可惜藏書運到丹陽不久，即遭日軍戰火全部焚毀，其中還有他出使高麗日記一巨冊，康有為未刊行著作數種等。由於於右任、馮玉祥的張羅，馬相伯到南京時十分隆重，坐了“花車”——紮彩的火車，從上海出發，沿途各站都有震旦、複旦的校友設宴接待迎接。
到達南京後，震旦、複校友齊出動，舉行盛大的歡迎會。12月12日，西安事變，於右任急忙向馬相伯報告，馬相伯說隻要“這小子”肯抗日就放了他。親筆擬了電稿：“兄弟鬩於牆，外禦其侮，請釋中正，一致抗日。”1936年夏，馬相伯生病，震旦大學的法國人看到局勢對他們不利，企圖將震旦大學遷到越南西貢。顧守熙知道後暗中通知邱任我。邱任我就到南京麵告於右任，於右任聽後大怒，派審計處徐可澄到震旦同法人辦交涉。徐可澄原是震旦學生，他以事實為依據，向法國傳教士辦交涉，加上於右任的勢力，法國傳教士才爾孟不得不低頭承認學校是馬相伯出資辦的，法國人無權任意他遷。懾於公憤，他們主動提出在校內建立馬相伯銅像，並在馬相伯寓所安裝電梯，每月供應生活費600元。
馬相伯自從到南京後，法國傳教士背信停付生活費，造成馬相伯家窘困，於右任聞知，怒道：“我們不用他們的錢！”他和馮玉祥將軍相商後，馮玉祥把國民政府委員一職讓給馬相伯，以便他有豐厚的薪俸。1937年，張治中和朱培德來看馬相伯，商談抗日大道。馬相伯很高興，當場揮毫各送一副對聯，兩人問馬相伯對蔣介石有什麼要求，馬相伯搖搖頭。數日後蔣介石也派人來問有什麼要求，馬相伯就叫秘書萬國華寫了“釋放政治犯”五個字。7月31日，“七君子”從蘇州監獄得到釋放，8月3日即來南京大方巷12號向馬相伯道謝。同來的還有杜重遠，9人在門前合影留念。照片上由沈鈞儒題了“唯公馬首是瞻”六個字，由於馬相伯的積極參加救亡活動，馬相伯被稱為“愛國老人”，極受人民的尊敬。
馬相伯到南京不到半年，複旦同學會在南京國際聯合社舉行慶祝馬相伯98歲壽辰，群賢畢至，盛況空前。香港名人何東爵士特地從香港來南京參加祝壽。馬相伯童顏鶴發，笑逐顏開。馬相伯曾跌過一交，行走不便，置一推車代步，馮玉祥身穿將軍服，親自為馬相伯推車，登上主席台，首先馮玉祥祝詞，之後何東爵士等相繼祝詞，並由丹陽薑證禪報告馬相伯生平，最後馬相伯作答詞，講了一半忘掉了，他風趣地說：“老機器不靈了。”馬上架上老光鏡，看一下稿子繼續講下去。他認為抗日救亡比祝壽重要，期望諸公積極投入抗日救亡運動中去！
會後攝影留念，坐在前排的都是朝野名流。丹陽旅滬同鄉會中有一位老醫生，年近古稀，銀須飄拂地站在邵力子座位後麵，旁邊站的是邵的夫人傅學文。她看到這位老人就向邵打招呼，邵馬上站起來讓座。這位丹陽老醫生受寵若驚。事後嘖嘖稱讚，邵氏夫婦沒有官氣，都是相伯老前輩教育出來的。
1937年11月上海淪陷，日軍逼近南京，馮玉祥與李宗仁請馬相伯移居廣西桂林疊采山，李烈鈞特備汽車，派其公子李贛駒專程陪同護送到風洞山，這時馬相伯已經99歲了，廣西省主席黃旭初為他祝壽，馬相伯親自撰文，呼籲團結禦侮，願拚老命和愛國人民一道抗日救亡。
1938年廣州淪陷危及廣西，於右任請馬相伯移居重慶，在赴昆明途中，馬相伯因體力不支留居越南諒山。
1939年4月6日，是馬相伯百齡大慶的日子，全國各大城市（包括淪陷區）都分別遙祝大會，國民政府明令“褒獎”稱他為“民族之英，國家之瑞”。中共中央電尊馬相伯為“國家之光，人類之瑞”。《新華日報》發了《馬相伯先生百齡慶典》的短評，各大報紙都有專論祝壽。當時在陪都重慶銀行工會，舉行慶典遙祝，政府和各界人士都參加，於右任揮毫題詞曰：當全民族抗戰之時，遙祝百齡，與將士同呼萬歲！
自新教育發萌而後，宏開複旦，論精神獨有千秋。
同時，於右任又撰壽聯：“大邦人瑞，民族導師。”之後，又寫了長文《百歲青年馬相伯》來頌揚老師一生奮鬥精神。祝壽每人發“壽”字紅紀念章一枚。
孤島上海，複旦同學會為慶祝馬相伯百歲壽辰舉行執行會，金通尹宣讀了相伯由諒山寄上海的親筆信：“國無寧日，民不聊生，老朽何為，流離異域，正愧無德無功，每嫌多壽多辱！”反映了他身處異域，目睹大好河山淪陷，激起無窮憤怒。在諒山，有人去看望馬相伯時，他總是問：“蔣介石打了沒有？他會打嗎？現在要到哪裏了？”馬相伯又給寧波旅滬同鄉會發去謝電：“年齒徒增，愧無濟世之術；嘉惠災黎，益增榮褒之感。拜領高情，特電馳謝。”悲天憫人的懷抱，愛國思鄉的感慨，全從字裏行間躍出。
震旦學院學生祝壽賀馬相伯的壽詞《水龍吟》，作者是中央大學文學院院長、鎮江人汪東，百齡詞是這樣寫的：好春常住人間，百年桃李盈天下。