在考察隊前期工作的基礎上，這些考察隊逐步轉型為專業研究所或定位試驗或工作台站。例如，治沙隊後來在蘭州建所，在寧夏沙包頭建試驗站，成為國際知名的荒漠化試驗研究基地。青藏隊在蘭州設置高原氣候與冰川凍土等研究所，近年來又組建青藏高原研究所，對高原隆起、冰雪資源、大氣環流、凍土工程……諸多新領域，繼續進行調查研究，取得了舉世矚目的成就。又如黑龍江隊為三江平原的農墾開發，為黑土糧倉的建設，也作出了巨大的貢獻。後來在沈陽設置了生態農業研究所，在長春設置了東北農業與濕地研究所，成為我國濕地保護研究的主力軍。南方隊在江西留下的千煙洲試驗站，被評為全球百佳生態試驗站之一。現在，中國科學院遍布全國的近30個試驗台站，已成為我國長期、定位觀測的生態網絡的組成部分。大部分是由當年綜合考察活動播撒的種子。經過幾代科技工作者的執著嗬護，茁壯成長為參天大樹，造福一方。為近五十年來，全球變化和可持續發展提供了科學依據，為我國區域協調發展打下了堅實的科學基礎。
組織編撰國家大地圖集
周恩來總理在20世紀50年代，親自主持製訂《全國十二年科學技術發展規劃綱要》。中華人民共和國國家大地圖集列為第四項重大專項，由中國科學院和國家測繪總局共同負責。竺可楨任主任委員，約請全國地學、生物學、經濟學、地圖學專家近50人，組成陣營強大的編纂委員會，策劃包括普通、自然、人口、農業、曆史等五卷地圖集出版。
竺可楨還指定黃秉維、周立三、譚其驤院士等分別擔任主編，親自為編輯部的青年培訓班講課，為國家大地圖集寫序，鼓勵大家，繼承祖國地圖學的光榮傳統，再鑄輝煌。當前蘇聯專家提出一個越俎代庖的方案，要與中國合編中國的國家地圖集時，周總理和竺可楨老堅持獨立自主、自力更生的方針。指示我們：既要認真幫助蘇聯編圖，更要加緊加快自己的設計試驗工作，爭取中國國家大地圖集早日出版，為國爭光。
國家大地圖集是以地圖的語言，全麵綜合反映新中國測繪、地學與生態、農業、人口諸多科學領域的成就，集成度比較高，對我國資源、環境初步實現定位、定量與標準化、規範化的描述。以自然地圖集為例，其中推出了新構造、第四紀地質平原地貌、海洋圖組等20多種新興學科的開拓性代表作，同時又覆蓋了大氣、海洋和陸地各圈層的研究進展。除了實地考察的典型區域詳圖之外，還有大量曆史變遷的分析圖和全國區劃圖。可以說，它是對當年自然資源與地理環境的科學積累進行了一次大清理，又是對區域分異規律與時空演化過程研究的初步總結。同時作為一項科學工程，它掀起了全國20多個省區編製地圖集的高潮，帶動了造紙、色標、照相排字、薄膜刻圖、組合圖例等製圖工藝流程中八項重大技術革新，提高了我國地圖生產技術水平。國家大地圖集的內部版隻分發到軍級以上幹部，後來中英文版則在國內外公開發行。中華人民共和國國家大地圖集，先後分別獲國家自然科學二等獎，國家科技進步一、二等獎，國際地圖學協會（ICA）頒發了兩項最高榮譽獎。國家與區域地圖集專業委員會來北京召開了兩次現場展覽及學術會議，對中華人民共和國國家大地圖集的成就給予高度評價。
組織開展自然區劃
自然區劃列為新中國《十二年科學技術發展規劃》第一項任務。竺可楨任中國自然區劃委員會主任委員，凝聚全國地學和生物學家近50人。金善寶、錢崇澍、伍獻文、曾承奎、吳征鎰、鄭作新、黃汲清、張文佑、馬溶之、侯學煜、張寶堃等老一輩科學先驅們都大力支持、積極參加，陣營非常強大。