傳教士白晉曾驚奇讚歎地寫道：“十四個皇子中有十個都長得儀表堂堂，才華橫溢。”康熙即為龍文化的代表，自然而然地采用了漢室立嫡立長的建儲方法。康熙十四年十二月十三日，立嫡長子、正宮孝誠皇後所生允乃（原名胤乃，雍正即位改名允乃）為皇太子，其時允乃不滿兩歲。
康熙複設順治時裁撤的詹事府，為東宮僚屬，司太子講讀，輔佐太子；親自擇理學名臣湯斌授禮部尚書兼管詹事府事；命大學士張英、李光地及熊賜履等老成碩儒朝夕納誨；並親自培養皇太子，在繁忙政務中抽身為皇太子講授四書五經，有一時期幾乎“每天在臨朝禦政之先，令太子將前一日所授的書背誦、複講一遍，達到熟記和融會貫通才告結束”。手把手地向他傳授治國之道：“告以祖宗典型，守成當若何，用兵當若何。又教之以經史，凡往古成敗，人心向背，事事精詳指示。”親征之時還往往命太子留京，代理政務，以資曆練。企望早定國嗣，避免諸皇子覬覦皇位，禍起蕭牆。以“係四海之心”，“垂萬年之統”。
允乃天資聰明、條件優越、迅速成長起來。他通達義理，知曉滿漢文字，詩書棋畫無所不能，且嫻熟弓馬，八歲即能左右開弓，精明幹練；二十歲即能代父處理朝政，“騎射、言詞、文學，無不及人之處”。群臣以索額圖為首，為希圖將來的榮利，自然而然地趨赴太子門下，結黨營私，形成了第二個權力中心。索額圖等製定的東宮服用儀仗與康熙相差無幾，每年三大節，太子在主敬殿接受百官朝賀，行二跪六叩禮。在這種環境長大並形成自己勢力的皇太子，權力欲日益膨脹，日益驕橫，搶班奪權的急迫心情時有表露，他曾口出怨言：“古今天下，豈有四十年天子乎？”
人到暮年，即使是大丈夫，也往往生出一段溫柔似水的舐犢深情，這其中實際包括了人們對自己一生最美好時光的無限眷戀和對未來夢幻般的希望。如果這種感情受到了傷害，特別是受到了自己的兒孫——被舐之犢的傷害，那麼人們心靈上受到的沉重打擊便無可比擬了。
康熙晚年更加眷戀自己的子孫，親征出巡之時，甚至將太子的衣冠帶在身邊，時時觀看，如見太子。康熙二十九年（1690年），康熙於征噶爾丹途中生病，高燒不退，形容憔悴，他從諸臣所請，起駕回鑾。他想念自己的兒子，命皇太子、皇三子馳驛來迎。
太子來了，然而進見病中的父親，卻“略無憂戚之意”。美好溫馨的一切都破碎了，康熙極其失望、失落。他不能不正視冷酷的現實：既然是皇權至高無上的龍之國，便注定沒有了龍之家。龍，沒有親人，隻有敵人；沒有愛，隻有恨，隻有醜惡、陰謀、陷阱。孤家寡人啊！他說：“昔梁武帝亦開創英雄，後至老年被侯景所逼，遂有台城之禍。隋文帝亦開創之主，不能預知其子煬帝之惡，卒致不令克終。又如丹毒自殺，服食吞餅，宋祖之遙見燭影之類，種種所載疑案，豈非前轍？朕一息尚存，豈可容此輩乎？”
康熙開始有計劃地削弱、剪除太子勢力。
康熙三十六年（1697年）九月，康熙將“私在太子處行走、甚屬悖亂”的內務府屬膳房人花喇、德柱、茶房人雅頭處死，額楚圈禁。
康熙三十七年三月，康熙封皇長子允（胤）是為直郡王，皇三子允（胤）祉為誠郡王，皇四子胤真、皇五子允（胤）祺、皇七子允（胤）右、皇八子允（胤）禩俱為貝勒、分撥佐領，參與國家政事，抬高了諸皇子的地位。
康熙四十二年，康熙以“背後怨尤，議論國事”，“結黨妄行，威嚇眾認”的罪名，拘囚了太子黨的首領索額圖，直斥“朕若不先發，爾必先之”。之後，又囚禁了索額圖諸子和黨附索額圖的大臣麻爾圖、額庫劄、溫代、邵甘、佟寶等。這些人“同祖子孫在部院者，皆奪官。江橫以家有索額圖私書，下刑部論死”。索額圖被囚死多年之後，康熙還恨猶未消，說：“索額圖誠本朝第一罪人也。”
康熙四十七年，康熙出巡，皇太子、皇長子、皇十三子、十四子、十五子、十六子、十七子、十八子同行。
途中，皇十八子一病不起，日益惡化。康熙十分憂戚，但皇太子對弟之將死卻無動於衷。康熙痛心地責備他：“你是他親哥哥，怎麼毫無兄弟情誼？！”皇太子反“忿然發怒”，撻辱隨行侍諸大臣出氣。
其間，皇太子黨羽窺伺康熙，起居動作無不探聽。更可異可駭的是，康熙發現每至夜晚，皇太子便逼近康熙所居幔城，從幃幄縫隙向內竊視康熙的動靜。
康熙斷定：“從前索額圖助伊潛謀大事，朕悉知情，將索額圖處死。今胤乃欲為索額圖複仇，結成黨羽。”康熙感到：兩個權力中心的鬥爭已到了你死我活的白熾化狀態。他“未卜今日被鳩，明日遇害，晝夜戒慎不寧”，他敏銳地覺察到，一場為君流血的政變就在眼前，遂立即起程回鑾。
似乎事態確已十分嚴重和急迫，康熙等不及回到京師昭告天地祖宗，在中途便迫不及待地宣布廢掉皇太子，將太子黨羽索額圖的兩個兒子格爾芬、阿爾吉善及二格、蘇爾特、哈什太、薩爾邦阿等六人“立行正法”，其餘人等充發盛京。