在這個時期方誌敏還不顧我黨江西省委內部的一些右傾機會主義分子的阻撓，召開了農協幹部會，傳達了毛澤東的《湖南農民運動考察報告》的精神，並舉辦了江西農民運動訓練班，親自講課，為農運工作培養了一批骨幹。到1927年6月，江西已有10縣、171個區、2009個鄉成立了農民協會，農協會員已增至382600人，全省的農民運動如火如荼地開展起來。
南昌起義和八七會議後，方誌敏組織弋橫暴動。暴動失敗後，方誌敏認真總結教訓，並保存隊伍實力，粉碎了敵人數次“圍剿”。1929年冬成立了信江工農民主政府，任主席，後又組成紅十軍，贛東北根據地形成。
蔣介石在上海發動“四一二”反革命政變後，江西的反革命勢力也開始抬頭了。6月5日，朱培德終於徹底撕下偽裝，動手清黨。那天，方誌敏正在省農協辦公室研究各縣農民鬥爭的情況報告，忽然有一個人來通知他趕快離開。在來人的催促下，方誌敏到了省委機關。過後不久，果真來了一個營的兵力，將省農協團團圍住，收繳了自衛軍的槍械，並搜查了方誌敏的臥室。過後，朱培德強令方誌敏、袁玉冰等24名共產黨員和國民黨左派，限期離開江西境內。
方誌敏由於及時轉移，暫時脫離危險，在省委安排下暫住南昌黨委的秘密交通機關，方誌敏在那裏遇到了彭湃和長江局書記羅亦農。大家聚在一起，研究下一步的對策，經過分析，一致認為目前城市工作隻有轉入地下，而農村則有廣闊的空間，一定會大有作為。組織決定派方誌敏以全國農協特派員的身份到安全地區視察黨務，並領導開展農運工作。
幾天之後，方誌敏告別了彭湃和新婚不久的妻子繆敏等人，化名李祥鬆，搭乘小輪船，離開南昌，向贛西南一帶農村進發了。
方誌敏到達吉安後，在當地黨組織配合下，深入農村調查研究，發動農民掀起了聲勢浩大的“二五減租”運動。方誌敏還到吉水、蓮花、安福一帶開展減租運動，培養了一大批農運骨幹，為以後的農村革命的開展打下了良好的幹部和群眾基礎。
7月中旬，汪精衛在武漢公開叛變革命，國共合作完全破裂。不久，八一南昌起義的消息到了吉安，方誌敏精神為之一振。他意識到一場革命風暴很快就會到來，他認真總結了大革命失敗的經驗教訓，考慮到家鄉是他多年從事革命實踐的地方，那裏仍保存著一大批黨團員和革命骨幹，群眾思想覺悟高，革命的思想和組織基礎都較好，同時，贛東北地處閩浙皖贛的結合部，敵人力量薄弱，地勢又險要，有回旋餘地。因此，他決計回弋陽從事革命活動，組織農民暴動。
1940年，葉劍英為被捕後的方誌敏照片題詩。1927年8月下旬，方誌敏化裝潛回湖塘村。當時弋陽的黨組織被破壞嚴重，許多共產黨員和革命群眾慘遭逮捕殺害，反動派還四處張貼告示“懸賞捉拿方誌敏”。方誌敏懷著強烈的革命熱情，不顧個人安危，仍然積極進行秘密串連和發動。方誌敏設法把潛伏在磨盤山一帶的邵式平、黃道、鄒琦、彭皋等人和分散在弋橫各地的農運骨幹黃鎮中、方遠輝、方誌純、吳先民、鄒秀峰等都重新聚集到一起，依靠他們分頭回鄉發動群眾，7天之中就組建了七十幾個黨支部，恢複了20多個農民協會及其他群眾團體。在方誌敏的正確領導下，弋橫地區的革命鬥爭很快就重新打開了局麵。
不久，方誌敏從省委特派員劉琦那裏了解到中央召開的八七會議的精神。這次會議集中批判並糾正了陳獨秀右傾投降主義錯誤，並且作出了實行土地革命，舉行秋收暴動的決定，方誌敏深受鼓舞。之後，方誌敏遵照指示，返回弋陽九區，準備召開鄰近幾縣黨員骨幹會議，傳達八七會議的精神。方誌敏趕到漆工時，九區的農民團300多人，在方遠輝、黃鎮中等人的領導下，已經行動起來，繳了敵人兩條槍，攻打了張念誠的老窩——烈橋，拉開了武裝暴動的序幕。
11月25日，方誌敏在窯頭村祠堂主持召開了著名的弋陽、橫峰、貴溪、上饒、鉛山(缺席)五縣黨員會議，到會的有邵式平、黃道、方遠輝、方誌純、鄒琦、鄒秀峰、吳先民等10多人。方誌敏傳達了八七會議精神，指出當前贛東北黨組織的主要任務就是深入開展土地革命，實行武裝暴動。
會議決定以自然村為單位，組織農民革命團，30人以上為一個團，團下設排，排下設班，以作為武裝起義的組織形式，並製訂了農民革命團團員公約。
這時由於叛徒告密，弋陽縣委機關遭到破壞，黨組織和革命運動遭受重大的挫折，繆敏和兩位負責人被捕，弋橫等地黨組織與上級黨又失去了聯係。方誌敏毅然重新成立了中共五縣工作委員會，作為五縣黨組織的領導機構。同時還成立了暴動總指揮部，由方誌敏任總指揮。