斯賓諾莎的哲學體係對之後17世紀的科學運動的意義在於其決定論的解釋，為此後的科學一體化提供了藍圖。他對後來的哲學家，例如謝林、費爾巴哈、馬克思等人都有過影響。
1656年，他被指控又異端言論而被召喚到猶太教會的長老們麵前。長老們許諾給他提供500英鎊的年金，要他保證起碼在外表上忠誠於他的教會和宗教。他拒絕了這個條件，1656年7月27日他被按照希伯來儀式中的一整套陰森的程序開除了教籍。
斯賓諾莎平靜的接受了現實，他的父親催促他離開家庭，他的姐姐想從他的手裏騙走那點少的可憐的繼承權。一些急切表現自己虔誠的教徒企圖殺死他。他搬到了阿姆斯特丹外奧特德克魯的一個幽暗的閣樓，起初他在範·登·恩德的學校裏教書謀生。後來改行打磨光學鏡片。5年後他搬到萊頓附近的萊茵斯堡，現在那條街以哲學家的名字命名。他在那過著簡樸的生活，一刻不停的進行思考。有多次在房間一呆就是兩三天，不見任何人。
在萊茵斯堡的5年間，斯賓諾莎寫出了《知性改進論》《用幾何方法證明的倫理學》。在他死後十年《倫理學》才得以麵世。同時還有他的《政治論》和《論虹》。
——傳世佳言——
自由人最少想到死，他的智慧不是關於死的默念，而是對於生的沉思。
我所說的永恒的心靈不是想象和記憶，我們每個人都是永恒規律的一部分，作為整體的部分，我們都是永生。
憎恨是一種擺脫一個曾予我們以損害的東西的頃向。
斯賓諾莎生前發表的隻有《笛卡爾哲學原理》和《神學政治倫》，剛一問世就被列為禁書，但是人們把它偽裝成醫學書和曆史故事。有很多人寫出長篇巨著來批駁他，克來諾斯還提到過一本批駁他的書，說是“永不磨滅的無價之寶”——但是現在就剩下這句評語。
巴魯克·斯賓諾莎一直受到公開的指責和收到大捆的批評信。但是也有好消息：
惠更斯、萊布尼茨、奧頓博格、謝恩豪斯這些知識界的精英向他表示敬意，一個富商堅持把財產遺贈給他，法皇路易十四要送給他一筆年金，荷蘭的執政官給他一筆50磅的年金。
在1665年在新朋友的要求下，巴魯克·斯賓諾莎搬到了海牙附近的沃爾堡。他跟荷蘭的首席執政官德·維特結下了深厚的友誼。1672年法國入侵，法軍統帥孔代親王邀請斯賓諾莎到他的軍帳裏做客，斯賓諾莎認為到敵人的營帳裏沒什麼了不起，回來後單純的哲學家被認為是賣國賊。
1677年巴魯克·斯賓諾莎去世，那年45歲。很多人哀悼他的去世，就像精英敬佩他的智慧，樸實的民眾喜歡他的溫和。哲學家和政府官員加入送葬的人群，不同信仰的人聚集到這個異教徒的墓旁，這個叛國賊得到了安寧。
尼采說：最後一個基督徒已在十字架上死去了！
可他忘記了斯賓諾莎！
黑格爾說過，要達到斯賓諾莎的哲學成就是不容易的，要達到斯賓諾莎的人格是不可能的。
在紀念他兩百周年忌日的時候，人們開始募捐為他建一尊全身像，捐款來自世界各地受過教育的人。從來沒有哪一座紀念碑是建造在如此寬廣的愛的底座上！