雖然浙江大學農學院農化係調至南京工學院，浙江大學農化係奉命撤銷，停止招生，但原浙江大學農化係主任朱祖祥仍堅信，農學院終將恢複土化係。因此，在農化係撤銷後，朱祖祥一直未應聘去南京農學院和其他邀請單位工作，仍堅持在原校教授普通土壤學。此後，浙江大學農學院獨立成浙江農學院，至1955年，朱祖祥終於受命重建浙江農學院農土化係。1980年，朱成為在杭高校當選的第一位中科院院士（學部委員）。1996年，朱還和蘇步青、談家楨提議將浙大分離出在杭州的幾個院校合並。可惜尚未如願，朱便辭世了。
偌大一所浙大經此調整，拆得七零八落，科研地位一落千丈。直至1968年，浙大才恭添國家重點院校之列。在1952年到1968年這16年間，浙大至多也隻是在地方性院校中差可比擬。
這個境況的尷尬，使得1956高教部楊秀峰部長到浙大做中國高等教育的報告時，也不得不說，1952年的院係調整，把綜合性的浙江大學拆散了，變成單純的工科大學，對浙大，對浙江來說，是很大的損失。楊說對於一所學校，校風至關重要。而好校風的形成，決非一朝一夕之功。浙大有很良好的求是校風，是國內不多的知名學府，如果當時不將她拆散，而是完整地保留下來，也許意義更大。
這些人員自調出之後，很少再回到浙大團聚。唯一一次，可能就是文革期間，將浙大舊時人員三百多人都集中在浙大六和塔三分部學習數月。不過，其中的境況可不甚妙，經此一劫，浙大教授或死或傷，鄭曉滄、孟憲承、夏承燾、趙九章、蔡邦華、蘇步青、談家楨、穀超豪、施雅風、錢人元等等，都有一番不忍回首的遭遇。回憶1939年，浙大西遷途中，曾得到黨國密令，就地解散，師生可並入中央大學。這個電令激起了浙大師生的憤怒，經曆艱難險阻，長途跋涉，卻麵臨要求解散之殘酷現實，部分師生以至慟哭失聲。竺可楨經與浙大師生商議，拒絕了電令，最後遷至遵義湄潭辦學。雖然這再次令蔣介石不悅，但是，浙大仍能夠從政府獲得教育經費，這其中，或許有校友陳布雷從中斡旋不無關係。
然而，這樣的運氣終不再有。當年獲許政治不幹預教學方才上任的校長掛職北上，過去竺可楨被稱為“浙大保姆”，言下之意，乃是師生受其庇護頗多。然而，這個“保姆”五十年代看著任職校長十三年的浙大分崩離析，而無法施以援手；六十年代以後，自身便身處險境，更遑論他顧了。1948年的開學典禮上，竺可楨尚言道：“目前蘇聯供給我們以馬列主義，美國供給我以白米麵包，但吾人生而有知，應該有獨立之思想，不能人雲亦雲，食人唾餘更屬可鄙”，然而，數年之後，浙大終於無法再秉承獨立辦學，自由民主的宗旨，“民主堡壘”、“東方劍橋”俱已成為昨日雲煙，工科學校的定義，倒是符合此時的內涵。
現在的浙大，是1998年由原浙江大學、杭州大學、浙江農業大學、浙江醫科大學四校合並而成。當初一體而分，現在重新團聚，也了卻了部分老校友的心願，雖然當初分出的部分院係已經無法複歸。