傅斯年在北京大學原是國文部的學生，他對於文史哲各方麵的同時具有深厚的根底，是黃季剛的得意門生。傅斯年才華橫溢，學識淵博，對於留美歸來的胡適講授中國古代哲學史的課程，在他眼裏，也是予以輕蔑看待的。同時，因為他是國文部而非哲學部的學生，所以基本上不去聽胡適的課。但與他同住在北大西齋的哲學部學生顧頡剛也選了胡適的哲學史大綱這門課程，他卻感到非常滿意。因此，顧頡剛就拉了傅斯年也去聽課。傅斯年在聽了幾次講課之後，也同樣感到非常受用，非常滿意，於是後來漸漸同意胡適和陳獨秀等新派人物的主張。之前，陳獨秀和胡適也早已知道傅斯年是黃季剛的得意門生。有一次國文部的學生上書給文科學長陳獨秀，要驅逐一位教師，文章寫得很好。學生們說文章是傅斯年所寫，陳獨秀則認為一定是另有教授在背後搞壞。因此，陳獨秀把傅斯年叫來，當麵命題。當陳獨秀看完傅斯年的文章後，大加讚賞，傅斯年得到了陳獨秀的賞識。陳獨秀知道傅斯年確是一個名副其實的高材生。然而，當傅斯年從黃季剛門下轉到胡適和陳獨秀門下時卻很疑慮，認為很可能是黃季剛派他來搜羅新派人物的缺失，作為攻擊靶子的。經過縝密的觀察，才深信傅斯年的這一轉變的確是出於思想的轉變。據說黃季剛也向人宣告：傅斯年背叛了我。後來，傅斯年和羅家倫就成為了學生中新派的代表人物，由他們主編的《新潮》雜誌（主要作者是學生）得到了魯迅等人的支持，與陳獨秀主編的《新青年》（主要作者是當時的教師）成為五四時期傳播新思潮的最風行的刊物。
從此以後，胡適、傅斯年兩人之間逐漸漸突破了師生關係而成為交誼至深的師友關係。到了20世紀30年代初期，胡適、傅斯年、翁文灝、丁文江、蔣廷黻共同編刊了《獨立評論》，印刷、出版、發行等費用全由他們個人出資支付。他們在這個刊物上隨時發表各自對於某些學術和政治的意見。
例如，當時的國民黨要員提倡讀經，而胡適、傅斯年先後在“獨立評論”上發表文章，大力表示反對讀經。但他們這幾個人的政見也並不完全相同，一般說來，胡適和傅斯年的主張是要爭取歐美式的民主，而丁文江和蔣廷黻兩人則傾向於專製。丁文江在該刊上發表過《假如我是蔣介石》和《假如我是張學良》，都成為當時很引人注意的文章。1936年1月，丁文江逝世後，獨立評論社為他編刊了紀念專號。該刊也曾發表過觸犯政治當局的言論，以致曾經一度遭受查封，但不久總是順利解決了。實際上文該刊的主編是胡適，他從來對於政治是不發表過於激烈的言論的。
抗日戰爭爆發之後，胡適做了駐美大使，他在美國的一些外交活動，很受蔣介石政府許多上層人物的不滿。後來，蔣介石便派了宋子文去美國做特使，致使大使的職權被剝奪了大半。這時候，傅斯年是國民參政會的參政員，他經常在參政會上“放大炮”：時而彈劾孔祥熙，時而又和蔣介石的嫡係人物展開論辯。而對於胡適的聲譽他卻一直備加維護。絕不許別人作任何帶有貶義的評論。他向人宣稱：別人都不配斥責胡適，隻有我一個人有此資格。其實，他對胡適也從無貶抑之詞。抗日戰爭勝利之後，宋子文任行政院院長，把原任北大校長的蔣夢麟也拉進了行政院去。
教育部公布胡適繼任北大校長。胡適當時雖早已卸任駐美大使，但仍留居美國紐約搞學術研究。所以教育部在公布胡適任北大校長的同時，也公布了傅斯年做代校長，傅斯年也樂於代理此職。傅斯年在代理期間，關於聘請教員，特別是文科各係教員的事，有時並不與胡適相商，即自作主張，事後胡適也從無異議。從《胡適往來書信集》中可以看到，當時傅斯年反對羅常培再任北大中文係主任，而胡適後來果然就自己兼了中文係主會。所謂“心有靈犀一點通”，用在他們兩人身上，大概再切合不過了。