可以這麼說，當時的噶爾丹，已經是走投無路、日暮途窮了。然而，盡管如此，噶爾丹也從未想過去歸降清朝政府。隻時不時地，他想起自己那心愛的妻子阿奴來。一想起阿奴，他就不禁悲從心來、潸然落淚。他常常這麼捫心自問：如果阿奴還在，自已的境遇又何至於如此悲慘？所以，有的時候，噶爾丹也確曾想到了死，隻是，他似乎又舍不得他這條還在苟延殘喘的性命，故而，他就像一條喪家之犬一般，帶著他的殘部，整年累月地在塔米爾河一帶流竄，過著饑寒交迫、牛馬不如的生活。
然而，大清康熙皇帝卻不想讓噶爾丹繼續苟延殘喘下去。在康熙的心目中，大逆不道的噶爾丹，隻有當年犯上作亂的吳三桂才可以比擬，甚至，康熙以為，噶爾丹比吳三桂還要讓人切齒痛恨三分。對吳三桂，康熙是不誅不快，對噶爾丹，康熙就更不會網開一麵了。康熙曾對索額圖和明珠等人道：“朕不願妄殺人，更不想亂殺人，但該殺可誅之人，朕也決不會手軟！”
本來，康熙對遠征西北大漠還存有不少的顧慮。從北京到伊犁，路途太過遙遠，且多荒漠野嶺，大軍出征，極為不便。現在可好了，康熙把一切都打探得清清楚楚，策妄阿拉布坦已經正式歸順朝廷，沙俄政府見噶爾丹已無利用價值明確表示放棄，噶爾丹因為平日樹敵太多、無路可走，隻能流竄於塔米爾河流域。此是徹底剿滅噶爾丹叛匪的最佳時機，康熙豈會輕易放過？故而，康熙決定，第三次親征平叛。
公元一六九七年春天，康熙帶著索額圖、明珠並三萬精銳清軍，浩浩蕩蕩地開到了寧夏。然後，康熙領一萬人駐紮在寧夏，而派索額圖和明珠各率一萬精兵向北，從東西兩側夾擊噶爾丹殘匪。以當時噶爾丹的力量，康熙帶來如此大軍，也真的有些殺雞用牛刀的意味了。
在索額圖和明珠出征前，康熙笑謂二人道：“你們誰能獻上噶爾丹的首級，朕就重重地封賞誰！”
康熙本來也許說的是笑話，但索額圖和明珠卻當了真。他、們本來就是康熙的近臣、朝中的權臣，若再能得到康熙“重重地封賞”。豈不就成了一人之下、萬人之上的炙手可熱的人物了嗎？所以，索額圖和明珠別了康熙之後，就像發了瘋似的迅速北上。你夜行八百裏，他日走一千裏，倆人就像比賽似的幾乎同時趕到了塔米爾河流域，並立即向噶爾丹殘匪發動了猛烈地進攻。
客觀地講，清軍在塔米爾河流域並沒有遇到過什麼抵抗。噶爾丹身邊本來是有四五千人，可聞知清軍要來進剿，大部作鳥獸散，待清軍開始從東西兩路對塔米爾河流域進行掃蕩時，噶爾丹的身邊，隻剩下數百名死心蹋地的親兵了。親兵再忠誠、再英勇，畢竟隻有數百名，怎禁得二萬清軍的橫掃豎蕩？所以，清軍掃蕩塔米爾河流域，並不是進剿什麼叛軍，而是奉索額圖或明珠之命，仔細搜尋那噶爾丹的下落。但不知為何，清軍在塔米爾河流域整整搜尋了一天一夜，也沒有發現噶爾丹的影蹤。索額圖和明珠都不禁大失所望地想：莫非，噶爾丹又逃跑了？或者，噶爾丹已經投河自盡？
實際上，噶爾丹並沒有逃跑。他深知，他已經是上天無路、入地無門了。但他又不想讓清軍俘虜，因為若是被俘，他的下場肯定很慘。既不想被清軍生擒又無路可逃，那噶爾丹就隻有一條路可走：自己結束自己的生命。
噶爾丹確是自盡的，不過不是跳河而死，而是服毒自殺。他知道自己早晚會有這麼一天，所以就早早地替自己預備了毒藥。在清軍打到這裏之前，他就飲藥自盡。他死後，他的親兵依據他的遺囑，將他的屍體埋在了河邊的沙地裏。而掩埋他屍體的那幾個親兵也的確很忠誠，在掩埋了他的屍體之後，那幾個親兵也各各自殺。這樣，便無人知道噶爾丹的下落了。
但是，也許是噶爾丹的那幾個親兵太過匆草，沒能將噶爾丹的屍體埋得深些，更也許，是蒼天不想讓噶爾丹的屍體長埋地下，所以，在清軍到達塔米爾河流域的第二天上午，清軍的騎兵在河邊上跑來跑去的、馬蹄子在沙灘上刨來刨去的，不知怎麼地，就那麼把噶爾丹的屍體給刨了出來。這一下子可了不得了，索額圖和明珠的手下，馬上飛奔過去向各自的主子報告。
可以想象得出，索額圖和明珠在聽到發現噶爾丹的屍體後是何等的欣喜萬分。倆人就像是射出弓的箭一般，“嗖”的一聲就幾乎同時竄到了噶爾丹屍體的旁邊。