中宗沒有繼承武則天的開明之風，登基以後成了一個不理朝政的昏庸皇帝。皇後韋氏和武則天的侄子武三思掌握了朝政大權。因此，宋璟又與武三思展開了一聲場激烈的鬥爭。
中宗繼位不久，京兆人韋月向中宗告發武三思"穢亂宮掖"之罪，中宗大怒，下令處斬韋月。
宋璟以案情不實為由，請中宗將韋月下獄關押。中宗怒道："朕已下令處斬，你為什麼要阻攔？"
宋璟答道："韋月狀告韋後與三思私通，陛下應進行審問以後再處斬，這樣就不會有人私下議論了。"
中宗大怒，宋璟平靜地說道："陛下隻有將臣斬首，臣才能奉詔。"中宗無法將韋月處以極刑，就將他發配到了嶺南。
不久，中宗在韋後等人的挑唆下，將宋璟貶到武三思的封地貝州當刺史。宋璟到達貝州以後，看到當地暴雨成災，百姓們生活苦不堪言，武三思卻不顧他們的死活，向封戶強征租稅。宋璟出於對百姓的愛護，支持他們抗交租稅。手握朝政大權的武三思於是將宋璟一貶再貶。
當時，韋後與武三思狼狽為奸，掌握朝政大權。韋後一心想將不是她親生的太子李重俊廢掉，改立自己所生的安樂公主為皇太女。忍無可忍的李重俊發動政變，殺死了武三思。但是，昏庸的中宗卻聽信韋後與安樂公主的一麵之詞，出兵平息了李重俊的政變，李重俊兵敗以後被殺身亡。
從此以後，韋後與安樂公主在朝中更加有恃無恐。不久，一心想成為女皇的韋後與安樂公主合謀毒死了中宗。就在韋後認為自己要實現女皇夢的時候，李隆基與太平公主發動政變，將她和安樂公主殺死。相王李旦複位，史稱睿宗。
睿宗封宋璟為檢校吏部尚書、同中書門下平章事，宋璟再次成為宰相。宋璟與姚崇同心協力，改革朝中的弊政。
中宗時期，外戚與太平公主幹預朝政，朝中政治腐敗，官吏貪汙成風，賣官鬻爵四起，濫封濫賞，很多不法之徒通過賄賂成為了官吏，而那些忠正的人卻被陷害除名。麵對這樣的情景，宋璟非常頭疼，在對官員的取舍問題上盡力做到公正平允，於是，很多不稱職的官員被罷免。
睿宗登基以後，太平公主因擁立睿宗複位有功，公主黨的勢力不斷擴大，嚴重威脅了太子李隆基的地位。
一天，太平公主邀集宰相們商議更換太子李隆基一事，所有的人均驚慌失色，隻有宋璟鎮定自若地說道："太子有功於天下，完全可以成為一個社稷之王，公主為什麼會有此議！"
為了確保太子的地位和勢力，宋璟和姚崇向睿宗提出了三條對策。第一是命宋王李成器、幽王李守禮到外地擔任刺史。第二是讓太子掌管岐王李隆範和薛王李隆業所統領的羽林軍。第三是將太平公主夫婦遷到東都居住。
李睿最終采納了宋璟的三條意見，命太子監國。
太平公主不甘心就此失敗，她鼓動官僚們反對太子李隆基。太子李隆基為了自保，違心地向睿宗上奏說，宋璟離間皇族之間的關係。睿宗下令將宋璟貶為楚州刺史。
此時，睿宗主動讓位於太子李隆基，史稱李隆基為玄宗。玄宗繼位以後，太平公主的勢力嚴重威脅到了他的安全。不久，有人告發太平公主準備發動政變。玄宗決定先發製人，殲滅太平公主的黨羽，賜死太平公主。