蔣介石得知後大為震怒，說要嚴辦。中統局和教育部派要員趕至遵義進行調查，氣象所代所長呂炯急電請竺可楨到重慶休假以避危險。迫於形勢，竺可楨一方麵致電教育部引咎辭職，一方麵也不得不開列一批名單給調查官員，同時還處分部分學生。其中，有兩名學生按章被予以開除，考慮到開除之後，他們不再是學生，有被捕的危險，竺可楨便推遲公布開除公告，等到地方當局向學校要人時，兩名學生已遠走高飛了。
沒過幾天，1月21日，在湄潭的特務又在進步學生潘家蘇、滕維藻的床下放置偽造的信件和傳單，企圖栽贓誣陷。竺可楨聞訊後，立即趕赴湄潭，將二人帶回遵義，名為交給遵義專員公署看管，實際是避免讓特務直接插手。竺可楨又親自布置收集證據，調查事實。調查證據期間，竺可楨因腳生凍瘡而不能收口，但收集到充足有力的證據之後，竺可楨仍跛著腳高高興興地找到高文伯進行說明，終於揭露了事實真相，使特務的陰謀未能得逞。4月，竺可楨到重慶專門為潘、滕事件找到中統局局長徐恩曾，獲許探望二人，又在此後把二人保釋出來。
潘、滕事件未完，2月19日，史地係學生王蕙和曾任黑白文藝社社長的何友諒在遵義被捕，第二天便押送到貴陽，竺可楨連見一麵也來不及。直到1942年5月，竺可楨才在貴陽見到被拘留的王、何二人。後來二人被轉送到重慶“戰士青年訓導團”的集中營。1943年5月，竺可楨隻身前往探視，言道“……車至青木關，在站見一穿製服者押一學生模樣加手銬者，餘為之淚下……”。不久，王得以保釋，何卻被殺害了。
1944年3月5日淩晨，費鞏前往複旦大學授課，在重慶碼頭失蹤。9天後，一位在國民黨中央組織部工作的浙大畢業生將此事告知此時正滯留重慶的竺可楨。竺可楨甚為吃驚，立即去找侍從室的陳布雷、教育部的朱家驊，監察院的程滄波以及救濟總署費鞏留英的同學高文伯，托他們打聽費的下落。竺可楨還和複旦校長聯名，正式找重慶衛戍司令徹查費的下落。竺可楨還帶頭浙大教授聯名給教育部和蔣介石，要求維護人權，主持正義。然而，國民黨的特務機關咬定未逮捕費，費的下落始終未明。
1950年，竺可楨曾上書周恩來，建議查清真相，但由於種種原因，直至竺可楨臨終，此案仍未查清。文革之後，方才查證費已被害。費鞏沒有救出來，3月29日，費失蹤24天後，軍統反而將陪送費鞏至船碼頭的邵全聲逮捕，誣其為凶手，宣判死刑，並不得與外界聯係。此時邵全聲畢業三年多，正在重慶教書，已不再是浙大的學生了。但竺可楨痛惜為國家培養的人材橫遭摧折，仍義無反顧去多方營救。事過半年，竺可楨終於打聽到邵的下落，遂衝破重重阻礙和危險去探監。後來竺可楨寫信給當局，再經一年之久，始得將邵從軍統監獄轉到法院，隨後又爭取到法院承認邵的罪名不能成立，最後又由竺可楨去簽名、蓋章將邵保釋出來。曆時兩年半，才從虎口救出一命。1980年在浙大舉行的費鞏烈士紀念大會上，邵全聲談到此事時，感竺可楨的恩德，激動不已，聲淚俱下。
1946年6月13日，杭州五千餘學生舉行反內戰遊行示威。17日，浙江省警備副司令竺鳴濤邀請竺可楨吃飯，席間當即開出這大學生7人名單，要求竺可楨予以開除。竺可楨謂“尚需調查”，予以敷衍搪塞。
1947年，浙大學生會主席於子三在杭州被捕，被害死於獄中。等到10月29日晚上，為營救於子三而抱病奔波的竺可楨校長趕到監獄時，一個生氣勃勃的英俊青年，已變成一具血淋淋的躺在板床上的屍體。國民黨特務偽稱於是用玻璃片自殺的，要竺可楨簽字承認，竺可楨斷然拒絕，並在南京對來訪的《大公報》、《申報》記者全情傾訴。指出“於子三是好學生，於之死是千古奇冤”，其最後結局將“判明政府法治精神充分與否及保障人權誌願之有無”。竺可楨率先衝破新聞封鎖，擊破“於子三自殺身亡”的謊言，消息見報後震驚全國。談話見報後，蔣介石大為震怒，要竺可楨在報上更正，竺可楨斬釘截鐵地回答，“報載是事實，無法更正”。並公開表示：“一本過去理智態度、求是精神，決不畏難而退，不能以利害得失而放棄追求真理。”他還對浙大全體師生鄭重宣告：“真理在我們這一邊，勝利一定屬於我們”。在南京的金陵大學見到竺可楨的談話後就與8日全校罷課響應，隨後中央大學也罷課相應，很快罷課風潮波及全國，是為“於子三”運動。