那時他已“哭向蒼天幾墮冠”，如今聽得說李景隆又與穀王獻出金川門，致使建文帝自焚“殉國”，則是“欲哭無淚”了。他淒淒惶惶，不知如何是好。打算聯合姚善“航海乞兵”——其實也是逃亡海外暫避凶禍。然而姚善卻說：“公乃朝臣，自是可以外出乞兵；善知府事，應該守疆衛土，與城共存亡呢。”此時“奸臣榜”已經頒告四方，黃子澄怕被人舉發，不敢在蘇州久呆，便又微服逃亡，投奔嘉興楊任去了。
楊任頗重義氣，擔著血海般幹係將黃子澄收留。不料楊家一位仆人見黃子澄行跡可疑，即向嘉興官府告發。此時嘉興的官吏已成了永樂的臣下，聽到消息不敢怠慢，迅即帶領兵丁包圍了楊任的宅邸。結果將黃子澄連同楊任的兩個兒子楊禮、楊益一同逮捕。黃子澄當日便被押送京師。
黃子澄被押到奉天殿東便殿，由永樂帝親自審問。這位頭號“奸臣”情知死不可免，便抗節不屈，見了永樂仍口稱“殿下”，先就遭到皇帝侍從的一頓喝斥。黃子澄凜然對永樂說：
“臣知殿下以兵力取富，不知殿下即此位。富貴瞬息，何足重輕！殿下向來悖謬，不可為訓，恐子孫有效尤而起無足怪者！”
永樂帝能預計到黃子澄不會屈服，卻未料到黃子澄竟會詛咒他“子孫效尤”——事實上永樂的二子朱高煦後來果然“效尤”他，也想走老子的道路，奪取帝位——於是勃然大怒。將其宗族老少六十五人、妻族外親三百八十人全部押到殿下。又令黃子澄將自己的罪狀寫於紙上。黃子澄援筆奮書道：
“本為先帝文臣，不職諫削藩權不早，以成此凶殘。後嗣慎不足法。”寫罷將筆擲向帝座。
永樂受此刺激，愈發怒不可遏，立命將他的雙手砍去。麵對沒了手的黃子澄仍不罷休，又說：“你不是要航海募兵嗎？雖未入島夷，而足跡已至海上。與我把他的雙足一並斬去！”真至黃子澄疼昏過去，才又下令將其“寸磔”。然後將其族人不分老幼全部斬首，姻親全部戍邊。隻有一子事先僥幸逃匿，改姓為田，輾轉避禍於湖廣，算是沒有絕嗣。若幹年後有旨赦免“奸黨”，才敢複姓。
與黃子澄並列“首惡”的齊泰，因消息不暢，京師陷落後仍在安徽募兵。名日“募兵”，實則逃難。光見他騎一匹白馬竄來竄去，也未見募得一兵一卒。來到廣德時，不敢住館驛，便藏身於玄妙觀中。說也巧，恰好翰林修撰王叔英，帶了三名隨從來玄妙觀投宿。一見齊泰恰在觀中，王叔英暗吃一驚。言談之際，王叔英見齊泰神色不對，懷疑齊泰已經降附了燕王，沒準兒這是張開了羅網準備抓捕他的。而齊泰也擔心被王叔英出賣，因之十分警惕，虛與委蛇。
齊泰與王叔英等共進晚餐。道士沽得一壺酒，又湊付幾樣素菜。大家喝得半酣之際，王叔英忽然把酒杯一摔，喝令：“與我拿下！”他帶來的隨從當即抓住齊泰胳膊，刷刷地縛了繩索。齊泰驚問：“原采（王叔英字）兄這是為何？”王叔英說：“還是我先問你——你來此何幹？是否懷了賊心，要賺我去官府領賞？”齊泰跌足歎道：“啊呀原采兄，錯了錯了！我倒是怕你把我賣了呢！”……兩人都剖白了忠於建文的心跡，慟哭一場，喝得大醉。
第二天齊泰騎著他的白馬離開了玄妙觀。王叔英則多住了一日，想仔細盤算一下，如何能尋找到太子文奎，以圖謀後舉。但想來想去，料知這是蚍蜉撼樹，螳臂擋車。於是他全身沐浴，更換了幹淨的衣冠，書一“絕命詞”，匿於衣裾間，然後自經於玄妙觀的千年銀杏樹下。
那正是六月十七永樂登基之日。慘淡的月光透過銀杏樹葉，篩到王叔英身上，這倒頗有詩的意境。第二天人們讀到了他的那首“絕命詞”：
人生窮壤間，忠孝貴真全。
嗟予事君文，自省多過愆。
有誌未及竟，奇跡忽見纏。
肥甘空在案，對之不下咽。
意者造化神，有命歸九泉。
嚐念夷與齊，餓死首陽巔。
周粟豈不佳，所見良獨偏。
高趴渺難繼，偶爾無足傳。
千秋史官筆，慎勿稱希賢。
人們又在他睡過的房間裏發現有他題寫的一聯，靜靜地置於案上。聯曰：“生既已矣，未有補於當時；死亦徒然，庶無慚於後世。”這本身就是他為自己所做的挽聯。他自比伯夷、叔齊，餓死不食周粟，而他也不羨永樂朝臣的榮華富貴。對他來說，生與死的價值全在於“千秋史官筆”了。