1997年，南京大學副校長施建軍率領的代表團去美國探望顧毓琇時，顧毓琇對母校寄予殷切希望，他當時對代表團成員指示說：“培養學生的知識麵要廣，學習必須具有豐富的文化和知識根底。大學理工要平衡發展，不能偏廢。學校的實驗科學要加強，一流大學要有一流的實驗條件。理論家可以出，但出不了幾個，也許是百裏挑一。要有實踐，有動手能力。”他的這些話可謂切中時弊，對我們今天的教育具有很大的啟迪意義。
科學與人文精神結合
關於科學精神與人文精神相結合。1972年，顧毓琇在台灣成功大學60年度畢業典禮上發表了題為《科學精神與人文精神》的演講，著重對科學精神與人文精神的內涵、科學精神與人文精神相結合的重要性進行了闡述，最後他對青年學生提出了要求和殷切希望。
顧毓琇認為，科學精神是求真、求實精神。求真即是追求真理，求實即是追求實在；人文精神是求善、求美的精神。求善即是歸於至善。凡是科學家必具備科學精神，凡是文學家、史學家、哲學家、藝術家必具備人文精神。他強調，“無學則無文化，無文化則無民族”和“無哲學則無科學，無人文則無民族。因此他得一結論：“蓋‘文化’與‘人文’實在是息息相通。試問沒有‘人文精神’，還有文化嗎？文化是生生不絕的，是民族生命的原動力。民族文化發揚光大，則國家可以轉危為安。轉貧為富，轉弱為強。人文精神是創造的、綿延的、除舊更新的，也是撥亂反正的。”
談到兩種精神結合的重要性時，顧毓琇認為：“人文精神同科學精神，正如鳥之兩翼，車之兩輪，相輔相成的。……二者兼顧，方可以完成人生的兩方麵。”因此，他要求今日的青年必須具備科學與人文精神，然後可以求學問和成事業。最後他又強調：“為著中國民族的前途，為著世界文化的前途。我們必須同時提倡科學精神和人文精神。”
現在，越來越多的有識之士已經認識到：科學和人文是推動社會前進的雙輪，也是培養人協調發展的雙翼，隻有科學與人文攜手共進，個人與社會才可能和諧發展。當代人既需要加強科學，也需要加強人文。顧毓琇在三十年前，已經深刻地論述了科學精神與人文精神相輔相成的關係，並對大學生和教育工作者提出了明確要求，真可謂對中國的教育具有遠見卓識。
教育思想特點
顧毓琇的教育思想，主要有以下特點：
其一，顧毓琇的教育思想建立在對中外文化深刻的理解基礎上。顧毓琇通曉古今、學貫中西，可謂對中華文化的博大精深及世界文化的豐富多彩有著非常清晰的了解，尤其是對我國古代的儒家哲學思想有著較深的感情。同時，他既出身江南書香門第，又為麻省理工學院畢業的科學博士，有著“業精於理，學博於文”的獨特之處。他希望通過建立真善美的人生教育，能夠實現“天下為公進大同”的理想世界；通過科學教育和科學研究來進行民族複興；通過科學精神和人文精神的結合使學生求學問、成事業。顧毓琇認為“我國有悠久之文化，亦有優美之科學傳統。……中國科學研究的成就是有基礎的，有把握的，而且是前途無量的。”他一直強調“無科學則無文化，無文化則無民族”。
其二，顧毓琇的教育思想是與其教學實踐密切聯係的。1944年，顧毓琇擔任中央大學校長時指出，今後的中央大學應注重學術研究、提高研究氛圍、改善研究人員待遇，尊重學術為教育人才和培植文化的根本原則。在羅家倫、顧毓琇等校長的經營下，中央大學學校規模發展迅速，學術氣氛濃鬱，尤其是工學院師資雄厚、設備精良。當時中央大學被譽為全周最大的大學和最高的學府。顧毓琇還十分重視提高學生的素質，主張教育固然需要依重德育、智育和體育，但也要注意美育，並把他的主張貫穿在他的教學管理和教學過程之中。在他1947年擔任國立政治大學校長時，曾請來中國國畫大師張大千、著名小說家張恨水、幽默大師林語堂和著名歌星管喻萱來校表演或講演，使學生受到美的熏陶。他的學生對他當時溫文爾雅的風度、淵博的學識和正直的人品終身難忘。一位學生撰文回憶說：“由於顧校長治學嚴謹、主政開明、治學有方，使國立政治大學向著一所完善的文法大學邁進。
其三，顧毓琇的教育思想體現了一個愛國教育家報效祖國的情懷。無論是留學美國還是回國教學，無論是戰後服務任教育部政務次長、中央大學校長、上海市教育局長等職還是赴美教研直至退休自修，他始終心係祖國的強盛，關心著祖國教育事業的發展。他強調教育改造的極端重要性，強調國家的機運與青年人的前途關係密切，希望科學研究能實現民族複興，希望科學救國、科學建國。作為一個職業教育家，他把畢業精力投入其中，其教育思想值得我們學習借鑒，其品德學識，將永遠光照史冊。