朕臨禦以來，敬天勤民，孜孜不懈，年近九秩，功蕆十全，前年授璽後，猶複敕幾訓政，罔敢暇逸。邇年教匪不靖，宵旰焦勞，猶幸精神強固，於一切剿捕機宜，無不隨時指示。今勒保秉承訓諭，將川省首先滋事渠逆王三槐臨陣生擒，其餘窮蹙夥黨，勢同摧枯拉朽，不日全可蕩平。捷音馳到，正值朕同皇帝駐蹕山莊，各蒙古王公祝厘瞻覲之時，中外同深歡慶。而朕於武功十全之外，又複親見掃除氛祲，成此巨功。
同時，太上皇又命勒保晉封公爵；大學士、軍機大臣和珅亦以“襄讚機宜，承旨書諭，一手經理，夙夜宣勞”，加恩晉封公爵。其實，所謂“臨陣生擒”白蓮教首領王三槐一事，本無足稱道，實際上是總督勒保設計誘俘而已。《清史稿》“劉清傳”載：“總督勒保攻王三槐於安樂坪未下，複令劉清往招撫，三槐恃前此出人大營無忌，留隨人劉星渠等為質，三槐遂詣軍門，勒保奏報大捷俘三槐。”前往招撫的知縣劉清前因德澤在民，故有“劉青天”之稱；不幸的是，這次“劉青天”並不光明磊落，而是扮演了劊子手釣餌的角色。太上皇望捷心切，把誘俘悍酋吹噓為武功十全之外的“巨功”，真可謂到了自欺欺人的可悲地步。八月十三日太上皇在避暑山莊度過了八十八歲“萬萬壽聖節”，亦即平生最後一次誕辰後，就帶同皇帝啟鑾回京了。
回鑾京師後，太上皇一直住在西郊禦園。他可能有某種預感要與自己滲淡經營一生的圓明園訣別了，因此，終日在園中盤桓而不忍離去，直到立冬，才回到紫禁城內的皇宮。十月十九日，太上皇冊封年近七旬的穎妃巴林氏為貴妃，冊封揚州籍芳嬪陳氏為芳妃。進入十一月後，嘉慶皇帝率同王公大臣以及各省督撫再三合詞籲請籌備於嘉慶五年（1800年）舉行“九旬萬萬壽慶典”。太上皇“不得已姑允所請”，降敕旨照康熙六十年（1721年）及乾隆八旬萬壽慶典之例備辦，並指定由和珅總負其責。
不料，剮交冬臘，預計盛況空前的九旬萬萬壽慶典的籌備工作還沒開張，八十八歲高齡的太上皇就因感受風寒，身體大覺不適。乾隆素來身體健康，一生很少患病，見於正式記載的，隻有乾隆四十八年（1783年）夏，因“氣滯舊患”發作，北郊祭地大祀才派皇六子永珞恭代行禮，但聖躬很快調理複元了。此次太上皇的病也沒有立見危象，不過時時眩暈而已，病情極不穩定，有時夜裏呻吟不止，白天又平靜如常，有時早晨神誌昏迷，晚間卻複清醒。眼看已經到了歲末年初，慶典頻頻，嘉慶皇帝與和珅、福長安等近臣都力勸太上皇節勞遵養，但太上皇仍撐持著參加了除夕在重華宮舉行的筵宴，還在漱芳齋接見了朝鮮、暹羅的使臣。嘉慶四年正月初一，照例在太和殿舉行的朝賀大典臨時改在了乾清宮。由於殿庭比較狹窄，嘉慶皇帝率諸王貝勒及二品以上大臣在殿門內行禮，三品官員和屬國使臣隻能在門外行禮，他們未能目睹太上皇最後的容顏。
太上皇帝不能親臨外朝太和殿受賀，外間遂開始紛傳聖躬病篤的各種謠言。上年眾星交流，天示異象，欽天監雖匿而不報，但在上層極小的圈子裏，已有某種不祥的預感。而入冬以後，時疫大熾，死者相繼，民間亦相傳“當今太上皇末運，有此時令”。不過，總的看來，京內外晏安無事，臣民都在平靜地等待著“大故”的到來。
嘉慶四年正月初二日，天色向暮，太上皇帝乾隆也即將走完他八十九年漫長的人生旅途。他已陷入了深度昏迷，但雙手仍緊握跪侍在旁的嘉慶皇帝的肩頭，禦醫再無回天之力。具有無限權力的人也無法阻止死神的來臨。
翌日，太陽升起之時，一顆巨星同時隕落。
這是公元1799年2月7日上午七時（《清實錄》記為辰時，《朝鮮實錄》記為卯時），太上皇帝壽終正寢於帝國政治心髒養心殿。
太上皇帝屍骨未寒，朝局便起了翻覆。
正月初三，頒布早已擬就的太上皇帝《遺詔》。乾隆在《遺詔》之首對一生業績作了如下的自我總結：
朕仰荷上蒼鴻佑，列聖貽謀，爰自衝齡，即蒙皇祖鍾愛非常，皇考慎選元良，付畀神器。即位以來，日慎一日，敬思人主之德，惟在敬天、法祖、勤政、愛民，而此數事者，非知之艱，行之維艱。數十年來，嚴恭寅畏，弗懈益虔。每遇郊壇大祀，躬親展恪，備極精禋，不以年齒日高，稍自暇豫。中間四詣盛京，恭謁祖陵，永維創業之艱，益切守成之懼。萬幾躬覽，宵旰忘疲，引對臣僚，批答奏章，從無虛日，各省雨暘豐歉，刻縈懷抱。凡六巡江浙，相度河工海塘，軫念民依，如保赤子。普免天下錢糧者五，漕糧者三，積欠者再，間遇水旱偏災，蠲賑並施，不下億萬萬，惟期藏富小民，治臻上理。仰賴天祖眷貽，海宇升平，版圖式擴，平定伊犁、回部、大小金川，緬甸來賓，安南臣服，以及底定廓爾喀，梯航所至，稽首輸忱。
對三年有餘的太上皇時代，乾隆的自我評價是“訓政以來，猶日孜孜”。而其時白蓮教大起義已成燎原之勢，《遺詔》則稱：“近因剿捕川省教匪，籌筆勤勞，日殷盼捷，已將起事首逆緊要各犯，駢連就獲，其奔竄夥黨，亦可計日成擒，蕆功在即。”