延續了兩千多年的中國封建社會，到了1839年已風燭殘年，每年5萬箱（每箱約60公斤）鴉片非法輸入和每年1000多萬元白銀的大量流出，使得官僚統治病入膏肓。同年6月欽差大臣林則徐虎門銷煙，公開銷毀英、美商人的22083箱鴉片，但他並沒能挽回中國淪為半殖民地半封建社會的頹勢。這天，英美俄三國的鴉片販子在中國不期而遇，彼此炫耀。“最好的年頭，我每箱鴉片可賺到1000塊錢”。英國鴉片販子自豪的是英國政府支持，他販運的印度鴉片，熬製適合中國吸食者的口味，在廣州口外伶仃洋船上私賣。“過去三年中，我沒有運過一塊鷹洋到中國來，可我每年可以從中國運走100萬銀元以上的商品。”美國人在鴉片武裝走私方麵比英國還利害，他以強火力武裝“飛剪式”快船販運土耳其鴉片在東南沿海到處走私。“鴉片就跟金子一樣，在任何時候都可以賣掉”。俄國投機商更狡猾，做在暗處，像俄國政府表麵上表示堅決支持中國政府禁煙，但在哈克圖科中國邊境貿易中，輸入毛皮，也輸入鴉片。十餘年中，中國流出白銀總數達一億數千萬元，中國受害的人數不下200萬人。公元1840年3月17日，地處江南的丹陽北鄉，四麵環山的馬家村馬鬆岩家異常熱鬧，以行醫為業的馬鬆岩自家動手，當接生婆。沈夫人已生過三胎，這第四胎又是足月順產後，關切地詢問：“是丫頭還是兒子？”
“兒子，又是個兒子。”馬鬆岩剪斷臍帶，將小毛頭打好“蠟燭包”。“叫啥名字呢？”沈夫人臉浮笑容，聲音疲憊。馬鬆岩的後代是建字輩，第一個兒子出生不久就夭折，第二胎是兒子，譜名建勳，字少良，第三胎是個女兒，現在又養了兒子，名字他早已想好：“按族普就取名建常，字相伯。”馬鬆岩祖籍江西南昌，是宋元之際《文獻通考》作者馬端臨第十九代孫。
明萬曆年間利馬竇來中國時，在南昌傳教，馬鬆岩祖上即為天主教徒。當時的教徒都是明朝宗室或士大夫。清初，馬家由南昌遷居江蘇丹陽北鄉，幾代繁衍，發展成馬家村落。馬鬆岩是虔誠的天主教徒，14歲時，體弱多病，因研究醫學，到了27歲身體重新健康起來，他就在丹徒（今鎮江市）行醫，開設藥鋪。不久娶丹徒縣沈氏為妻。沈氏的父母信奉天主教，她自己識字，能看聖書，沒有裹腳，是大腳，常周濟親戚朋友，當知道有人無力償還，她就將債券燒掉，以免他們今後成為負擔。馬鬆岩布衣授徒，來回於丹陽和丹徒之間行醫，對於貧苦人家，一律送診，分文不取，為人樂善好施，鄉裏稱他為紳士。馬相伯出生不久，按基督教的習慣，接受了洗禮，教名若瑟，亦名若石。
母親沈氏在丹陽馬家村哺育馬相伯，有很多不便，就舉家移往鎮江定居。馬相伯出生的這年不久，就爆發了鴉片戰爭。1942年6月，英軍進犯吳淞口，進入毫無守備的長江，一度侵占上海、寶山，又溯江而上進攻鎮江。城裏市民紛紛逃難，馬鬆岩夫妻拖著兒女逃往丹陽，在四麵環山的馬家村避難。當時天花流行，三歲的馬相伯也染上了天花，到了馬家村，馬相伯就發高熱，出現抽搐、昏迷。馬鬆岩開始以為是避難途中受了驚嚇，吃了力，發熱第三天開始出疹：初出現於相伯額部、麵部、腕部，以後迅速延至頸部、軀幹、四肢，兩天內遍及全身。“天花！”馬鬆岩暗暗叫苦，當時對天花無特殊療法，病死率高達百分之四十，他一邊對相伯加以嚴密隔離，防止傳染，一邊對其他孩子進行預防。長馬相伯五歲的姐姐，小時患過天花，有終身免疫力，不會再得第二次，就細心照顧瘙癢煩燥不安的弟弟，替他剪短指甲，以免抓傷皮膚。馬相伯皮膚成批出現斑疹、丘疹、皰疹，最後結痂，遺留的疤痕就是麻子，半個月後逐漸痊愈，幸虧是他臉上遺留的疤痕不多。1842年，中國為禁止鴉片同英國打了敗仗，簽訂了第一批不平等條約《南京條約》、《虎門條約》等，割讓香港，賠款2100萬元白銀，開放廣州、廈門、寧波、上海等五口通商……英軍撤退後，馬鬆岩一家遷回鎮江。馬相伯生長在宗教氣氛濃厚的家庭裏，一麵受到父親慈愛的熏陶，一在麵受到母親嚴格的約束，養成他日後對人慈祥、溫雅的風度。馬鬆岩經常為貧苦人家免費醫診，遇到有人害疥瘡癰疽的，親手替他們洗滌、敷藥、包紮。馬相伯看了便嘔心，但父親卻處之泰然，一點也不怕齷齪，一副慈善心腸。後來馬鬆岩又開設米店、布店。沈氏是一位典型的賢妻良母，自奉儉樸，對子女管教嚴格，賢明識大義，鄰居有困難，她都要慷慨救濟。在懷第五胎時，還常看聖書，好習經言，碰到不認識和難解的地方，就向丈夫追問。1845年2月9日，沈夫人又生一子，譜名建忠，字眉叔。馬相伯5歲入學，8歲在家塾裏正式讀書，讀天主教經典，老子儒家書籍。他對儒經典的煩瑣考據，不感興趣，而對天象運行新奇事物，總喜歡尋根究底，問長問短。一次教師給他講一篇八股文時說：“這篇清順治的八股文，曾為嘉慶皇帝賞識，你要以此為楷模。”馬相伯忽然好奇地問：“皇帝也懂得八股文麼？”教師氣得胡須直抖：“混賬，胡說！”對他就是一戒尺。馬相伯弄得莫明其妙：“我問得不對？還是不該問？”馬相伯受天主教影響，認為天子與平民“同為造物主所造，同是有生有死，在上帝之前，同是平等”，“黃金與泥土並無貴賤之分，而泥土比黃金更有用。”後來他的人生觀與宇宙觀皆順著這種傾向發展出來的。當時嚴父慈母是中國社會治家的格言，但馬相伯的家庭教育卻是“嚴母慈父”，母親對相伯管教很嚴厲，對他的一舉動，一言一行，都不肯忽視。到了沈氏的娘家，沈氏每天照常規定相伯背功課。但馬相伯到了外婆家，他就不怕母親，因為有外婆做靠山，外婆對他是寵愛逾常，處處護著他。不但外婆對他好，連父親也是很溫和的，就是母親對他很嚴厲，他心裏有點怕母親。然而正是因為母親嚴格督教，卻使馬相伯養成一種嚴肅的克己觀念，後來處世接物中不肯薄待人或對人無禮，都受母親的影響。