分裂的結果導致非洲獨立國家出現了兩個對峙的集團——一個是以恩克魯瑪和納賽爾為首的卡薩布蘭卡集團，另一個是以大多數法語黑非洲國家為主體的蒙羅維亞集團。蒙羅維亞集團與恩克魯瑪的思想是截然不同的，他們強調維護經過艱苦鬥爭贏得的民族獨立和國家主權，不願意與他人分享，強烈反對恩克魯瑪的非洲政治統一，即建立一個中央權力很大的非洲國家聯盟的主張。
麵對形式的轉變，恩克魯瑪開始思考是否自己的“非洲聯盟”過於理想化了，在殘酷的現實麵前它是那麼脆弱，甚至是不堪一擊。同時，他意識到新老殖民主義雖然表麵上退出了曆史舞台，但卻從未放棄過殖民他國的想法，在他們的幹涉和破壞下，非洲很可能成為第二個“巴爾幹”，走上四分五裂的道路，而那時他所主張的非洲統一也一樣會落空。為此，他不得不改變策略。
1963年年初，恩克魯瑪發表了《非洲必須統一》一書，書中沒有提出立即實現全非洲統一的要求，隻是提出了建立一個政治和經濟統一的非洲的主張。為了實現這一目標，就必須擁有一個強大的以大陸為基礎的全麵經濟計劃；必須建立一個統一的軍事和防務戰略；爭取一個統一的外交政策和策略。他強調，隻有實現這樣的統一，才能夠解決非洲麵臨的任何危機和任何難題，才不至於讓非洲再次淪為殖民地和變成新殖民主義的工具。
5月24日，在埃塞俄比亞首都亞的斯亞貝巴舉行了有31個非洲獨立國家首腦出席的會議，會上恩克魯瑪再次闡述了關於非洲必須統一的思想。他談到除了非洲聯合的統一行動外，其他辦法都是徒勞的。如果非洲大陸不團結起來，就會重蹈拉丁美洲的覆轍，在獲得半個世紀的政治獨立後又不得不重新遭受帝國主義的苦難折磨。
但是，除了幾內亞總統塞古·杜爾表示願意為實現非洲統一而放棄部分國家主權之外，其他國家元首沒有一個響應和支持恩克魯瑪關於實現非洲統一的主張。在這種情況之下，會議決定按照大多數國家的意見建立一個“鬆散的聯盟”即非洲統一組織，把更高一級的統一放在以後去討論。
恩克魯瑪非洲統一的理想又一次破滅了。讓恩克魯瑪沒有想到的是，他心心念想構築的非洲大一統的藍圖，居然會在自己死後30年以非洲聯盟的形式被部分實現。
可以說，恩克魯瑪關於非洲統一的思想是非洲聯盟成立的思想基礎之一。非洲聯盟的發展目標是類似歐盟的國家聯盟，它集政治、經濟、軍事為一體，其宗旨是實現非洲的民主與穩定，消除貧窮和落後，促進共同發展。而恩克魯瑪所設想的目標是建立非洲合眾國，是非洲國家的高度統一。由於非洲自身的特點，各國經濟發展參差不齊，政治製度多種多樣，決定了恩克魯瑪的非洲統一思想的實現是非常困難且任重而道遠的。
盡管如此，關於恩克魯瑪的非洲統一思想，以及其為實現這一目標而付出的努力都已經在泛非運動史上留下了濃重的一筆。
五“救世主”的失策
恩克魯瑪將自己全部的智慧和精力都獻給了加納的自由和獨立事業，獻給了非洲大陸的解放和團結統一事業，他為國際反帝反殖民鬥爭、為不結盟運動的興起也做出了積極的貢獻。
他所做的一切都為他贏得了很高的聲譽，他不僅被譽為非洲最著名的領導之一，而且被全體加納人尤其是年輕人奉為神明，稱之為“救世主”、“解放者”。加納獨立後不久，政府就在議會大廳前為他建立了高20英尺、手握權杖的塑像。
1960年7月，根據加納新憲法成立共和國廢除以英女王為國家元首的製度後，恩克魯瑪就出任加納總統兼武裝部隊司令，集黨、政、軍權為一身，達到了個人權力和威望的巔峰。
俗話說，打江山易，守江山難。加納獨立後，由於當時受國內外各種因素的影響，恩克魯瑪采用了不適合加納國情的經濟政策，尤其是其所實行的加快建設社會主義的激進政策，不但沒有實現加納經濟的騰飛，反而使加納外債增多，通貨膨脹越發嚴重。
加納的財政主要依賴傳統經濟作物可可為主要出口收入，這項出口收入占出口總數的60%以上，而可可的出口常常受到國際市場原料價格波動的影響。1959年，國際市場可可價格大幅下跌，而進口商品的價格卻不斷攀升，結果造成國家現金儲備大大減少，財政赤字高達5300萬英鎊，接近國民生產總值的12%。