“我要讓自己健壯起來。”魏格納倔強地說。
為了增強身體素質，魏格納開始了近乎殘酷的體育鍛煉——整個冬天，他每天都去雪地練習滑雪，就是遇到暴風雪，也不間斷。夏天，他規定自己每天早晚各跑5000米，有多少次，他不顧家人的勸阻，仍按時出發，義無反顧地衝進大雨中……暑假到了，魏格納約上弟弟庫特，爬上一座山峰，進行了整整一個假期的登山活動。大學畢業前兩年的冬天，他常去拜訪一所小型氣象觀測站的朋友。盡管這個觀測站座落在山頂上，山路陡峭不平，樹叢密布，滑雪相當困難，魏格納卻總是奮力前往，摔倒了再爬起來，直到目的地，方才罷休。艱苦的磨煉，使魏格納的身體漸漸強壯起來。
1905年，魏格納以優異的成績結束了在柏林因斯布魯克大學的讀書生活。接著，他便投身於柯彭教授的門下，從事高空氣象學新技術的研究。
高空探測氣球，是當時測量高空氣象情況的必要手段。魏格納認為理論應該和實踐相結合，沒有事實，科學就是僵死的，就沒有說服力。為了獲得可靠的第一手資料，必須到空中去看一看。
魏格納要讓氣球將自己帶上天空，這不僅需要嫻熟的技術，身體條件也至關重要。盡管魏格納經過艱苦的磨煉，體質健壯。但是他第一次坐上氣球，剛剛升空不久，就因頭昏眼花而被迫停飛。
“我早就說過，你的身體不行。”父親又一次相勸。
“我看你還是將精力放在地麵工作上，這是你自身條件決定的。”柯彭教授也不願讓自己的學生受罪。
“不，我認為我行！”每次，魏格納總是重複著這句話。
這以後，魏格納憑著自己堅韌的毅力和勇氣，進行強化性訓練。經過訓練，魏格納的身體一次比一次適應了，技術一次比一次熟練了，在不到半年的時間裏，他掌握了高空飛行的全部技巧，飛行高度達到3000公尺。不久，傳來一個好消息：1906年4月，將進行文登·貝爾特探空氣球比賽。魏格納異常興奮，他認為這是一次評判和考驗自己的好機會，於是，他的訓練更加刻苦了……4月5日這天中午，魏格納和他的弟弟合作，乘坐3000立方米容量的大氣球，開始了驚心動魄的氣球飛行。他們從柏林飛往德國北部的尤特蘭德，又往南飛到阿沙芬堡，在空中飛行了整整54小時，飛行高度達3700公尺，打破了當時在空中停留35小時的世界紀錄。
兄弟倆在白雲中間飄蕩，好像踏著雲朵走來走去。仰望藍天，太陽時出時隱，氣球越飛越高了。到了夜晚，氣溫降至零下16度，凍得無法睡眠。第三天，氣球上升到3000多米高空，真是冷氣徹骨，好在魏格納平時經過艱苦訓練，他終於得以完成了這次氣球飛行。在這次飛行中，他們準確地測得了高空的氣溫、氣壓、風速和風向，達到了預期的目的。這兩位英俊的青年一著陸，便被前來采訪的記者們團團圍住了。
記者們熱情地讚揚：
“啊，上帝！真是棒極了！”
“熱烈祝賀你們創造了新的世界紀錄，請談談你們的感想。”
魏格納兄弟愣住了。他們沒有想到自己會打破世界紀錄。
“我們隻是熱心於這項工作。在空中，我們總想再飛一會兒，再飛高一點兒，就是這樣。”魏格納的回答竟這樣輕描淡寫。弟弟微笑地點點頭，完全讚同哥哥的話。
顯然，創造世界紀錄的勇士是一直潛心致力於科學的人們。他們參加探空氣球比賽，完全是為了科學事業。
在從事高空氣象學的研究中，魏格納雖說是後來者，但在大學畢業後不到一年的時間裏，他憑著自己的鑽研精神，寫出了好幾篇有獨到見解的論文。這些論文受到了當時氣象學界權威人士的高度重視。
當時，氣象學是一門新的學科，各國從事這一領域研究的許多專家、學者都以全球為目標，迫切需要了解各式各樣的氣象資料，以便推動這門新學科向更準確、更完整的方向發展。於是，許多氣象科學家隨各種考察隊、探險隊一起，前往世界各地，親自去獲取那裏的第一手資料。
1906年夏天，魏格納得知將有一支著名的丹麥探險隊去格陵蘭考察。這是一次多麼好的機會！魏格納立即向政府提出申請，要求隨隊一道前往，對那裏的氣象進行實地考察。
然而，提出這一申請的遠不止他一個人。在眾多的競爭者中，年輕的魏格納憑著在氣象學領域內的突出成績，和他那遠近聞名的頑強精神，終於贏得了政府的信任。政府派他以官方氣象學者的身份，隨這支丹麥探險隊一起前往格陵蘭。