對多爾袞的專製獨裁，孝莊自然有所擔心，生怕兒子的皇位就此被奪走。同時，她也知道多爾袞對自己曾想占而有之。由於當時滿族保留著兄死弟可娶其嫂的風俗，因此她認為，隻有嫁給多爾袞，才能保護順治帝。
所以，她隻得在多爾袞麵前著意打扮，對多爾袞禮敬有加。多爾袞怎能抵擋孝莊的多情舉動，兩人在順治二年（公元1645年）結成伴侶。為了兒子的幸福，甘願付出自己的青春，孝莊的這種犧牲是多麼偉大！
1650年12月，多爾袞出獵，死於喀喇城，被追尊為“誠敬義皇帝”，用皇帝喪儀。福臨親政，來到兩個月，即宣布多爾袞“謀篡大位”等種種罪狀，削爵毀墓並撤去太廟牌位，籍沒家產，多爾袞的黨羽也受到清洗。
在“倒多”過程中，濟爾哈朗取而代之，成為一個新的權力集中點。孝莊敏銳地發現了這一苗頭，防微杜漸，讓福臨發布上諭，宣布一切章奏悉進皇帝親覽，不必啟和碩鄭親王（濟爾哈朗），消除了可能產生的隱患。年少的皇帝在太後的安排下理政、讀書，如饑似渴地吸收漢文化，在大膽使用漢官、整頓吏治等方麵開創了清初政治新局麵。
順治皇帝退位後，孝莊依舊沒能清閑，繼續輔佐小皇帝康熙。在康熙親政前夕，輔佐大臣鼇拜權勢熏天，即使皇帝的命令沒有他的認可也難以執行。鼇拜還欺負康熙幼小，有取而代之的野心。
對於這個野心家，孝莊也是煞費苦心。終於，她和康熙想出了一個妙計，讓康熙皇帝和他的小侍從通過遊戲的方式在朝廷上生擒鼇拜，然後宣布鼇拜一夥的罪行。就這樣，清朝的局麵再一次穩定了下來。在她的教導下，康熙健康成長，一個未來傑出帝王的特質，在少年時代打下了根基。
鱉拜集團鏟除後，孝莊放手讓康熙理政，讓他在實踐中得到鍛煉，又一再提醒他要謹慎用人、安勿忘危、勤修武備等。對於祖母的教誨，康熙非常尊重，重大事情無不先一一征求意見，最終形成了清朝的第一個黃金時代——康乾盛世。
康熙在位年間，還有一件大事就是削藩，這引起了吳三桂、尚可喜等藩王的不滿，三藩之亂爆發。這個時候，孝莊已是60高齡了，但仍然號召宮內節儉，並把宮中的金銀財帛犒勞作戰的軍隊。
康熙十四年，清軍與吳三桂等叛軍在前線激烈對陣時，蒙古察哈爾部貴族布爾尼趁機興兵叛亂，對京師構成嚴重威脅。麵對這樣的情形，康熙皇帝急忙找到孝莊請教良策。孝莊要康熙皇帝先派出使臣對叛軍招撫，分化麻痹叛軍，延緩叛軍進軍的速度；另一方麵，她又要皇帝起用對軍事頗有才幹的大學士圖海率軍平叛。
孝莊的這一建議，果然取得了良好的效果。圖海率領的軍隊迅速開到了察哈爾，布爾尼被突然出現的清軍打得大敗而逃。此後不久，康熙又平定了三藩之亂。
孝莊的一次次建議，讓康熙感動得淚流滿麵。親政若幹年之後，他仍念念不忘祖母對自己的教誨和關鍵時刻的支持，對她極其尊敬。
1688年一月二十七日，這位輔佐三朝皇帝，為開創和鞏固清王朝作出傑出貢獻的女政治家與世長辭，終年75歲。為了表現自己對祖母的懷念，康熙給孝莊上了尊崇的諡號——孝莊仁宣誠憲恭懿翊天啟聖文皇後。
悲情史
孝莊一生的政治生涯無疑是完美的，她勸降洪承疇、協助孫子擒鼇拜、平三藩，甚至為了大清的穩定下嫁多爾袞，可謂鞠躬盡瘁。
然而，雖然她在政治上取得了傲人的成績，但對於個人情感生活，她卻異常失敗，可謂她一生最大的悲情。