這時候天已經黑下來了。透過清軍的炮火，可以看到一股又一股的叛軍依然拚命的往上衝。薩布素情知，如果再從附近抽調大批清軍過來，那整個南線防守，就會變得十分稀鬆，就會很容易被別的什麼地方的叛軍趁黑夜衝出去，但薩布素同時又深知，一切還是以保護皇上為緊要，如果康熙皇上有了什麼閃失，那即使將叛軍一個不漏地全殲了，也是得不償失的，還有，薩布素已經看出，向康熙皇上這兒發動攻擊的叛軍，至少在三萬人左右，如果把這股叛軍殲滅了，再加上被索額圖、明珠和費揚古圍著的叛軍騎兵，則叛軍的主力基本上就沒有了，即使漏網一些叛軍，也寥寥無幾。
這麼想著，薩布素便以從附近調來了二萬名清軍官兵，分左右兩路，向阿奴所率的叛軍包抄過去。這樣一來，阿奴和她所率的叛軍，縱然插上翅膀，恐也是插翅難逃了。但同時，康熙左右兩側的清軍防線，隻有不到一萬名清軍官兵把守了。而噶爾丹身邊的叛軍騎兵，則還有五千多人，五千多個騎兵，加上夜色掩護，是不難衝破清軍左右防線的。也就是說，阿奴以自己和近三萬名叛軍步兵的性命為代價，為噶爾丹脫逃，創造了充分而又必要的條件。
戰至午夜，阿奴所率的三萬名叛軍步兵至少已死傷過半。而索額圖、明珠和費揚古等人也早殲滅了叛軍騎兵，開始與康熙、薩布素一起，合圍阿奴。到次日黎明，除數千叛軍投降外，其餘叛軍全部被清軍所殲。
然而，噶爾丹卻乘著夜色逃跑了。不過，讓清軍略略感到安慰的是，在一處山坡的凹地裏，發現了噶爾丹的妻子阿奴的屍體。她顯然是被炮彈炸死的，渾身上下血肉模糊，隻一張俏麗的臉蛋似乎絲毫無損。她仰臥在地，一手握刀，一手執劍，一對水靈靈的眼睛睜得溜圓，仿佛在深情地凝望著已經逃之天天的噶爾丹。
康熙特意走到阿奴的屍體旁，先是默默地看了看她的死狀，然後吩咐薩布素道：“把這個女人就地掩埋了吧……雖然她是個叛匪，但她的英勇無畏，朕卻也欣賞！”
康熙又麵對著索額圖、明珠和費揚古道：“朕向你們保證，隻要那噶爾丹還活著，朕就一定還會親征！”
昭莫多一役，雖然噶爾丹逃跑了，但噶爾丹的叛軍主力，卻基本上被清軍殲滅。換句話說，自昭莫多一役後，噶爾丹便再也沒有力量舉兵東犯或南犯了。
實際上，噶爾丹自兵敗昭莫多後，已經處於一種垂死的境地。他本想逃回自己的大本營伊犁的，可據守伊犁的他的侄子策妄阿拉布坦卻布下重兵，要活捉他解送清廷。原來，策妄阿拉布坦聽說噶爾丹在昭莫多慘敗後，馬上就派人赴北京向清廷表示歸順之意，還將噶爾丹和阿奴的女兒鍾齊海也押往北京、表明他與噶爾丹徹底決裂的立場。這樣，噶爾丹最後的退路便被策妄阿拉布坦徹底地斷了。
這裏有必要補充一點的是，策妄阿拉布坦雖然當時明確地表示臣服於大清朝廷，但在康熙末年和雍正年間，當準噶爾部又逐漸強大起來之後，策妄阿拉布坦便又與大清朝廷為敵，重燃內戰烽火，最終為清軍所敗。這裏還有必要補充一點的是，策妄阿拉布坦雖然與噶爾丹一樣，都曾與大清朝廷開戰，但開戰的性質卻有著本質的不同。噶爾丹是在沙俄侵略者的支持下發動叛亂的，他的行為，是一種分裂祖國的可恥行為。而策妄阿拉布坦與清廷開戰，則屬於一國之間的民族矛盾和衝突。後來，沙俄侵略者乘策妄阿拉布坦與清廷交戰兵敗之際，竭力拉攏引誘策妄阿拉布坦，甚至勸說策妄阿拉布坦加入俄羅斯國籍，這，不僅遭到了策妄阿拉布坦的嚴詞拒絕，而且，當沙俄侵略軍對準噶爾地區發動武裝入侵時，策妄阿拉布坦還率領準噶爾軍民對沙俄侵略軍進行了英勇的反擊。當然，這些都是後話。
噶爾丹不能再回伊犁，自然對策妄阿拉布坦非常地氣憤，可是，噶爾丹當時的身邊，隻剩下四千多個殘兵敗將，根本不可能遠赴伊犁與策妄阿拉布坦一較長短。萬般無奈之下，噶爾丹隻好把最後的希望寄托在沙俄政府身上，乞求沙俄政府對他進行庇護。因為，噶爾丹深知，就他身邊這幾千個人，隻要清朝大軍一到，他就再也沒有生還的機會了。然而，令噶爾丹大失所望的是，沙俄政府根本就不願庇護他，甚至拒絕他進入俄羅斯境內。噶爾丹對沙俄政府的這種“背信棄義”的作法自然又大為憤慨，可除了“憤慨”之外，他隻能又無能為力。
既不能去伊犁，又不能去沙俄，噶爾丹隻能帶著殘兵敗將流竄於塔米爾河一帶，成了一股名副其實的流匪、流寇。據沙俄有關書籍記載，當時的噶爾丹，“士兵不到五千人，牲畜寥寥無幾，許多人連帳篷也沒有……在即將到來的嚴冬，他們的處境非常艱難，沒有食物，沒有住處，沒有可靠的供應來源……”