與埃及國內轟轟烈烈的社會主義建設形成鮮明對比的是，這一時期埃及在阿拉伯世界受到多方攻擊和冷落，處境十分孤立。它不僅同以前一樣，同沙特、約旦和也門等國的國王們存在著尖銳對立，而且同從前的革命夥伴伊拉克也反目為仇，並與敘利亞分裂主義政權發生了公開衝突。此外，利比亞和摩洛哥的君主政體顯然也無法博得納賽爾的好感。唯一還能令納賽爾感到些許欣慰的是：根據1962年3月的《埃維昂協議》，阿爾及利亞於7月3日擺脫法國正式宣布獨立。由於第一任總統本·貝拉也反對帝國主義，信奉社會主義，主張奉行獨立自主的不結盟外交政策，納賽爾同他倒還合得來。由於敘利亞指責埃及幹涉其內政（指埃及表示願意同代表自由敘利亞人民的政府談判走向聯合的問題），並將這種指控提交阿拉伯聯盟，聯盟在黎巴嫩召開特別會議處理這一問題。埃及強硬地表示，如果聯盟支持充當帝國主義走狗的敘利亞的卑劣行徑，埃及將退出該聯盟。可以想象，在這種孤立、緊張的處境下，納賽爾作出支持也門革命者的決定，需要多麼大的魄力。
1962年9月26日晚，一批少壯派軍人在也門首都薩那發動政變，迅速奪取了政權，對外宣布：伊瑪姆獨裁統治已被推翻，共和國取代了神權君主國。應革命者的請求，納賽爾向他們提供了革命援助。10月6日，第一批埃及軍事專家飛抵也門，埃及軍隊也隨後在也門登陸。這是納賽爾直接動用武裝力量，公開地支持別國內部革命的第一次行動。他是出於以下幾點考慮：首先，這是一次將也門從野蠻、落後引向文明、進步的光明未來的革命。也門是阿拉伯世界最偏僻最落後的國家，就在它的近鄰埃及，許多人甚至也是頭一次聽到這個國家。也門國王集王權、神權於一身，其腐朽程度到了猴子都懂得要反抗的程度。自1948年以來，也門就一直動蕩不安，納賽爾同那裏的革命人士一直保持著直接或間接的聯係（但並非像伊瑪姆所說的那樣，這次政變受到了納賽爾的直接操縱）。其次，納賽爾將也門革命看作是他的“阿拉伯革命”的一部分。納賽爾一直就不甘心阿聯的分裂，他期望著也門革命的成功能夠使他擺脫孤立地位，甚至對阿拉伯半島上的其他君主國家產生影響。再次，也門革命以摧枯拉朽之勢控製了大部分地區，並且有消息稱國王巴德爾已死，群龍無首。納賽爾認為隻要他再為革命者加一點兒力，即可大功告成。最後，這次革命受到了大部分阿拉伯國家的熱烈歡迎，把它看作是阿拉伯半島的第一場現代革命運動。由於也門的伊斯蘭教長政權一貫臭名昭著，沒有哪個進步政府願意公開保護它，就連英美等西方大國駐也門的外交官也敦促各自政府承認新政權。既然如此，有什麼理由能證明支援也門革命是錯的呢？但納賽爾萬沒料到，也門內戰使他陷入了難以自拔的泥潭，就像美國在越南、蘇聯在阿富汗那樣。
也門革命和納賽爾的行動引起了阿拉伯各君主國、神權勢力和酋長政權的驚恐。當他們得知伊瑪姆並沒有死，他已經逃到距沙特很近的山區，並收羅了幾千人準備反攻時，好戰的火焰翻騰起來。作為回擊納賽爾的手段，約旦和沙特聯合起來，向隱藏在山區的伊瑪姆殘餘勢力提供了大批武器彈藥、飛機大炮以及軍事技術人員。納賽爾的行動也受到了美英兩國的敵視，盡管它們都對伊瑪姆暴政不滿，但美國擔心也門革命會影響它在中東的石油利益；英國則擔心自己在亞丁的軍事存在受到打擊，它那時正在籌備一個南阿拉伯半島聯邦計劃，準備將亞丁和其他保護領地連結起來，掌握在英國手中。至於蘇聯，它願意向革命派提供武器支持，期望也門革命能使美英等西方勢力收縮回去，但它不願卷入也門衝突，因為它發現革命派內部也分歧嚴重，這是由也門複雜的部族、教派衝突決定的。
由於殘餘勢力受到西方和沙特、約旦等國的支持，也門革命並未像納賽爾預料的那樣迅速取得徹底的勝利，他不得不向也門提供更多的支援。可是，埃及也並不是什麼富國，更何況此時還要進行國內社會主義建設呢？為了創造相對緩和的外部環境，納賽爾開始尋求政治解決也門問題。在他的極力勸說下，也門革命政府宣布它將同所有鄰國和平共處，繼續履行國際條約所規定的國際義務，包括1934年英也兩國條約在內的所有條約。納賽爾的和平攻勢取得了一定成效。1962年12月19日，美國承認了也門共和國，隨後西德、意大利、加拿大、澳大利亞等國也作出了同樣表示。英國雖然堅持在共和國政府控製了全部也門地區後再承認它，但保證不卷入也門內部事務。納賽爾建議：在沙特和約旦對被推翻的伊瑪姆的支持結束時，埃及願意“采取”相應措施，迅速脫離接觸，並分階段從也門撤軍。但是，“脫離接觸”並未實現，沙特和約旦繼續給予伊瑪姆以軍事支持。由於美沙特殊關係，以及1963年1月英沙恢複邦交，很難保證美英等西方國家在也門問題上持公正態度。
1963年初，也門內戰局勢明朗化：革命派和1.5萬埃及士兵控製著廣大的沿海平原，受到莎菲派教徒的支持；保王黨勢力控製著北部山區、東部沙漠以及薩納周圍的部分山區。2月底，埃及軍隊發動大規模進攻，準備搗毀保王黨總部並切斷保王黨與外部聯係的交通線。這次戰役迫使保王黨轉入戰略防禦，但主要目標沒有實現。此後，在聯合國的調停下，戰爭時斷時續。也門問題被拖延下來。