作為一個教育事業家，馬相伯除創辦震旦、複旦外，還協助英斂共同籌劃創建了輔仁學社（即輔仁大學之前身），並曾任北大代校長。他還捐辦啟明、靜宜、培根等女校。“為中國近代教育的振興竭盡心力”，這句話是馬相伯1907年在日本對中國留學生發表的一次演說中提出的口號，這個口號實際上集中反映了馬相伯辦學的指導思想。馬相伯雖然信奉天主教，可是他對於某些外國傳教士利用帝國主義特權，進行文化侵略的行徑十分憤慨。他站在維護祖國利益的立場上，明確地提出辦學、讀書是為了救國，而救國又必須辦學、讀書，傳播和學習科學知識。這就比較正確地解決了半殖民地半封建社會條件下高等學校的辦學宗旨問題。
馬相伯曾經說：“我幼時便因國家憂患而感受痛苦。記得法文通史課本中，有對我國所下評語，譏刺我們這種民族，是無功來呼吸天地間的空氣。”這種刺激，在他的心裏留下了屈辱的記憶。當他從徐彙公學畢業，法國領事署來聘他做法文秘書時，他斷然拒絕道：“我學法語，為中國用的！”這種愛國報國的思想，隨著年齡的增長，閱曆的豐富和思想的成熟，以及對中國社會越來越深切的認識，變得更加堅定了。
震旦初創時，正值民國前資產階級革命風起雲湧，反帝反封建呼聲日益高漲之際，馬相伯慨然宣稱：“欲革命救國，必自研究近代科學始，欲研究近代科學，必自通其語言文字始。有欲通外國語言文字，以研究近代科學，而為革命救國之準備者，請歸我。”把學院定名為“震旦”，“蓋兼取東方光明及前途無量之意焉”。愛國之情，救國之心皆溢於言表。學院成立後，廣收“四方思想不同、派別不同的有誌青年”，其中有相當一部分學生來源於為反抗封建壓迫而退學的南洋公學學生及解散了的愛國學社的部分學生，因此學生中的愛國精神和民主意識特別強烈。學院院章上規定：“教師上課，不談宗教；學生在院，不談政治。”前者嚴格執行，後者形同虛設。馬相伯不僅對當時在校學生中的著名革命黨人馬君武、邵力子、劉成禺等人十分愛護、器重，自己在某種程度上也參與了政治活動。他主動將因詩稿《半哭半笑樓》譏諷時政、倡言革命而被清廷通緝逃到上海的青年舉人於右任招入震旦，以“劉學裕”之化名注籍並特免其學費。當於右任表示恐累及學院及馬相伯本人時，馬相伯坦然道：“餘以國民一分子之義務，為子作東道主矣。”當時的震旦，馬相伯為救國而辦學教書，學生為救國而學習讀書。後來為反抗帝國主義的文化侵略而全體罷學離校，雖屬創舉，實非偶然。複旦成立後，校園內更是革命精神彌漫。同學多富於革命精神，關心時事，每周的中文作文，較多論及當時時局政治、實業問題。於右任在辦民呼、民籲報時，往往擇其優秀者，作為該報社論發表。讀書與救國，成為複旦師生心目中不可或缺的兩大責任。當時輿論認為複旦是革命黨的產生地。
但是，馬相伯不讚同學生以社會活動為唯一任務，以社會活動代替學習。他認為學生的主要任務是學習，隻有具備了一定的文化知識，才能做到“以科學救國，以科學建國，以科學創造全人類的福利”。為防止學生因學習西方科技而崇拜西方文明乃至嫌棄自己還不富強的祖國，做出有失國格、人格的事情，他嚴肅地告誡學生，“西人學社名位可受”，因為“學問社會，世界人類共有，不必分中西以立異也”，但是，個人是屬於國家民族的，“出處行藏，不能稍事通融”，所以“西國富貴官爵不可受，諂西人而挾圖本國之富貴者，更為可恥。前有洋奴，今有漢奸，君子不為也”。
馬相伯認為，培養救國興邦、振興民族的人才，必須使他們求得“真的知識”和“活的學問”。他反對把“讀經”作為學校的主要課程。他說，經學完全是空虛的形式，大家中了空虛形式的毒，其流弊之極，便有兩個毛病：一個是冬烘頭腦，一個是欺飾心理。他認為，“中國今日之危亡，實根因於科學的落後”，而要救國，必先振興科學。要振興科學，就必須改造中國封建教育製度，學習西方文明。他主張“盡彼所長，轉授國人”，為我所用，使我國“與世界同盡其能”，“以科學創造全人類的福利”。
但是，馬相伯不讚成盲目學習西方文化，他辦震旦和複旦，都是為了鼓勵青年學習西方先進科技，但他絕不視傳統文化為敝屣，這在當時“滔滔然有蔑視國文之惡風”的環境中可謂是明智的特立獨行。在他親自製訂的震旦辦學宗旨中，明確地規定：“使中國青年不出國門，無須以巨量犧牲之代價遠適異邦，即可求得其必需之學術，因而對本國文化更可有明確之認識。”震旦學院規定，學生肄業“以本國文學優長者為及格”。1905年製訂的《複旦公學章程》中亦規定，如發現學生“有意唾棄國學，雖錄取亦隨時屏斥”。他雖然竭力提倡西學，全心全意地投身於傳播西學的工作中，但他明確那是“為中國用的”，是為中國振興的一種手段。他旗幟鮮明地反對不顧中國具體情況實行全盤西化，把那種對中國數千年來遺留下來的文化精華全部置之腦後的數典忘祖的做法稱之為：“這可異乎第二把秦火？”所以，馬相伯提出的求得“真的知識”和“活的學問”，並不是籠統地指學習西方文明，而是指學習對於振興科學、救國救民有用的知識。凡是符合這種要求的知識，不論是西方的還是中國的，都要學習，都要“求得”。