納賽爾講話後僅幾分鍾，在實行燈火管製、漆黑一片的開羅，成千上萬的人冒著敵軍轟炸的危險，走上街頭，舉行聲勢浩大的遊行示威，聲討以色列和美帝國主義的滔天罪行，怒斥蘇聯的叛賣行徑。許多人一邊哭泣一邊高喊：“納賽爾，納賽爾，不要離開我們，我們需要你。”50萬人聚集在從納賽爾的住處到市中心長達5英裏的道路兩旁，通宵守衛著納賽爾。與西方某些輿論的看法不同，人們的請願是發自內心的呼喊，並非受人操縱。在這個古老而又年輕的、崇尚權威的國度裏，納賽爾已成了國家的象征、革命的象征、民族主義的象征。
在人民的強烈要求下，納賽爾將辭職報告交給國民議會進行討論。10日早晨，國民議會舉行會議，拒絕了納賽爾的辭職申請，要求他繼續領導埃及政府，直到以色列侵占的埃及領土全部解放，敵人的一切侵略痕跡徹底清除。納賽爾從人民那裏得到了勇氣和力量。畢竟，他尚不滿50歲。對於政治家而言，這個年齡還小得很。納賽爾決不甘心自己以失敗告終。難道自己的力量和智慧真的被榨幹了嗎？難道真主那樣吝嗇，不肯給自己一次複興的機會嗎？
納賽爾麵對的是一種令人心碎的場麵：以色列時時刻刻威脅著埃及的安全；西奈半島上的油田全部丟失；蘇伊士運河仍被沉船封鎖著；70萬人被迫撤出運河區，那裏一片廢墟。一切需要重新開始。納賽爾後來這樣描述自己的心情：他像是在一片茫茫無際的沙漠中行走，四周全是流沙，他不知道向前走是被流沙吞沒，還是可以發現一條正確的道路。
納賽爾戰後主要麵臨著四項任務：重建埃及軍事力量；找到用外交手段結束戰爭狀態的方法；力求使阿拉伯國家團結起來共度難關；改造政治和經濟，使埃及全國上下團結一致。
為了重振國民士氣，納賽爾多次講演，反複指出，埃及不是輸掉一場戰鬥的第一個國家，他還保證繼續承擔支持巴勒斯坦人的義務。他說：“無論遇到什麼挫折與不幸，我們要采取的唯一路線是保衛巴勒斯坦人民的權利，我們永遠也不會放棄這些權利，這就是問題的實質。”
納賽爾堅信，隻有強大的軍事力量才能使以色列在談判中讓步並全麵撤軍，才能改變埃及“不正常的軟弱地位”。他將重振軍事實力劃分為三個階段：防禦、遏製和解放。不久，他開始徹底改組軍隊。解除了阿米爾元帥和50名高級指揮官的職務。他任命法齊將軍為武裝部隊總司令，本人則親自掌管軍隊事務。6月21日，納賽爾改組政府，親自出任總理。納賽爾的這些改革觸動了軍隊中一些人的利益，阿米爾派甚至發動了武裝反叛，情勢一度十分危急。9月4日，阿米爾元帥和前國防部長巴德蘭以及其他一些軍界要人被軟禁，不久被判刑。15日，阿米爾服毒自殺。阿米爾自殺事件對納賽爾的精神是一個很大的打擊。兩人確實在很多問題上意見不一。在戰爭問題上，阿米爾激進些，納賽爾保守些。但兩人從在陸軍軍官學校學習時起，就結下了深厚的友誼。近30年來，風風雨雨，共同度過。想不到，竟是如此結局。
納賽爾早就說過：“我不相信任何大國。”蘇聯在“六·五戰爭”前後的出賣行徑使納賽爾極為憋火，但從複興大局出發，他必須忍辱負重，接受蘇聯苛刻的、傲慢的“幫助”。納賽爾撤回了駐也門的埃軍，征召新兵，並積極擴充、訓練民兵和國民警衛隊。他加強了蘇伊士運河一線的防禦。在那裏，以軍依然占據著戰略優勢，並經常空襲或炮擊埃及的軍事、工業目標。
到1968年春天，納賽爾已認為其武裝力量“有能力製止侵略”。9、10月間，埃及多次派出小股突擊隊偷渡運河，襲擊以軍軍事基地，來對抗以軍對發電廠、大橋、水壩等埃及設施的空襲。同時，在埃及的支持下，巴勒斯坦遊擊隊的力量壯大起來。1968年3月21日，巴勒斯坦遊擊隊與約旦正規軍聯手，在卡拉梅戰鬥中重創了一支龐大的以色列裝甲部隊。
1969年春天，納賽爾覺得埃及已有實力從被動防禦階段進入積極威懾階段。埃及炮兵猛烈地轟擊了以色列建築在蘇伊士運河岸邊的“巴列夫防線”，擴大了突擊隊的出擊頻度和規模，埃及空軍還首次飛越以軍防線攻擊了以軍在西奈半島的陣地。
也許納賽爾已經感到了自己的身體正在衰弱，他顯然加快了戰略步伐。同年7月23日，在阿拉伯社會主義聯盟全國代表大會上，納賽爾宣布埃及已進入“解放”階段，方式是憑借人力資源的優勢，準備打一場消耗戰、持久戰。為贏得阿拉伯兄弟國家的援助，在納賽爾的倡議下，阿拉伯國家於11月21日在拉巴特召開了首腦會議。會上沒能對埃及倡導的聯合調配部隊、武器和資金的計劃達成協議。但會後，納賽爾和卡紮菲、蘇丹總理尼邁裏達成協調，同意三國在政治、經濟和軍事政策上密切合作。納賽爾還打算促成伊拉克、約旦、敘利亞三國組成對付以色列的“東方防線”，但三國政治上的分歧製約了之間的合作。納賽爾一生都致力於阿拉伯的聯合與團結，他付出太大，失望太多。納賽爾還鼓勵巴勒斯坦遊擊隊聯合起來，采取統一行動以壯大力量。在他的幫助下，法塔赫同其他一些較小的隊伍合並，阿拉法特掌握了巴解領導權。