此時浙大和廈大還發生了爭奪教授的佳話。二戰結束前夕盧嘉錫還在美國時，就先後收到廈門大學校長和浙江大學理學院院長胡剛複發來的信函和電報，邀請盧回國後到各自學校任化學係主任兼教授。盛情難卻，加上遠隔萬裏，又是戰時聯係困難，盧兩邊都沒法回絕。一踏上故土，正在上海的浙江大學理學院院長胡剛複教授就親自給盧送來了聘書。可是回到廈門後，母校廈門大學也堅決不放盧走。兩校誰也不讓誰，盧一時處於“情”與“義”兩難的境地。幸好有人兩邊說和，讓盧同時在兩校任教，常住廈門、在廈門大學化學係任課，隔些時間到浙江大學化學係講一段課，這才使兩校的爭端得以解決。於是，盧1946年先在廈大講課，11月底再趕赴浙江大學任課（浙大剛由貴州遵義遷回杭州，12月份才開學）。1947年春當盧在浙大第一次講課結束離開學校前，140多名師生聯名寫信挽留，連當時的代理校長鄭曉滄也在挽留信上簽了名。1948年秋天，盧又再次來到浙江大學講課。至1949年，盧才辭去浙江大學化學係主任和教授一職。至1948年3月底，浙江大學已發展成為擁有文、理、工、農、師範、法、醫7個學院、25個係、9個研究所、1個研究室的綜合性大學。
1948年底，浙大同事為解決子女上大學之問題，辦了一個補習班，提出隻要在補習班學習成績合格，既可免試入浙大。這一要求在校務會上得以通過。竺可楨得知此事之後，頗不以為然，這是“不顧公平是非輿論”，如果浙大子女可免試入學，“我們就成為特殊階級”，在竺可楨持下，這個決定被否決了。
1949年3月7日，是竺可楨六十華誕。雖然竺可楨己生日曆來秘而不宣，但還是被人探聽出來，廣為宣傳。氣象學界準備為他出專集、辟紀念室。浙大更為熱鬧，校內和各地校友送來不少賀函、賀電、賀儀，以至於竺可楨浙大日刊》刊登啟事：禮品一概不收，開會一概不到。3月6日，學生自治會開盛大祝壽晚會，竺可楨不往；3月7日，學生提出建竺可楨圖書室，竺可楨說：人尚健在，何必有此舉。3月8日，學生為他生日大做廣告，他將賀禮一律退還。學生又向他獻旗，上書“浙大保姆”。
從1936年4月25日至1949年春，竺可楨擔任國立浙江大學校長已13年。期間他曾在廬山受訓，卻沒有參加國民黨，國民黨對他十分不欣賞，國民黨的教育部幾乎每年都要考慮更換他。隻因為竺可楨在浙江大學很得人心，管理有方，另外由於陳布雷與他私人有深交，才得以留下來。
如此一直到1949年春，中國人民解放軍在遼沈、平津、淮海三大戰役中已獲全勝，並開始準備渡江，此時國民黨政府教育部部長杭立武來電催他赴台灣。竺可楨決心留下，此事他當然不能公開宣布。就在4月下半月，國民黨教育部又下了一道命令，要竺可楨去巴黎聯合國教科文組織工作。竺可楨經過考慮，用拖延法應付，按兵不動。但事與願違。在杭州解放前幾天，國民黨又來了一道命令，內容和上次一樣，但文件是由浙江警備司令部轉來的。此時竺可楨覺得這一次由軍方轉，是一個信號，如果不去，軍隊就可以抓他去，“再四思維，不得不出之一走”，於是竺可楨決定去上海，但家屬仍留在杭州，他到上海後再想辦法。臨別之際，留信給浙大應變委員會，言及保安司令已答應不入學校捕人，又勉勵委員會諸君“發揚浙大”。到了上海，他還是住楓林橋中央研究院。按照慣例，他下榻於樓梯對麵的貴賓室，那是他每去上海必住的地方。此時的中央研究院也已慌亂一片。有幾個所已經搬去台灣，化學所已決定不搬。所長吳學周早已接待中共黨組織從東北派來上海招聘人才的張大煜先生，當然，他會設法去幫助竺可楨。