令德尼羅始料不及的是，啟動儀式後的記者招待會上，幾乎所有的問題都集中在一個焦點上，那就是他正在執導的第二部電影《特務風雲》，它已經讓人們等得太久。
《特務風雲》的劇本早在1995年便已問世，當時，埃裏克·羅斯剛剛以《阿甘正傳》獲得了奧斯卡最佳改編劇本獎，一舉成名之後他才想到寫一點自己真正感興趣的東西。羅斯是間諜小說家約翰·勒卡雷的擁躉，十分迷戀那些外表沉靜卻在執行絕密任務的特工們的生活，於是他以美國中央情報局創始人之一的詹姆斯·安格頓和情報活動專家理查德·比塞爾為藍本，寫出了《特務風雲》的劇本。
最先找上門來的是弗朗西斯·科波拉，科波拉一直想把諾曼·梅勒1991年的小說《哈洛特的幽靈：中央情報局的故事》拍成電影，所以當他看到《特務風雲》的劇本時不禁拍案叫好，隨即說服索尼娛樂公司從羅斯手中買下了劇本。在劇本的前期修改中，科波拉付出了許多心血，但是，受神經功能紊亂症的影響，當時的他已無法集中精力執導任何電影。在這種情況下，他不得不找來了好友、華裔導演王穎接替他的工作。索尼娛樂公司並不認為王穎是合適的導演人選，於是他們下了逐客令，將劇本轉手交給了曾執導過《合適人選》和《亨利和瓊》的菲利普·考夫曼。
考夫曼是對劇本貢獻最大的一個，正是在他的建議下，羅斯將原先按時問順序發展的情節線改成了倒敘和跳躍式的結構，並讓開頭和結尾部分巧妙地呼應起來，構成了一個耐人尋味的循環。不料，索尼娛樂公司這時卻改變了主意，他們不僅與考夫曼解除了合同，還打算將劇本束之高閣。
多虧約翰·弗蘭肯海默及時介入，他將劇本帶到了米高梅公司，打算作為他在《浪人》之後拍攝的下一部作品。在執導《浪人》期間，他讓德尼羅看了劇本，並力邀他擔綱主演。那時，德尼羅已經在籌備他的第二部導演作品，他想拍的是《耍把戲的猴子》，這是一部與《布朗克斯故事》有些相似的電影，同樣是講述父子之間的關係，由迪卡普裏奧扮演年輕的魔術師戴維·布萊恩，德尼羅出演他嚴厲的父親。
德尼羅讀了《特務風雲》的劇本，當即表示願意出演，但考慮到主人公愛德華·威爾遜出場時還隻是耶魯大學的一名大學生，年齡與他相差懸殊，所以他隻選擇了一個次要角色。2002年7月，72歲的弗蘭肯海默不幸因脊椎手術後的並發症去世，隨著他的去世，米高梅決定將劇本掛牌出售。首創娛樂集團買下了劇本，趁此機會，德尼羅接過導筒，宣布《特務風雲》將成為他在《布朗克斯故事》之後執導的第二部作品。
“9·11”事件後不久，德尼羅著手尋找演員，包括裘德·洛、薇諾娜·瑞德、伊桑·霍克、約翰·圖特羅、克裏斯托弗·普盧默、傑克·格倫霍爾和馬丁·斯科塞斯等都是他尋覓的目標，但最終隻有萊昂納多·迪卡普裏奧同意飾演愛德華·威爾遜。
《特務風雲》是一部野心之作，它通過主人公的經曆透視了美國中央情報局四十年的發展史，從內部目睹了這個機構所經曆的成功與災難。對於德尼羅來說，駕馭這樣一部大製作的確是一個挑戰，但他沒有想到從籌備階段起就會遇到如此之多的坎坷。影片原定2003年初開拍，由首創娛樂集團與環球影片公司共同承擔1億美元的製作成本，環球公司負責北美地區的發行。但距離開拍還有一個月時，首創娛樂集團突然宣布退出，理由是風險太大。該集團總裁格拉漢姆·金對《綜藝》的記者說：“必須承認這是我所看到過的最好的一個劇本，我們很想拍這部電影。但是，‘9·11’之後的電影市場發生了許多變化，觀眾的心理變得難以把握。如果鮑比願意降低成本，我們或許還會考慮繼續留下來。”