啟功的全名為愛新覺羅·啟功，但他在所有的書畫、著作、文章和書信中，從未用過“愛新覺羅”。啟功詼諧地說：“本人姓啟名功字元白，不吃祖宗飯，不當‘八旗子弟’，靠自己的本領謀生。”
他的祖先是雍正的兒子，乾隆的弟弟，但是到了啟功的高祖父這一代，因不是正室生的嫡係長子而列入旁支，從而跟著當側室的母親搬出了王府。當啟功的高祖父死後，曾祖父已成為所謂的“強幹弱枝”，以教書度日。由於不甘居人下，他發憤讀書，應考科舉，由舉人、進士到翰林，最後當了禮部尚書。啟功的祖父仍舊走這條道，最終也做了“主考”，當了“學政”。可是啟功的父親未踏入仕途便於十九歲過早地夭亡，當時啟功剛滿周歲。在祖父的關愛下，啟功得以上學念書。其祖父的老門生戴遂之，堪稱是知恩圖報的老夫子。他親自為少年啟功講授文史，竭盡全力要讓他繼承其教育世家的衣缽。啟功當時想：“你供我上學，可我母親和一個沒有出嫁的姑姑誰管呢？再說我總不能老靠別人的資助過日子吧？”於是他央求戴遂之說：“我想謀個職業，哪怕一月掙個二三十元，也好奉養母親和姑姑。”啟功明白自己是徹底“被遺棄的貴族後裔”，為何不隱其姓，先解決生計再圖發展？開朗樂觀的他便獨創“啟”姓，自當“始祖”了。
1933年啟功中學畢業，基於家學的淵源，又得到祖父門生的刻意指點和悉心培養，啟功在古典詩詞和經史辭章方麵便脫穎而出了。這時祖父的一位老世交傅增湘把啟功舉薦給了陳垣。陳垣對學生情誼之純、之真、之深，使啟功終生難忘。他曾動情地回憶道：“我從21歲起得識陳垣先生，直到他去世。受陳老師教導，經曆近四十年。”