5月1日，浙大全校師生來電，請竺可楨立即回杭，此時此刻竺可楨已身不由己，無從回杭。5月6日，竺可楨從樓梯上下來，正碰見蔣經國，蔣問：“你怎麼還沒有走？”竺可楨正在支吾，蔣補充說：“我叫人去為你買機票”。竺可楨說：“曆史興替，大勢已去，台灣能維持多久？您與令尊經曆不同，依我看，您也不必去台灣了”。蔣經國生氣地說：“人各有誌”。不歡而散。
5月17日，台大傅斯年來電邀請赴台，竺可楨婉言辭謝。竺可楨與吳學周商議，為確保安全，吳建議竺可楨立即從貴賓室搬到一間實驗室中。竺可楨住進以後整日閉門，一天三餐定時送，在房中看書消遣。上海小報一度報道竺可楨失蹤。那時上海已很不安定，國民黨上海市政府官員忙於逃跑，所以沒有人注意。1949年5月3日杭州市解放，同年5月27日上海市解放。
竺可楨在滬逗留期間，浙大師生和上海浙大校友會多次請求竺可楨返回浙大繼續主事。特別是7月3日上海浙大校友會舉行常年大會，內容之一便是熱烈歡迎竺可楨校長。出席校友達600餘人，盛況空前。兩周後，北平中山公園又有浙大校友兩百餘人集會，懇切竺可楨回浙大繼續長校。情真意切，竺可楨為之動容，言不能答。然竺可楨認為自己盛年不再，雖浙大師生一再挽留，最後終於無效。不過，他非常希望今後能有一位合適之人出任校長。直至9月1日，得知國家派任馬寅初任浙江大學校長後，竺可楨才略感寬慰。
10月16日，為建設新中國科研事業，竺可楨出任中國科學院副院長。竺可楨想不到，此次一別，竟再也沒有能踏回浙大半步。他更想不到，馬出任浙大校長不到2年，旋即調至北京大學任校長，此後的浙大竟因種種原因分崩離析，鼎盛不在。
新中國的成立，百廢待興，國家決定抽調浙江大學部分師生參與組建中國科學院。隨著竺可楨出任中國科學院副院長，浙江大學理學院院長貝時璋離開浙江大學到上海中國科學院實驗生物研究所任所長。浙江大學物理係主任王淦昌調至中國科學院物理所、蘇聯聯合原子核研究所後任中國科學院近代物理所副所長。浙江大學教務長王葆仁調至上海任中國科學院有機化學所副所長。浙江大學農學院院長蔡邦華調至中國科學院動物研究所任副所長。羅宗洛離開浙大，任中國科學院上海植物生理所所長。陳述彭奉調到中國科學院地理研究所，後任中國科學院遙感所名譽所長。姚錱調至上海中國科學院細胞生物學研究所，後任室主任、副所長。錢人元調至中國科學院物理化學研究所任研究員，後任中國科學院化學研究所副所長、所長。沈善炯調至上海中國科學院抗生素工作委員會，現任中國科學院上海植物生理研究所研究員。鄒元燨調至中國科學院工學實驗館（中國科學院上海冶金陶瓷研究所前身）任研究員和室主任，後出任中國科學院上海冶金研究所副所長兼室主任。
接著，1950年胡剛複辭去了浙江大學的教職，應茅以升之聘去唐山交通大學和北洋大學任教。1952年前後，國家進行院係調整，並對浙江大學進行了調整。這次院係調整中，物理係教授何增祿並沒有隨浙江大學物理係調到複旦，而是留在浙大帶領一批青年教師和技術員籌建了全國第一個光學儀器專業，擔任主任，為國家光學研究培養了一批傑出人才。但至1955年，何還是被調到清華大學工程物理係籌建高真空技術專業。同樣在這一年，從浙大畢業，到英國倫敦大學攻讀博士學位，又於1949年回國在浙江大學任教的胡濟民被調到北京籌建和主持我國第一個專門培養原子能科技人材的“物理研究室”，後來該室改為北京大學技術物理係，胡濟民擔任首任係主任直至1986年。