胡適於1946年7月回到北平，在他就職的歡迎會上，清華等校的代表也參加了。馮友蘭在發言時說：“胡適出任北大校長，是一件應乎天而順科人的事，就全國範圍來講，再沒有比胡適更合適的人選了。”這話在當時是很有代表性的。胡適在致辭中曾說到：我在抗日戰爭期間，對於國家的貢獻，實甚微末。雖然做了幾年的駐美大使，亦是沒有替國家借過一文錢，買過一枝槍，甚感慚愧。
胡適對於北大文學院的學風也有他的不滿之處。例如他兼任了中文係主任之後，他曾向人表示，他很想把中文係某些教師的繁瑣考證風氣加以扭轉，使他們能做到他所主張的“大處著眼，小處下手”。當史學係主任姚從召出任河南大學校長之後，他也想要把史學係主任兼起來，以便對史學的研究方法有所改進。但是他已經兼任了中文係主任，不宜再兼一個主任，後來由秘書長鄭天挺兼任了，而他自己則在史學係開設了史學方法論這一課程，想在學生中間培養一種他所認為正確的學風。在這期間，他還想到抗日戰爭以前北大史學係的主任陳受頤（他的英文很好，抗日戰爭期間，經胡適介紹，在美國一個大學任教），他很擔心陳受頤日後轉入美國籍，便極力請他回國看看，意圖是留他做史學係主任。但陳受頤回來看到國內情況並不穩定，於是隻在北平住了一個短暫時期，就又回美國去了。後來，胡適一直擺脫不掉許多政治活動，他能夠上課的時間越來越少，所以，不論在中文係或曆史係，他都沒有能夠起到他所要起的作用。
他任校長後，碰到的第一次學潮就是因為北大先修班的一位女生被美國大兵汙辱而引起的抗暴運動。在北平的大學生為此舉行第一次學潮時，胡適剛從南京產回到北平，他這時一方麵盡力發撫學生，勸說他們不要上街示威遊行，另一方麵，也作為受害女學生的代表人，親自出席法庭，控拆美國大兵的野蠻行徑。後來由司法部門應美方要求把這一案件轉移到美國去審理。胡適當時曾向人說，這將是對美國司法部門的一次考驗。但事實上，美國那個大兵後來被判定為“無罪釋放”，胡適也莫可奈何了。
在胡適任北大校長期內，南京政府統治下的局勢動蕩不安，各地的學生運動風起雲湧。胡適出任北大校長以後，他認為憑籍他自身的威望，可以起到坐鎮北方教育界的作用。每當北大或北平的其他高校學生因從事學生運動而被捕時，他無不竭力加以營救。就他的立場來說，他當然不是為了要維護革命勢力，而隻是反對國民黨政府的這種高壓政策，認為這樣做會適得其反，更要激起學生的憤怒，惹出更大的亂子。但是，蔣介石對於這一點並不理解，所以前後有幾次要把胡適拉到南京去做官。例如，有一次是要他去做南京政府委員。在南京的傅斯年就寫信給胡適，力主他應斷然拒絕。蔣介石當時還輾轉示意給胡適：如不去南京做官，也可以出麵組黨，或者主辦一個政論刊物。
胡適則既不去南京做官，也不組黨，也不辦刊物。前兩事似乎都無須解釋，他對善於不辦刊物的原因曾向人說：“過去我主辦《獨立評論》是由我和傅孟真（即傅斯年）、丁文江等人合夥出資編刊的。現在物價大漲，我自己決無這種財力，但如向政府要錢，那我就無法獨立發表意見了。他當時還向人表示，他既已做了北大校長，就希望能夠做它個十年八年，以求能做一些成績出來，否則既對不起北大，也對不起自己。胡適既然打算在北京大學校長任上幹它個十年八年，既然一心一意要把北大辦成具有國際地位的大學，所以在1947年，他就發表了一個“五年教育計劃”，向政府建議在五年之內集中財力發展北京大學、清華大學、中央大學、浙江大學和武漢大學。他認為這些大學在設備和師資隊伍方麵都有較好的基礎，集中力量來辦理，收效當能較快。這當時惹起了五校以外的許多校長的反對，因此這些建議未能實現。胡適還有一件未能實現的事：當胡適尚未回國就任校長之前，任北大理學院長的饒毓仄就與他函商，一定要把錢學森和郭永懷從美國請來北大任教，以便使北大在物理學、力學方麵能有突出的發展，但因為二人當時難於離美，未能實現。在胡適就任校長之後，胡適還曾向當時的國防部長白崇禧、參謀總長陳誠寫信，建議在北京大學集中全國一流的物理學者，使他們能專心研究最新的物理學理論和實驗，並訓練青年學者，把北大作為原子物理的研究中心，以為國家將來國防工業之用。他所開列的名單如下：錢三強和他的夫人何澤慧、胡寧、袁家騮和他的夫人吳健雄、張文裕、張寶燧、吳大猷、馬仕俊。他認為以上九人可謂極全國之選，並都已答應到北大來，有的且已接受了聘書。其所以必須將他們集中到北大，是為了不致分散各地，以便發揮最大的優勢。在信的最後，他說，此議倘能是取兩位先生的同意和讚助，那就可以斷言，我們在四五年內一定可以做出滿意的成績。