馬相伯強調課程的擬定“蓋必先市社會所需，人民所缺而後可”。從震旦、複旦兩校的創建過程中，不難看出其順應時代潮流發展的特點。當時西文教育思想（或稱方言教育思想）盛行，西文教育由於對外交往隨著國門被轟開而驟增，可是，馬相伯辦學並不是為沒落清廷培養幾個交涉人才，他認為“世界競爭日亟，求自存者，必先知彼為。先知彼者，必通其語言文字”，“況泰西科學，皆有新知，不識其文，末由取益，必至彼已累變，我尚懵然”。所以在其親訂的《震旦學院章程》中規定了比較完備的課程，包括語文、數學、格物、致知四個門類。“習英、法、德諸現代語以應世用”，而數學、格物、致知則使學生對科學、哲學有個基本態度和了解，使其培養的人才能“從事翻譯歐美科學書籍，取其精華，作為借鏡”，通過培養這種學有所長，兼通東西方文化的人才來架起一座引進西方科技的橋梁，這使震旦在當時譯書局林立、譯才如過江之鯽、濫竽充數者比比皆是的環境中脫穎而出，獨成一派，贏得社會好評。到複旦的創辦則更進一步，其不僅僅是要培養譯學人才，也要直接培養科學研究人員。“於南北適中之地，設一完全學校，俾吾國有誌之士，得以研究泰西高尚諸學術，由淺入深，行遠自邇，內之以修立國民之資格，外之以裁成有用之人才”。複旦的課程表也比震旦更為豐富、係統。文科專業的課程有倫理學、國文、英法文或德文、曆史、地理、數學、論理（邏輯學）、心理學、理財學（財政學）、法文、簿記學、體操、音樂、拉丁文。理科專業的課程為理學、國文、英法文或德文、數學、物理、化學、地質、礦物、動物、植物、測量、圖畫、體操、音樂、拉丁文。與1902年的壬寅學製和1903年的癸卯學製中的大學預科課程相比，也是先進的。上述兩種學製中，經學課是其中最重的課，也是清朝政府賴以控製教育方向的一個手段。但在震旦、複旦，除必要的國文課外，都不進行經學教育，體現了堅決的反封建意識。
借鑒百家經驗
為了使學生學到真正有用的知識，馬相伯還吸取了洋務派維新派之經驗教訓，在教學組織管理方麵作了改進。馬相伯說：“大抵洋人辦學，輒有二弊：一不重漢文，或重而不得其道；一所授西文程度太淺，蓋視十五六歲華生等於五六歲者授之；或所授非淺，而不知選擇華人所喜者。即以科學論，亦鮮能徹底。”他辦學時，對教學極認真，對教師要求也極嚴格。震旦時，因師資力量薄弱，他不辭近古稀之高齡，親自教授拉丁文、數學、哲學等課。複旦辦學規模擴大後，教師隊伍加強，即使在最困難的初期，教師大多數仍屬一時之選。如邵力子、於右任等人教國文，薛仙舟教德文，曹惠群、李鬆泉教物理、化學，朱葆芬教數學等。他們教學認真，要求嚴格，學生學習刻苦，風氣淳樸，畢業生水平較高。1915年大學預科畢業生張薦，經美國耶魯大學特許，插人該校本科二年級學習，被譽為“留學界之異彩”。
他在選擇教材上，一反當時使用淺薄外文作課本的習俗。當時教英文所用的課本，大都是英國人教印度人用的，淺薄鄙俗，毫無意義。震旦學院“其肄業之書，非名家著Classicalauthor不授”。馬相伯精選西塞羅演說為拉丁文課文，選莎士比亞作品為英語課本，他還自編《拉丁文通》與《致知淺說》作為拉丁文及哲學課的教材。他確實是兢兢業業，認認真真，擷取西方文化之精華“轉授國人”，為中華的振興而辦教育。