手時，就把它塞在袖裏，然後不去謁見皇帝，而是去拜會了胡維庸，胡維庸看了劉伯溫的奏章後大驚道：“此人不誅，終是大患。”於是就和夏貴商議好了，由夏貴請劉伯溫赴宴。劉伯溫不知是計，應召前往，待到宴罷回去，就覺得頭昏心痛，不多久就嗚呼哀哉，於是就這樣發生了這件讓後來知道真情的太祖痛悔不已的中毒憾事。