與西方某些輿論宣傳相反，納賽爾並不是一個反猶太主義者，他對猶太人在二戰中受到的殘酷迫害寄予了深深的同情。他表示：“我本人從來不是一個反猶太主義者，一個有頭腦的埃及人是不會這樣做的。後來我敵視以色列的行動完全是由於以色列作為一個國家的所作所為激發出來的。”有言曰：“己所不欲，勿施於人。”以色列人不該將自己不願受的苦難轉移給巴勒斯坦的阿拉伯人。納賽爾敵視以色列的原因有三：一是上百萬的巴勒斯坦人被趕出家園，淪為難民。二是以色列阻隔了埃及同亞洲阿拉伯國家的聯係，埃及同敘利亞1958年組成的聯盟遭到失敗，地理上的分裂不能不是重要原因。三是納賽爾認為以色列是美國在中東的擴張工具。西奈戰爭至1967年6月戰爭這段時間內，阿以關係處於不平穩的維持現狀時期，大的衝突沒有，小的摩擦不斷。納賽爾既不想打一場大戰，奪回中東戰爭失去的領土，也無意追求徹底的和平，因為除非以色列作出重大讓步，就不能對和平抱有幻想。納賽爾將主要精力放在埃及自身建設、“阿拉伯革命”及後來的“阿拉伯共存”上，當然還有令他頭痛的也門內戰。他認為：如果阿拉伯民族不實現自身的解放、團結和富強就不可能真正戰勝由美帝支持的以色列。和以色列達成某種協議以貫徹聯合國關於巴勒斯坦問題的決議是納賽爾這一時期對以色列的基本政策。
阿以新衝突爆發的原因同約旦河水相關，約旦河發源於約旦、敘利亞、黎巴嫩和以色列的小溪。上遊和太巴列湖位於以色列境內，下遊則由約旦控製。隨著猶太移民不斷湧入以色列，以國內人口激增至200萬，本來就緊張的水資源問題緊迫起來。1959年秋，以色列單方麵提出論定約旦河水流向的計劃，引起阿拉伯國家不滿。10月、11月阿拉伯聯盟兩次就約旦河問題研究對策。納賽爾主張通過談判，協商解決水量分配問題。他拒絕了激進的敘利亞複興黨人要求武力阻止以色列實行約旦河改道計劃的建議，解釋說：“除非我能打一場對抗我們敵人的和它所能得到的一切支援的戰爭並確保獲得勝利，否則我不同意發動戰爭。”在國際調解無效下，阿拉伯國家也提出了自己的改道計劃。約旦河問題不僅成了經濟利益問題，而且成為政治意誌的較量，阿以雙方相互威脅要對對方的單方麵行動發動軍事打擊。1960年初，以色列對位於非軍事區內的塔瓦菲克村實施大規模空襲，進行挑釁。此外，以色列已經建成的核反應堆為中東局勢加入了新的不安定因素。
在很長一段時期，納賽爾對以色列都采取著克製態度，在阿拉伯領導人中，他可能是最願意同以色列和平解決爭端的國家。而且，納賽爾更關心阿拉伯內部問題，阿以關係則位置較次。針對以色列準備在1964年開始實施改道計劃的單方麵行動，1964年1月13日，阿拉伯領導人舉行第一次首腦會談。他們原則上決定不對以色列進行軍事打擊，而著手研究自己的河水改道計劃。同時決定正式承認“巴勒斯坦實體”，建立一個由埃及將軍阿梅爾領導的阿拉伯聯合軍事指揮部，結束彼此間的敵對宣傳，實現和平共處。
1964年6月，巴勒斯坦國民會議在耶路撒冷召開。大會公布了國家憲章，宣稱“巴勒斯坦人有權在解放自己的祖國之後決定自己的命運。”9月，在第二次阿拉伯國家首腦會議上，各國領導人同意建立巴勒斯坦解放組織和巴勒斯坦解放軍。但是阿拉伯內部的重重矛盾決定了它們的合作是有限的。隻有敘利亞和埃及給予了巴解組織和巴解放軍很大的支持，而且兩國目的還各不相同。埃及思想保守，希望用巴解組織約束軍事冒險；敘利亞態度激進，主張堅決打擊以色列，輸出革命，還慫恿巴解擺脫埃及控製。
納賽爾的謹慎政策遭到了突尼斯的猛烈抨擊。布爾吉巴說：“在阿拉伯各國的曆史上從未出現過目前這種四分五裂的狀況；在埃及自行承擔起團結阿拉伯國家這一神聖使命之前，阿拉伯國家從未如此相互殘殺過。……在法老的精神召喚下，埃及試圖為自己的產品尋找生存空間並為自己謀求國際上的重要地位以便從東西方獲得更多的援助。”1964年初，納賽爾的阿拉伯和平共處政策徹底失敗，他重新采取了阿拉伯革命路線，表示：“我們將和其他阿拉伯革命力量共同努力，摒棄傳統的方式，以一種革命的方式解放巴勒斯坦。”
1966年10月起，敘以邊界衝突升級。法塔赫部隊利用敘利亞的軍事基地頻繁出擊以色列，11月4日，納賽爾斷然決定同敘利亞建立新的防禦聯盟，以遏製以色列的大規模進攻。11月13日，以色列突襲約旦，目的是警告約旦不要加入埃敘聯盟。12月7日，阿拉伯防務理事會在開羅開會。納賽爾同意約旦軍事援助的請求，但當他要求約旦同意埃、敘、伊三國軍隊駐紮約旦時，侯賽因拒絕了，阿拉伯國家在關鍵時刻缺少合作精神的弱點又暴露出來。誠如納賽爾所言，一個阿拉伯國家害怕另一個阿拉伯國家的軍隊通過自己的領土，這導致了“阿拉伯聯合指揮部無法行動。如果我們此刻連防禦都無法做到，又何談發動進攻呢？”