金軍退去後，南宋朝廷又得到喘息的機會。這時候，農民起義的浪潮越來越猛，鎮壓農民起義又成了朝廷要解決的頭等大事。
紹興五年春，嶽飛再次被高宗召見，被封為“武昌郡開國侯”，遷官荊湖南北襄陽府路製置使、神武後軍都統製，並受命前往湖南鎮壓楊幺起義軍。
南宋政府一再地派兵鎮壓洞庭湖這支農民軍，也一再派人招降，都沒有什麼效果。南宋統治者將其視為心腹大患，千方百計地要將這支隊伍除掉。在這樣的情形之下，嶽飛要出馬了。
楊幺軍占據的地盤不大，實力有限，約有五六萬人。他們對付官軍的策略，是“陸耕水戰”。起義軍依憑洞庭湖之險，春夏水漲，官軍不能出兵，則耕種田地；秋冬水落，官軍發動攻勢，則收藏糧食，然後出戰。主要是以己之長，攻彼之短，避免陸戰，力爭水戰。
因此，嶽飛製定了以攻心為主、武力為輔的原則。他派出一些士兵扮做商人，混進起義軍中，誘捕了數百人。嶽飛對這些人沒有殺害，而是勸說他們投誠，還給每個人發了賞錢。又讓他們回去勸說別的義軍也放棄抵抗。這數百人回營之後，自發地宣傳嶽飛的仁德，楊幺的軍心有所動搖。
楊幺軍卻依然墨守舊規，三十多個水寨各自為守，各自為戰，不能最大限度地集中兵力，集中指揮。此外，荊湖路一帶恰好逢大旱之年，湖水淺涸，嚴重地影響了吃水甚深的船隻的行駛。在官軍的包圍和封鎖之下，楊幺叛軍的處境日益危困。
不久義軍將領黃佐投降了嶽飛，並接受軍令。黃佐率部攻破義軍的營寨，殺死不少義軍，奪取糧食、船隻等，將整個水寨焚毀無遺。不久，又有一批頭領投降，楊幺義軍的實力大為削弱，但楊幺本人仍企圖憑借地利，負隅頑抗。有人又向嶽飛獻計，說大船非一丈深的湖水不可通行，應開閘放水，並可用千萬束青草撒在湖麵上，以阻遏船的行駛。嶽飛立即采納，下令用巨筏堵塞鼎州附近湖麵的各個港汊，選擇水淺之處，派官軍用小船挑戰，以穢言詈罵，引誘義軍出戰。
楊幺等引水軍出戰，船隻護板中的翼輪果然被腐枝爛草纏住，使這些主力戰艦進退兩難，無從發揮威力。
嶽飛指揮牛皋、傅選等將乘機急攻。楊幺義軍情勢危急，企圖突圍，在各個港口又遇官軍巨筏的攔截。官軍在巨筏上張掛牛皮，遮擋矢石，用巨木撞壞敵方一些戰船。義軍大敗。楊幺也被活捉，隨即被梟首。
由於嶽飛堅持以攻心為上，攻兵為下，故戰鬥並不是很激烈，殺人不多，而持續六年的一方割據政權終於土崩瓦解了。
對於被俘的起義軍將士，牛皋主張進行斬首，但是寬大為懷的嶽飛阻止了牛皋，並對牛皋曉之以禮，動之以情。說得牛皋心服口服，避免了一次塗炭。為了增強軍隊力量，同時也由於起義軍本來就是高舉抗金義旗的，嶽飛便從義軍中挑選了幾萬名身強力壯的兵士，編入本軍之中，其餘起義軍分給米糧，讓他們各自回家種田生活。
楊幺起義軍是因為官府的醜惡腐敗與橫征暴斂引起的，是一場正義的農民起義。但是，在嶽家軍平定楊幺義軍後，荊湖路一帶再未出現類似規模的起義。經過一段時期，生產又有所恢複，社會矛盾也有所緩和，嶽家軍在此後的抗金戰爭中，終於有了一個安定的後方。