1947年11月2日，即於子三被殺害的第四天，浙大學生自治會舉行了普選。這一天的竺可楨日記中寫道：“此次為第一次普選製”，當選者中“左派幾占十之七八……故料想反政府之行為必層出不窮也。”但愛護學生是他作為校長的天職，不管遭遇多大的困難，這一點始終沒有改變過。
11月10日，國民黨青年部長陳學屏提到這次罷課浪潮時說，這次學潮根子“仍在浙大本身”，因為有竺可楨這樣“國內第一流校長”，在學潮中“屬於第三者之態度”之故。
對於於子三的屍體，浙江省主席沈鴻烈要求立即埋掉，被竺可楨拒絕。11月28日，竺可楨親自在鳳凰山為於子三查勘墳地。經竺可楨不懈努力，當局終於同意1948年1月4日浙大學生集體出殯。但及至出殯前一天，當局又突然變卦，禁止出殯。又於4日當天派兩隻流氓隊伍入學校騷擾毆打學生。為了抗議這次暴行，浙大學生又罷課三天。教育部甚為緊張，又派特派員程其保前來安撫。程提到開除學生時，竺可楨對曰：“校中開除學生，需憑個人行為，不能任意開革，否則莫須有之事如何服人？”當局又開出要捉拿的學生名單，竺可楨認為憑空捏造，不予理睬。並言道“浙大向來事事公開”，“校內不知誰是蓄意搗亂之共產黨”、“吾人總須愛惜青年，不能以其喜批評政府而開除之”。竺可楨提出折衷方案，學生送殯不集體步行，改為汽車載送，當局也巴不得早日息事寧人，1948年3月14日，於終於得以下葬鳳凰山。
“於子三”運動是解放前最後一次全國規模的學運，他發端於浙大，在浙大鬥爭持續長達四個半月，乃是浙大學生秉承“求是”校訓，頑強不屈為真理英勇奮鬥之體現。整個於子三運動中，竺可楨不畏強暴、不顧個人安危、全心全意愛護學校和學生，言行感人肺腑，成為學生最有力的精神支柱。
竺可楨的人格力量，他所倡導並身體力行的“求是”精神對塑造老浙大莘莘學子的人格起著巨大的作用，因竺可楨在浙大建立起的民主自由學風，浙大還享有“民主堡壘”的美譽。
1946年秋，抗日戰爭勝利，浙江大學遷回杭州。1945年8月日本投降之時，竺可楨便致電龍泉分校，提醒要收回浙大在杭諸產業。又於8月16日，和土木工程係主任吳馥初商議杭州校址新建設規劃，19日，召開教授會，討論遷校，25日，即席演講《戰後大學教育》。9月14日，竺可楨又召開校務會議，提出，浙大將來須辦成三千人之大學，水平絕不能降低。10月18日，竺可楨回到闊別八年的杭州，視察浙大校舍。11月8日，浙大終於在杭州舉行了抗戰八年後的第一個開學典禮。
1946年4月1日，浙大校慶49周年，時值竺可楨長校十周年，不少人建議兩慶合一，竺可楨卻認為，自己來校不過十年，而蘇步青等人來校已十五年、二十年乃至三十年，應當為他們慶賀。在他的倡導下，各係紛紛任教二、三十年之教授開慶祝會，竺可楨一一親臨祝賀。
校慶之後，浙大開始了繁忙的遷校工作。5月11日，貴州遵義教育文化界舉行了歡送會，中旬浙大開始複員。至年中，浙大終於全員返回杭州。8月30日，竺可楨決意辭去兼了十年之久的氣象研究所所長，決心專心致誌浙大辦學。他寫信給貝時璋，勸其不去北大來浙大；人類學家吳定良未受中央研究院重用，竺可楨在人類學頗有造詣，立即聘至浙大，後吳在浙大創辦人類學係和人類學研究所；竺可楨請知名法學家武漢大學法律係主任李浩培創辦法學院，貴陽醫學院院長李宗恩擔任醫學院召集人，後李宗恩北上擔任母校協和醫學院召集人，遂改由王季午擔任醫學院召集人。