與其他教育人士不同的是，於右任沒有完整成型的教育專著，他的教育思想多蘊含於詩文、言談之中，貫穿於他的全部教育實踐過程。可以這樣說，他不是純粹的教育理論家，但提出的有關教育方麵的見解卻是豐富而深刻的。
厘定教育方針
於右任認為，教育固然是立國的命脈，但若誤用了，則是亡國滅種的禍根。因此，“教育普及不普及是一個問題，所普及的是什麼教育卻是另一個問題。”教育不普及，會造成人民的愚陋，人民愚陋，還有方法使他們遠離愚陋而近於開通，但“若普及了一種落後時代、拂逆思潮、妨害人群進化的教育，流弊要比愚陋大十百倍了。”因此，要發展教育事業，首先應當“力謀教育的普及”，這是所有關注教育事業者所必須注意的，但問題不限於此，若不知道普及什麼教育，沒有正確的教育方針，教育普及不僅不能收到教育的善果，甚至普及的結果等於洪水猛獸。他指責中國封建社會的教育是“愚民的教育”，詩、賦、製議、八股，形式不同性質無異。統治者正是利用這種教育愚民，若能遠離這種教育，是中國的最大幸福。這類教育是萬萬普及不得的。同樣，當時世界實際存在的“暴民的教育”，也是普及不得的。這是帝國主義、軍國主義的教育，“過去的德意誌”，“將來的日本”，都是如此。教育的目的是為人類的生存、發展和進步服務，但“暴民的教育”卻將教育作為鐵鞭，將人們驅迫到國際戰場上去，完全與現代教育原理相悖。
教育的精神、本質思想是根本的方向性問題，規定了教育的取向，製約著教育的其他方方麵麵。由此，於右任明確提出了“決定教育方針，更急於謀教育普及”的觀點。其精神實質就是反帝、反封建，這是當時時代的主題。於右任主要從事政治及宣傳活動，取得了豐碩的成果，但他不是一位職業教育家，他關於教育方針的思想雖然沒有深厚的理論及廣闊的內容，卻抓住了當時教育的根本性問題。他又提出教育目的既要有現實性又要富有前瞻性，認為兒童所受的教育、所學的基礎知識，應該能夠保證他們今後的運用，所以若單將眼前覺得所需要的教給學生，考慮不到今後的需要，則“妄想支配二十年以後新生活”。因此，他斷言：“教育家是站在人類前頭的，最少也須站前十年，那麼，製定教育方針時，便不作百年計，最少也須作十年計。”這種關於教育方針問題的思想，既著眼於當前，也從戰略高度進行設計與把握，頗有見地。
規範教育內容
教育目的的實現，教育任務的完成，基本途徑是學校的各科教學活動，因此，教育內容的選擇和教材的編寫是十分重要的一環。對此，於右任有高度的認識：“教科書是教育的基本，憑你有多少教育家，高談闊論到三十三天。若一旦教科書在兒童心窩中種下禍根，總是教育家的罪案。”於右任對當時的教材和學科教學內容中所存在的流弊深有感觸，斥之為脫離現實與生活，缺乏時代感，不是指導人“怎樣做人”，“不論什麼教科書都會很濃重地發出一股陳腐氣息來，搬弄幾件十九世紀以前的故事，與二十世紀的做人方法有甚相幹。不論什麼教科書，都會發出一股汗臭來，鋪陳幾處繁華都會。又與二十世紀的做人方法有甚相幹？”觸及了當時教科書考慮不到地區、環境等的差異，嚴重脫離民眾生活，以致激發不起一般學生的興趣，難以達到教育應有的成效等深層次問題。為此，必須著手進行舊教科書的檢查和新教科書的編訂工作，成立一個“官廳書肆”以外的大規模的教科書審訂會，利用社會力量來切實實現真正意義的教科書革命。他根據當時社會時代及人生的實際需要，提出了教科書應具備的內容：“人類的互動、生活機會的均等、人類本能的發揮、藝術的創作和進步人生康樂的計謀、人類在自然界的平均發展。”從這種設想中可以清晰地看到，於右任希望通過教育來尋求人類的全麵發展和進步，以教育來改變人類生活的不平等，利用教育來提高人類的思想道德素質，激發人類的創造力，立意之深躍然紙上。