1937年“七·七”事變發生後，8月4日平津失陷，13日上海又告急，楊仲子、吳伯超等奉命帶領部分學生撤往重慶和成都。
1939年4月，教育部成立音樂教育委員會，楊仲子主持該會第三組即編輯組的工作。
1941年7月，教育部任命楊仲子為國立音樂院長，李抱忱任教務主任，易開基為鋼琴組主任，黃友葵女士為聲樂組主任，楊蔭瀏為國樂組主任，陳田鶴為理論作曲組主任，張洪島任管弦樂組主任。至於教授和講師，則包括早期名人胡然、江定仙、陳振鋒、儲師竹、劉北茂、劉雪庵、蔡紹序等。學生約有一百五十餘人。真是群英薈萃、人才濟濟。
1943年，楊仲子院長被調任教育部音樂教育委員會主任委員，委員有陳果夫、盧前、吳伯超、儲師竹等十九人。楊主任委員任是職到1945年抗戰勝利後還都南京，均在教育部工作。
順便說一下，北平著名國樂家劉天華，於1932年患猩紅熱逝世，時年才三十八歲。他的自譜樂曲《病中吟》、《空山鳥語》和《光明行》膾炙人口，流傳不衰。他死後，其手稿、作品、紀念文章和照片及哀挽聯等，由楊仲子等編成《劉天華先生紀念冊》，於1933年由中央研究院、北平研究院、北京大學等八個機構聯合刊行。
徐悲鴻、蔣碧微與楊仲子
2003年3月，筆者在看江蘇衛視節目時，忽看到由王剛主持的“家藏寶物”中有一位南京民間收藏家李學忠，在銀屏上展示了一封他收藏的徐悲鴻致楊仲子的親筆函，徐悲鴻致友人的信流失較多，無疑此函是一件並不多見的遺物。
說起來，徐悲鴻、蔣碧微伉儷與楊仲子在歐洲還有一段交情。事情是這樣的：當楊仲子已在瑞士洛桑喜築愛巢之時，一天忽然得知尚未成名的徐悲鴻與蔣碧微夫婦，不遠萬裏來到法國巴黎讀書的消息，他非常高興，於是便去函邀請他倆到洛桑來做客。徐悲鴻早知瑞士有世界花園之美稱，對那裏優美的風景十分向往，但苦於囊中羞澀，但又實在經不住誘惑，最後決心去一趟。
1919年冬天，徐悲鴻夫婦終於到達洛桑，他倆受到楊仲子（時年三十四歲）夫婦的熱情歡迎和接待，主人竭盡地主之誼使客人銘感不已。蔣碧微後來回憶這段往事，她說：“楊家住在洛桑，洛桑位於日內瓦湖北岸，群山疊翠，湖水澄清，街道依山而築，高低參差，層次分明，尤其清潔整齊，纖塵不染，令人賞心悅目。”她接著滿懷深情而又惋惜地說：“我們在瑞士整整住了半年，楊仲子夫婦非常好客，瑞士人也都殷勤和藹，在這天時地利人和的環境中，我們過得十分愉快。唯一的遺憾是因為經濟不寬裕，沒有機會欣賞一下聞名天下的瑞士雪景，隻不過在附近的名勝地區走走罷了。”瑞士之旅令他倆非常難忘。
1920年春，當徐悲鴻夫婦準備返回巴黎時，突然發生了一件有趣的事，原來徐悲鴻進入瑞士後，他倆的護照便被收存於洛桑市政府。但瑞士是個法治國家，稅製極嚴，瑞士政府根據你的每月花費，發單課稅，待完結後，憑單發還護照。對於納稅，徐悲鴻很是焦急，因他囊中羞澀，而楊仲子又是愛莫能助，再說徐悲鴻也不好意思讓楊仲子出錢。徐悲鴻於是求助於中國駐瑞士公使館，想碰碰運氣。按規定申領新護照必須將舊護照作廢方可，誰知好運來了，按蔣碧微說因為大使館“馬虎”，竟讓他倆並不費勁地便領到新護照。事情果真是“馬虎”嗎？那是中國公使汪榮寶網開一麵暗助同胞而成的。楊仲子對此也很高興。
徐悲鴻、蔣碧微告別楊仲子從容離境而去。事後蔣碧微在回憶錄裏，還為省下這筆稅款而興奮不已，因為他倆實在是太窮了。蔣碧微又意味深長地感慨地說：“這事算起來也有四十五年，恐怕我們的那張護照至今還在洛桑市政府的檔案裏保存著哩！”此言不謬，此舉不能不說是一個“妙招”。
回巴黎後，徐悲鴻進了法國國立最高藝術學校，蔣碧微則經過法方甄試，進入一家女子學校五年級（相當於中國的初中一年級）讀書。他倆與楊仲子常有書信往來，今日南京收藏家所示徐悲鴻致楊仲子親筆函，當是致楊仲子問候信中的一封。