軍國民教育
於右任是一位忠實的民主革命者，在早年的《半哭半笑樓詩草》中，就有“愛自由如發妻，挽太平以頸血”的詩句，對社會現實的透視和對國計民生的憂慮，使他青年時代起就富於民主、民族革命精神，這必然影響他對教育的理解。任職複旦公學時期，於右任極力提倡“學生自治”，吸收學生直接參與學校的行政管理，如自辦食堂、合作社和儲蓄銀行以管理經濟生活，而後，還有“民主法庭”的設立，以鍛煉學生的自治能力。由於民主氣氛濃厚，各種“研究會”、“討論會”、“演講會”如雨後春筍，爭相競出。上海英文《大陸報》稱讚複旦學生“最富民主精神”。他參與創辦的中國公學，力主發揚民主自治的精神，學校“注重德學，以謀造成真國民之資格”，力謀“鼓鑄強健文明之國民，創自主之環境，謀實用於國民。”於右任認為一民眾教育不能限於知識經驗的傳授，應與救國和革命緊密結合，廣泛開展軍事教育，以補國民教育的缺憾。他指出國民教育“非待使舉國之民讀書識字而已也，必使全國之民有軍國民之精神，有軍國民之能力”。“輔之以軍隊之教育，以補國民教育之不及，其尤為一舉而兩得者乎！”這種將軍事教育滲透到國民教育之中的教育就是軍國民教育，它是近代富國強兵、抵禦外侮曆史條件下產生的一種進步教育思潮，抗戰時期又再度受人青睞。於右任認為，軍國民教育的目標在於培養國民實際鬥爭人才，實現“三民主義”，達到世界革命。受這種思想的影響，於右任主持的“駐陝總部”創立了中山軍事學校和中山學院兩所軍事院校。
智能並重教育
在教育活動中，於右任主張，學生在校期間學習廣泛的科學知識，具備寬厚的文化素養及堅實的專業基礎，同時知能結合，培養發展個體及服務社會的各種能力。他鼓勵學生牢記馬相伯先生“不讀書不足救國，不研究深邃科學，更不足以救當前之中國”，告誡學生“臨淵羨魚，不如退而結網”，隻要“國人能秉先生努力讀書之誡，則中國必有長足之進步。於右任創辦的上海大學，開設廣泛的課程，注重基礎知識的訓練，使學生掌握各門科學的一般原理、曆史及現狀，體現了他反對學科間孤立、隔絕，注重交叉、滲透與綜合，尤其是與社會現實相結合。例如，學習文學專業除了學習有關的專業知識外，還開設社會學、倫理學、社會心理學、科學方法論、社會進化論、中國哲學史等課程。社會學係的課程與現實緊密結合，內容豐富，僅必修課就有社會學原理、中外社會變遷史、法律學及法律學史、曆史哲學、生物哲學、中國近百年史等，同時還加強馬列主義基本理論的教育，為學生們提供了認識社會、改造社會的理論武器，引導不少學生走上了革命道路。
當時的中國，帝國主義與封建軍閥“率獸食人”，社會處於風雨如磐的境地。反帝反封建的國民革命浪潮洶湧，改革的洪流浩浩蕩蕩。在這種背景下，學校與社會聯係是廣泛而深刻的。於右任倡導實用之學，使上海大學在課堂教學方麵貫徹了理論聯係實際的原則。當時社會各階級動向的分析、中國政治經濟現狀的探討、現實社會問題的研究都在課堂教學中占有重要位置。在教師的引導下，培養學生“讀活的書，使讀書與生活（尤其是社會的、民族的）打成一片”。“褊狹而死的方法，上海大學的學生是不甘采用的。”在於右任的倡導下，學生們以學實用之學服務社會為目的，正如一位社會學專業的學生所說：“我們研究我們的社會學知識，參考外國的社會學學說，預備實用於中國社會。”上海大學的課外學術活動也是其教學的重要組成部分。講座、讀書會、講學會等是經常開展的。學校還鼓勵學生組織各種類型的社團。為了宣傳革命道理、喚起民眾，1924年3月31日，上海大學為平民及其子弟開設了平民學校，以“普及教育、提高國民程度”為宗旨，積極投身到國民教育與國民革命的洪流之中。