1854年，奴隸製的擁護者廢除了《密蘇裏妥協案》，他們不顧法律上和地理上對奴隸製的限製，力圖依靠武裝匪徒在堪薩斯州推行奴隸製，由此引起了1854年至1856年的堪薩斯內戰。這次內戰，一方麵促進了共和黨的誕生，另一方麵引起了民主黨的分裂。
堪薩斯內戰期間，原來的自由黨和民主黨中的資產階級，包括1848年新成立的自由黨人和其他廢奴主義者在1854年成立了共和黨。共和黨代表了北部資產階級的利益，提出了比較進步的政綱，主張實行保護關稅，保障人民可以低價購買土地的宅地法案，反對將奴隸製擴展到新的地區，提出了言論自由、勞動自由、人身自由等政治口號。但另一方麵，共和黨又譴責主張用暴力解放奴隸的約翰·布朗所組織的哈潑斯渡口起義（他起義失敗，被判處絞刑），政治上呈現右傾趨勢。
林肯這時重新投入了政治活動，他參加了共和黨，不久就成為這個黨的組織者和領導者之一。
1856年6月，共和黨第一屆全國代表大會在費城召開，林肯自己並未出席，但被選為該黨副總統候選人。盡管後來沒有當選，但獲得的選票並不少，在全國已享有一定的聲望。
1858年，林肯和道格拉斯分別由伊利諾斯州共和黨和民主黨提名為國會參議員候選人。雙方在競選期間就奴隸製問題進行了7次公開論戰，這是當時全國性大辯論的一個重要組成部分。
道格拉斯是民主黨的著名活動家、白種人優越論者。他一方麵高唱平民主權原則，主張在新地區內可由居民自行決定是否允許存在奴隸製；另一方麵又表示同意最高法院可行使聯邦的權力。宣布在新地區實行奴隸製的法律。這就是道格拉斯在奴隸製問題上的兩麵派態度。
林肯則認為奴隸製最終是應消滅的，主張修改逃奴追緝法，並支持先在首都華盛頓對奴隸主進行賠償的辦法消滅奴隸製。林肯在論戰中發表了強調“一個分裂的家庭不能長久”的著名演說，指出必須維護聯邦的統一。
這次演說引起了全國的重視和注意。但道格拉斯使用詭計並花了巨額競選費用，奪取了參議員席位。暫時的失敗鍛煉了林肯，他堅信自己是正義的。此後兩年林肯走遍全國，堅持不懈地宣傳國家統一和反對奴隸製的主張，受到群眾的熱情支持。
受命於危難
1860年5月，伊利諾斯州的共和黨州代表會議提名林肯為總統候選人。一個星期後，在芝加哥舉行了共和黨全國代表大會，林肯擊敗對手西華德成為共和黨總統候選人。緬因州的參議員共和黨人哈姆林當選為副總統候選人。
大選在1860年11月舉行，選舉結果共和黨獲勝，林肯當選為美國第十六任總統。然而在南部的10個州裏，他沒有得到一張選票。盡管如此，他的勝利意義仍很重大，因為在建國以來的72年間，南部種植園主左右聯邦政權達50年之久，林肯的當選，結束了他們對聯邦政權的控製。
而在林肯當選之後，此時國內南北的矛盾已達到激化的階段。瘋狂的奴隸主們百般辱罵林肯，揚言“不管後果如何，要麼血染波托馬克河，要麼把北美大陸上的自由一掃而光。南部決不會在亞伯拉罕·林肯就職這種侮辱和可恥的事情麵前屈服”。他們在亞拉巴馬州的一次集會上，甚至打出了“反抗林肯就是服從上帝”的旗號。